ישנו קשר עצמי בין האמונה והכפירה: כאשר האמונה נתפסת באופן לא טוב, היא מעוררת ביקורת. ביקורת יכולה להיות בונה, מוגדרת ביחס לפרט מסוים בלבד. אך פעמים רבות הביקורת היא כוללנית, והפגמים שמוצא האדם באמונה גורמים לשלילתה באופן מוחלט, להתכחשות לכל עניין האמונה. על כן כאשר מחפשים את השורש העמוק והעצמי של הכפירה, יש להתבונן במצבה של האמונה. לפי מצב האמונה, כך מצבה של הכפירה בה. אם האמונה מובנת בגדלות, מרוממת וממלאה לב ושכל, הכפירה בה מעטה. ואם האמונה אינה מובנת בגדלוּת, ובהבנתה יש פגמים ועיוותים – הדבר גורם לכפירה שתישא את ראשה. שכן במצב כזה הכפירה נצרכת על מנת לרומם את האמונה, להציל את האדם מן העיוותים שיש בתפיסתו.
שלוש מדרגות מציין הרב קוק לפגמיה של הבנת האמונה: הגרועה ביותר היא כאשר מבינים את האמונה בצורה מקולקלת. כאשר, למשל, אדם מבין שהאמונה דורשת ממנו לפעול בצורה שאיננה מוסרית, להתנכר לכל נטיית ההטבה שבו, מצפונו ויושרו. זהו קלקול בהבנת האמונה, שכן לא ייתכן שהאמונה תדרוש מן האדם לנהוג כך – יש ערך עצמי נעלה בנטייה המוסרית הטבעית של האדם, ולא ייתכן שהאלוהים שציווה להתייחס לנטייה זו הוא גם זה שיצווה להתעלם ממנה. באמונה המובילה את האדם להתנכר ליושרו הטבעי, גם מושג האלוהים נתפס באופן מעוות, כעריץ אכזר שנהנה לראות את בריותיו סובלות. לא זו בלבד שאמונה כזו אינה מרוממת את האדם למעמד מוסרי ואינטלקטואלי נעלה, אלא היא אף משחיתה אותו, מקלקלת את הבסיס הטוב שקיים בו מטבעו.
הרב קוק כאן אינו מדבר כאן על אמונת ישראל דווקא, אלא על אמונה באלוהים בכלל. כאשר סוקרים את תולדות האמונה באומות העולם, רואים שלעיתים הדת המאורגנת הייתה משדרת ומחנכת לדברים איומים בשם האמונה, דברים שסותרים את העקרונות המוסריים הבסיסיים ביותר. אדם נבון ומוסרי אינו יכול שלא לכפור בכך. על כן במצב כזה תגובתה של הכפירה היא טבעית ובריאה – תגובת המערכת החיסונית המוסרית של האדם כלפי ההשחתה הנפשית שיוצרת האמונה.
המדרגה השנייה שמציין הרב קוק היא הבנת האמונה בצורה קטנה. הבנה של קטנות באמונה, מתוך תפיסה מגבילה ומצמצמת של אלוהים – מדגישה בעיקר את קטנות האדם. בהבנה קטנה של האמונה אלוהים הוא מוגבל, ואזי נוצרת לאדם מעין תחושה של "תחרות" עם אלוהים, ומתוך ענווה הוא נאלץ להקטין את עצמו בתפיסתו. אולם גדלות אלוהים היא אינסופית, ועל כן אינה צריכה להקטין את האדם. אין גודל במציאות שמאיים על גדלות אלוהים. באמונה קטנה שכזו ישנה הדגשה יתרה של מידות שהן טובות מצד עצמן, אך הדגשתן היתרה גורמת לכך שהן נעשות מזיקות – ענוותנות יתרה עלולה להיות כניעה מוחלטת, פסיביות והשלמה מראש עם הכל. לאדם נוצרת מעין תחושה עמוקה שראוי לו להתבייש על עצם קיומו, שהוא כאילו תופס חלק ממקומו של אלוהים. בניגוד לענווה אמיתית, שהיא הכרה נכונה בכוחותיו וגבולותיו של האדם, בערכו ובמעמדו, ועל כן גורמת דווקא ללקיחת אחריות ותכונות של יוזמה ומנהיגות. יסוד מרכזי באמונה הנכונה הוא שלא זו בלבד שאלוהים הוא בורא העולם ומשגיחו, אלא גם רוצה בטובתו והתפתחותו. על כן כל התעלות והתקדמות של האדם, כל הישג שהוא מגיע אליו – ראוי וחשוב, שכן הוא מממש בכך את המגמה האלוהית בעולם. "אמר רבי ירמיה בן אלעזר: עתידה בת קול להיות מפוצצת באוהלי צדיקים ואומרת, כל מי שפעל עם א־ל יבוא ויטול שכרו" (ירושלמי שבת ו, ט). הצדיקים הם אלו שפועלים במציאות, ולא מתבטלים מרוב ענווה והקטנה עצמית – שכן האמונה מחייבת פעולה בגדלות וגבורה, ולא כניעה והשלמה פאסיבית. אדם נברא בצלם אלוהים, ועל כן ראוי לו להיות יוצר ופועל, כאלוהים. ממילא הבנה הפוכה של האמונה, המקטינה ומחלישה את האדם, בהכרח גוררת ביקורת חריפה, שלילה וכפירה.
המדרגה השלישית היא הבנת האמונה בצורה חשוכה: בעמימות וטשטוש של מושגים. חוסר בהירות מושגית היא כמו חושך, לעומת ההכרה שמאירה את תודעת האדם. המשלת ההבנה לאור מופיעה כבר בהקדמת הרמב"ם לספרו 'מורה נבוכים', כאשר הוא מדמה את הנבואה לברק הפולח את עלטת הלילה, שבהבזק של אור מציג לעיני האדם את כל הסביבה באופן ברור. בדומה לכך מבהירה הנבואה בהכרת האדם דברים שהוא אינו קולט בהכרתו האנושית הרגילה. פגם זה של חשכה מושגית פחות חמור מן הפגמים שצוינו עד כה, שכן למרות הפגם אדם מכיר באמונה באופן בסיסי ופשוט, ועל כן הוא יכול לנהל את חייו גם מבלי לעשות שגיאות חמורות. אך הוא אינו מבין כלל את המשמעויות הגדולות, את החזון המשתקף בתורה או את משמעות קיומו כאדם. גדולי ישראל לדורותיהם עסקו בשאלות אלה – במהות היחס שבין אדם לאלוהים ובין אלוהים לבריאה בכללה, במשמעות רצונו והשגחתו על המציאות, בידיעתו ומקומה של הבחירה החופשית לעומתה, וכיוצא באלו. אלה שאלות קשות ועדינות מאוד, שדורשות מחשבה מעמיקה וזהירה ביותר (עי' חגיגה יא, ב). תמיד חשוב להעמיק בהן, ותמיד גם יש הארה הולכת ורבה גם בסוגיות אלה. האמונה צריכה להאיר את חייו של האדם בכל תחומי הדעת והחיים. הבנה חשוכה של האמונה מתעלמת משאלות אלה, כאילו גוזרת שכלפי האמונה איננו שואלים ולא מבקשים לדעת, אלא בוחרים להישאר בחשיכה.
וזוהי המגמה ההשגחית בבניין העולם, של מציאות רגש הכפירה וכל תיאוריה – כדי להעיר את כוח החיים שבאמונה בכל לב. זוהי דוגמא לאמונה גדולה הכוללת גם את הכפירה בתוכה, ואינה מצמצמת את ההשגחה והידיעה האלוהית רק למה שמובן וגלוי כקודש. אף שהרב קוק מתנגד כמובן לכפירה ובאופן מעשי מחה ופעל נמרצות כנגדה, בגודל אמונתו הוא הביט על המציאות בפרספקטיבה רחבה, ועל ידי כך ראה את השגחת ה' גם בתופעת הכפירה הגורמת לזיכוך מושגי האמונה, להתעוררותם של המאמינים שיתפסו את האמונה באופן נכון. כך האמונה תרומם את האדם כנברא בצלם אלוהים, ותדרבן אותו להגיע להישגים גדולים יותר, ולא תשפיל את קומתו. אנשים רבים שגדלו למשפחות דתיות ממשיכים להאמין כפי שחינכו אותם, להמשיך את מסורת האמונה כ"מִצְוַת אֲנָשִים מְלֻמָּדָה" (ישעיהו כט, יג) ומבלי להעמיק מעבר לבסיס המעשי המחייב. כאשר בסביבתם הקרובה מתרבים הכופרים, נאלצים המאמינים לשאול את עצמם מדוע להמשיך להאמין, במה הם מאמינים, וכך האמונה מתקבלת מתוך בחירה מודעת, ולא רק כמסורת אבות שנמשכה באופן טבעי וללא מחשבה.[55]
באופן זה תבוא האמונה למרום מעלתה, שהוא: עד שתכלול עמה גם הטוב הכלול בתוכנים התיאוריים של הכפרנות – כמו עוצמות החיים שיש בכפירה, העצמאות, המקוריות והאומץ למרוד ולצאת נגד המוסכמות. כל אלה צריכים להיות כלולים באמונה. כל עוד דברים אלה נותרים מחוץ לאמונה בגלל תפיסה מוטעית שהמאמין צריך להיות חלוש וכנוע, ללא העוז שמתגלה בכפירה, אזי לכפירה יש שדה לפעול, בהכרח יצר החיים של האדם יתנגד לאמונה. לעיתים קיימות בכפירה טענות חזקות, ביקורת שראוי להתייחס אליה בכובד ראש ולראותה כתוכחה ראויה שחושפת את נקודות התורפה שבאמונה – כדי לשכלל את האמונה ולזכך אותה מסיגים שונים. ביקורת זו צריכה להיות כלולה באמונה, שכן רק כך האמונה תוכל להתפתח כראוי לה, לענות על הצורך הנפשי של האדם בכנות, לכוון את שאיפת הטוב והמוסר שבו, ולהיות מדויקת ואמיתית יותר ויותר. כך תהיה האמונה שלמה בכל מילואיה, לא חלולה ללא מילוי, ולא בנויה רק מן המושגים הבסיסיים הראשוניים שלה, חסרה ומנוכרת לחלקים בנפש ובמציאות, אלא כוללת את כל עוז החיים והביקורת הבונה, כל מה שעושה אותה לממשית וראויה. על כך דרשו חז"ל במעלתה של החלבנה, שהייתה אחת מסממני הקטורת הריחנית שבבית המקדש: החלבנה בפני עצמה היא בעלת ריח רע. אולם כאשר מצרפים אותה אל כל יתר סממני הקטורת היא דווקא מחזקת ומשביחה את הריח הטוב (עי' כריתות ו, ב). הכפירה יכולה להשביח את האמונה, כאשר יודעים להתייחס אליה באופן הנכון, לראות את נקודות האמת שבה ואז להגדיר מחדש באופן מדויק יותר את מושגי האמונה.
אז יוותר כל התוכן של הקלקלה, שהכפירה עושה בעולם, לטובה, וגם האבדון הכפרני ישוב להיות טרקלין מלא עדן. החורבן שיצרה הכפירה – עזיבת חיי תורה ומצוות, יהפוך לטרקלין, סלון מרכזי, שכן מתוך חורבן הכפירה תצמח אמונה טובה יותר. הכפירה מכריחה את המאמין למצוא תשובות יותר טובות, להעמיק את מחשבתו ולהיפתח לעולם מורכב יותר. וכמו תרופה מרה, שלמרות כל מרירותה בסופו של דבר היא המרפאת את הגוף ממחלתו. כלשון הפסוק: וַיָּשֶׂם מִדְבָּרָהּ כְּעֵדֶן וְעַרְבָתָהּ כְּגַן ד' (ישעיהו נא, ג). המדבר עצמו יהיה לעדן, הרע שבכפירה יהפוך לטוב, כאשר בזכות הכפירה פגמי האמונה יתוקנו והיא תעלה למרום מעלתה.
