מסורת ישראל נותנת מקום חשוב לרציונליזם, ללימוד ולניתוח השכלי. אך עם כל חשיבותו של הרציונליזם, לא ניתן לבסס עליו הכל, משום שלא את הכל אפשר וצריך להסביר באופן רציונלי. אולי מפני כך הנטייה המוסרית המולדת נקראת 'מצפון' – שכן היא צפוּנה, לא ניתן להגיע אליה בכלי הרציונליזם. התבונה נותנת הגדרות שונות למוסר, מבהירה ומבססת אותו, אך היא אינה מולידה אותו, כפי שהיא גם לא מולידה את הדמיון או את האהבה הלאומית והמשפחתית. יש להכיר בגבולות התבונה. הפילוסוף עמנואל קאנט[144] קרא לשניים מחיבוריו: 'ביקורת התבונה', מתוך ההכרה בכך שיש דברים שהתבונה אינה מגיעה אליהם, שכן הם מעבר להשגת האדם. אחרי הסתייגות זו יש מקום לתבונה, ואכן קאנט דן באופן רציונלי בגדרי המוסר והתוקף שלו באריכות. יש לדון אם צדק במסקנותיו, אך הדיון התבוני כולו אינו על עצם הנטייה המוסרית.
בעידן המודרני עסקו רבות בשאלת הקשר לטבע. דנו אודות טבע האדם והיחס בינו לבין התרבות המודרנית, האם צריך לשוב אל הטבע ולנסות לבטל את התרבות האנושית המלאכותית. בתחום המוסר נידונו שאלות רבות מספור אודות טבע האדם, מושג הזכויות הטבעיות נוצר, נשאלה השאלה האם כל אדם מכל גזע הוא חופשי מטבעו. בתחום המדע, העיון בטבע קיבל משמעויות מעשיות וחברתיות. המדע נעשה ניסויי, כלומר – התפיסה שהתפתחה הייתה שצריך להקשיב לטבע, להתבונן בו וכך להבין אותו, ולא לכפות עליו את תפיסתו של המדען. ובתחום החינוך, הפסוק "חֲנֹךְ לַנַּעַר עַל פִּי דַרְכּוֹ" (משלי כב, ו), נעשה לסיסמא שגורה בפי כל אודות חשיבות התאמת הלמידה לטבעו של כל תלמיד. כל אלה נבעו מתוך הנחת היסוד בה עוסק הרב קוק בפסקה זו ביחס לקדושת ישראל: ישנו פער בין הטבע לבין ההיגיון האנושי, שהוא מאוד חשוב – אך אינו יכול להחליף את היסודות הטבעיים.
עֲקִירַת הַטֶּבַע שֶׁל קְדֻשַּׁת הַיַּהֲדוּת, הניסיון המלאכותי להתעלם מן הייחודיות של עם ישראל ולהסביר את תולדותיו המופלאות רק על פי תנאי המציאות, לטעון שאין הבדל מהותי בין ישראל לבין כל יתר העמים, וההבדלים הגלויים הם רק תוצאה של מאורעות שהתרחשו, מציאות חברתית וכו' – הִיא הִיא הַגּוֹרֶמֶת לְכָל בִּלְבּוּלֵי הַדֵּעוֹת. העובדה היא שיש קדושה בעם ישראל, מציאות מולדת שהיא עצמית לו, ייחודיות שקיימת אצלו באופן טבעי ואינה נובעת מתוך לימוד והתבוננות מה ראוי להיות. תפיסה המתעלמת מקדושה זו מתכחשת למציאות, וממילא יוצרת מבוכה קשה. אם אין ייחודיות לעם היהודי קשה מאוד להסביר את קורותיו שאין דומים להם בקרב עמים אחרים, וכמובן קשה להתמסר לייעודו ולקיים את מצוותיו הייחודיות. הקיצוניים מבין אותם העוקרים את הטבע של קדושת היהדות, פשוט מתבוללים ונכרתים מהעם. הקיצוניים פחות, מטשטשים כמה שאפשר את ההבדלים באורח החיים, השפה וההזדהות הלאומית, ובסופו של דבר רבים מהם גם נטמעים בנכר. אולם גם מקרב הנוטשים והמתבוללים – במוקדם או במאוחר רבים מתגלים כיהודים, צפים כשמן על פני המים ביהדותם הבולטת על הרקע הנוכרי, כמה שהם מנסים להסתיר אותה.
יש לציין שגם בקרב החוגים האורתודוכסיים בישראל, אצל אלה שגיבשו עמדה עוינת לתנועה הלאומית החילונית, הייתה עקירה של קדושת היהדות הטבעית במובן מסוים. היו שטענו שמה שמייחד את ישראל הוא התורה והמצוות, ולכן רק קיום אורח חיים הנאמן למסורת ישראל יקבע את יהדותו של האדם. אולם בפשטות ההלכה קובעת אחרת, שכן במחלוקת האם ישראל שחטא עדיין נחשב ישראל, הוכרע שהוא אכן נותר כך;[145] אם־כי גם לזה מן הסתם הצליחו למצוא פלפולים וסברות שיציגו את הדברים באופן שונה…
בָּאִים לְהִתְחַכֵּם וְלִמְצֹא בִּסְבָרוֹת וְהֶגְיוֹנוֹת דָּבָר שֶׁצָּרִיךְ לִמְצֹא בְּעֶצֶם הַהֲוָיָה הַנַּפְשִׁית וּבַטֶּבַע הָרוּחָנִי וְגַם הַגּוּפָנִי, שֶׁל הַכְּלָל כֻּלּוֹ וְשֶׁל כָּל אֶחָד וְאֶחָד מִיִּשְׂרָאֵל בִּפְרָט. במקום להתבונן במבט מפוכח וביושרה על תולדות ישראל והתנהלותו – ללא צורך להעלות סברות ולפלפל בהן. ממילא ההתחכמות מביאה לטעויות קשות. בדומה לכך, מסופר בדברי חז"ל על תלמיד־חכם שיודע להסביר במאה וחמישים טעמים מדוע שרץ הוא טהור (עירובין יג, ב). בפשטות נדמה שזוהי יכולת חשובה וכישרון גדול, אך למעשה זוהי גם חולשה גדולה. שרץ נשאר שרץ. זהו טבעו ואין אפשרות לטהר אותו, לא משנה כמה סברות וטעמים עמוקים יגידו כדי לטהרו. הקדושה קיימת בישראל באופן טבעי בנפש כמו גם בַּטֶּבַע הָרוּחָנִי – בכישרונו כמו גם בשאיפותיו, וְגַם הַגּוּפָנִי, אין הסבר אחר ליכולתם של ישראל לסבול ייסורי גוף קשים במסירות נפש על מנת להישאר נאמנים לעמם ולעצמם, מלבד ההכרה בקדושה שקיימת אפילו ברובד הגופני החיצוני. בכל קצוות תבל, היכן שלא יהיה היהודי – גם בעל כורחו הוא יבשר את קדושתו בכישרונו, אופיו ומעשיו. שום סוג של צרות ורדיפות, או גם שוויון זכויות ותנאי חיים נוחים, לא הצליחו לנתק את עם ישראל ממסורתו, לפגוע בנקודת הקודש העצמית של ישראל. זו הייתה האמת שגילה הנאציזם באופן מפלצתי, כאשר החליט היטלר להשמיד את גזע ישראל מבין הגזעים באנושות, ללא קשר לדתו או דעתו של כל יהודי ויהודי, שכן היהדות היא טבעו.
הניסיון להסביר את ייחודיותו של עם ישראל והקשר העמוק שיש לכל יהודי לתורה ולקודש באופן רציונלי בלבד, ולהתעלם מן העובדה שיש קדושה בישראל באופן מובנה וטבעי – הֲפָרַת בְּרִית הִיא זוֹ. לא מדובר בהסכם רשמי שנחתם מתוך שיקולים שונים של רווח והפסד, אלא בברית – כמו ברית בשר, קשר בל ינותק שחל על גופו של האדם. הבחירה האלוהית לברוא את העולם הייתה גם בחירה לכרות ברית עִם עַם ישראל – שתהיה בו קדושה טבעית. זהו טבע העולם. ממילא תפיסה המתעלמת מברית זו, היא הַזְנָחַת הַטֶּבַע הַיַּהֲדוּתִי בְּמַעֲשֶׂה, בְּרַעְיוֹן, בְּרֶגֶשׁ וּבְמַחֲשָׁבָה, בְּרָצוֹן וּבִמְצִיאוּת. בכל הרבדים שבנפש. אם אין קשר עצמי אל הקודש, שהוא מעבר לכל חישוב והיגיון, לא יעזרו סוגי הקשר האחרים, מכל תחום באישיות.
אֵין תְּרוּפָה לְמֵפִיר בְּרִית כִּי אִם הַתְּשׁוּבָה אֶל הַבְּרִית, הכרה בכך שהיא קיימת כבר באופן טבעי, ונאמנות לה. הָאֲחוּזָה בִּתְכוּנַת הַקֹּדֶשׁ שֶׁל יִשְׂרָאֵל בְּחָזְקָה. תשובה אל הברית אינה תשובה אל הקודש על ידי אימוץ של התנהגות חיצונית, אלא שיבה אל התכונה המקורית הקיימת בישראל. לכן קורא הנביא בשם ה' לעם ישראל: "שׁוּבוּ אֵלַי", למי שכרת עמכם את הברית, "וְאָשׁוּבָה אֲלֵיכֶם" (מלאכי ג, ז). כאשר מכירים ביסוד זה מחפשים דרך גם לבטא אותו, ואז נפתחים כל השערים לדיון אינטלקטואלי, למחקר ולהעלאת סברות שונות מהו הביטוי הנאות ביותר עבור קדושת ישראל, על פי תנאי המציאות, הערכים והשאיפות. משום כך בתחילה היה איסור לכתוב את התורה שבעל פה,[146] שכן היא צריכה להיות פתוחה לדיון ולסברותיהם של חכמי ישראל בכל דור, בהתאם למציאות המשתנה. אך הבסיס שאינו משתנה הוא הברית, התורה שבכתב שאין לשנות אפילו אות אחת ממנה. כל קדושת התורה שבעל פה נובעת מן התורה שבכתב, שכן התורה שבעל פה רק חושפת את הטבע הקיים כבר, מבארת את התורה כמו מדען החושף את טבע ההוויה. רק כאשר נזהרים שלא לבטל את קיומה הטבעי של הקדושה שאינו משתנה, אז הזיווג בינה לבין התבונה האנושית עולה יפה.
