את המושג יראת ד' ניתן להבין באופן פשטני כפחד מאלוהים. זוהי יראה חיצונית, שכן היא נובעת מתנאי המציאות ואילוציה. האדם מכיר בחולשתו לעומת כוחו האינסופי של הבורא, ועל כן ירא ונזהר שלא לחטוא. בניגוד להבנה זו, היראה בה עוסק כאן הרב קוק היא יראת הרוממות: כל אדם בטוח בקיומו ובמה שנתפס לחושיו, וחש באופן ודאי שיש בעצמו גם רובד מרומם, שהוא מעל ומעבר להשגה הרגילה, ועל כן מעורר בו כבוד ושאיפה להתקרב אליו; להבין יותר ויותר, להיות מוסרי ומאושר יותר ויותר. אדם שאינו מאמין באלוהים יגדיר תחושה זו במילים אחרות, או יתעלם ממנה. ואילו המאמין באלוהים יקרא לה יראת ד', ילמד ויעמיק כדי להתנהל נכון במציאות לאור תחושה זו. ירא ה' מכיר בפער האינסופי שבינו לבין המקור האלוהי, ועל כן אינו פוסק מהתעלות ושכלול, שאין להם סוף.
לכן יראת ד' היא החכמה היותר עמוקה. וכמצוטט בסוף הפסקה: "הֵן יִרְאַת ה' הִיא חָכְמָה" (איוב כח, כח). שלא כמו יראה רגילה, שהיא רק רגש שמתעורר למראה תופעות שונות במציאות – יראת ה' היא חכמה של התבוננות מסוימת בתופעות, החושפת מה שאי אפשר להסיק בהסתכלות חיצונית בלבד. אותיות המילה 'יראה' הן כאותיות המילה 'ראִיה', ירא ה' רואה במציאות ממדים עמוקים יותר מן הנתפס בחושים הפשוטים, שכן הוא מכיר בנוכחות האלוהית המחייה את הכל. יחס כזה למציאות מוליד באדם רצון להתעלות תמידית, תובנות ללא גבול ורגש של התפעמות וזהירות. ההכרה בפער האינסופי שבין האדם לאלוהיו היא מעין קנה מידה לאדם, המגלה לו שכל מה שהשיג הוא רק מעט ממה שהוא יכול וצריך להשיג. אותו המעט הוא רק יסוד להישג גדול יותר, שחייב להיות מתוך נכונות להקריב את מה שהושג כבר כדי להגיע למדרגה יותר מזוככת ונעלה. לכן ירא ה' תמיד מעמיק יותר ויותר בהכרתו, מוסיף חכמה של הבנת עצמו והבנת המציאות ומשתכלל.
יראת ה' מיוסדת על השקפת העולם היותר פנימית. בניגוד להשקפת עולם חיצונית, שאינה מעמיקה מבעד למוחש בפשטות. ירא ה' בוחן את עצמו לא לפי מה שגלוי על פני השטח – כמו הישגיו או מראהו שניתנים למדידה והשוואה, אלא על פי נשמתו, האידאל העליון ביותר שלו. זהו עומק בלתי נדלה, ולכן אין גבול להתעלותו. כך מציאותו של האדם בעיני עצמו היא תמיד יסוד למציאות נעלה יותר. והיא נותנת את היסוד העמקני. ההכרה ברובד העמוק של המציאות, שיוצרת מוטיבציה להעמקה וחידוש. לכל מדע וכל תורה, בין בקודש בין בחול. שכן כל סוג של התפתחות הוא בחינה מחדש של כל מה שכבר הושג, מתוך הנחת יסוד נפשית שתמיד יש מה לחפש ולגלות. הַשְפִיעָה מן המקור העמוק ביותר, המוחלט, אינה נפסקת. יסוד המדע הוא הנכונות לבחון מחדש. לא להסתפק במה שכבר הושג והובן, אלא לנסות להבין תמיד באופן נכון ויסודי יותר, לגלות עוד ועוד רבדים ומשמעויות. לכן אמרו חז"ל ש"אין אדם עומד על דברי תורה אלא אם כן נכשל בהן" (גיטין מג, א). כאשר הוא מוצא את נקודת הכישלון במה שהשיג, הוא בונה מעמד חדש, רחב וכולל יותר.
והחול עצמו כשהוא דורש את העמקנות היסודית, כאשר לא מוכנים להסתפק בנוחות התפקודית, אלא רוצים לגלות את עומקו ויסודו של החול, הרי הוא מוכרח לבוא למסקנא זו, שכל זמן שאין יראת ד' מבססת את המדע הרי הוא כולו רק מרפרף על השטח החיצון של המושגים. בניגוד לחול, הקודש הוא מיוחד. הוא מה שהתגלה לנו באופן ניסי במתן תורה. התורה מגדירה מה נחשב קדוש וכיצד יש להתייחס אליו. ואילו החול הוא כל היתר, כל מה שהאדם מתוודע אליו מתוך הכרת העולם, החברה והנפש, באופן טבעי. אולם החול אינו סתמי, יש דרגות שונות לעניינים שונים בחול. יש ענייני חולין שהם נעלים וחשובים וקרובים אל הקודש, ויש עניינים פחות חשובים. יראת ה' היא מדד שעל ידו אדם יכול לבחון את ערכו של כל עניין ועניין בתחום החול. מתוך הכרה בעומקם של הדברים ניתן לדרג ולהבחין מה משמעותי יותר וראוי לחקור ולפתח אותו, ומה חיצוני וחולף ומעמדו פחות חשוב. המדעים רק מתארים ומגדירים את המושגים והתופעות שבתחום החול, ומבחינה זו, המושגים המדעיים, ההגדרות וההבחנות שבמקצועות המדעים השונים באמת אינם בכלל חכמה, אלא תיאור חיצוני בלבד. ואילו יראת ה' מגדירה את משמעותם הערכית והמוסרית וממילא את היחס שצריך להיות כלפיהם – זוהי חכמה.
לכן דורשים חז"ל על הפסוק (איוב כח, כח): "הֵן יִרְאַת ד' הִיא חָכְמָה" – שכן בלשון יוונית קורין ל'אחת' – 'הן' (שבת לא, ב). תרבות יוון בתקופת חז"ל נתפסה כמרכז הקידמה והחכמה בעולם – יסודות הפילוסופיה, המדע והאומנות התפתחו ביוון. מכאן הביטוי: 'חכמה יוונית'. על פי הפסוק אומרים חז"ל שכביכול אפילו תרבות יוון נאלצת להודות, על פי שפתה, שרק יראת ה' היא חכמה. לעומת יראת ה', כל יתר החכמות אינן נחשבות חכמה. היא הראשונה והקודמת לכולן ורק ממנה תוצאות לכל מדע ולכל תורה. ללא ההכרה בכך שקיים רובד עמוק יותר לקיום, שהאדם אינו חומרי בלבד כבעלי החיים אלא נברא בצלם אלוהים, מקור ההוויה – אז כל המדע הוא רק אנושי ומוגבל, ללא שורש של קודש אינסופי. חכמה זו של יראת ה' יוצרת גם חוויה של פער תמידי מן המקור האלוהי ושאיפה לצמצם כמה שאפשר פער זה. מתוך כך נוצרים גם רגשות ומידות. אך הכל נובע מן היחס העקרוני למציאות, של הכרה במקור האינסופי הממלא כל.
התרבות המתקדמת ביוון התבססה על ראייה חיצונית, ניתוח נתונים שהתקבלו בחושים, מיוּן, הכללה והסקת מסקנות – למען שיפור פני המציאות המוחשית. המדע היה תפקודי בלבד – משועבד לצרכי הגוף ולהסדרת נוחותו, מבחינה פיזית ומבחינה נפשית. על כן זהו רפרוף על השטח החיצון של המושגים. כדי להשתמש בהם עבור נוחות האדם, ללא הכרה בערכם העצמי. ישנה תפיסה ידועה בתרבות יוון, למשל, שהעולם הוא קדמון, קיים בהכרח מאז ומתמיד. כך הסיקו היוונים מתוך התבוננות חיצונית במציאות. ואילו ירא ה' אינו מסתפק במבט החיצוני והתפקודי, אלא מעמיק ומכיר בכך שהעולם נברא מתוך מגמה מוסרית. שעיקרו של העולם הוא ההתחדשות והחופש כבסיס לבחירה בטוב מתוך אהבה והזדהות. ירא ה' חושף את ממד העומק שבמציאות ומגלה את ערכו העצמי של כל עניין. על ידי כך מתאפשר ממילא לייסד חיים מתוקנים מכל הבחינות, לגאול את העולם ולממש את חזון אחרית הימים.
