בשלוש מדרגות של תשובה עוסקת פסקה זו: הגלויה והמוחשית, היא תְּשׁוּבַת הַמַּעֲשֶׂה – תיקון מעשי של העוון. בכדי להגיע לתשובה זו, יש כמובן צורך במחשבה מעמיקה שתגרום לאדם תחושת חרטה. לכן תְּשׁוּבַת הַמַּחֲשָׁבָה קוֹדְמָה לִתְשׁוּבַת הַמַּעֲשֶׂה. רק אם אדם חושב על מעשיו ומבקר את עצמו הוא יכול למצוא שיש מקום לתיקון, ואז להתחרט על מעשיו ולשוב עליהם בתשובה במחשבתו. תשובת המחשבה, הפנימית יותר מתשובת המעשה, צריכה גם לבוא לידי ביטוי מעשי. בנוסף לשתי מדרגות אלה של תשובה, מוסיף הרב קוק מדריגה שעל פי רוב לא מתייחסים אליה: תְּשׁוּבַת הַחֵפֶץ הַטָּמִיר – הרצון הנעלם העליון. באדם יש רצון תמידי להיות טוב יותר, זהו רצון כללי שאינו מוגדר בתחום מסוים, על כן הוא טמיר, נסתר. רצונו הכללי של האדם להיות טוב מוליד בו את הביקורת העצמית, את תשובת המחשבה. לכן תְּשׁוּבַת הַחֵפֶץ הַטָּמִיר קוֹדֶמֶת גַּם לִתְשׁוּבַת הַמַּחֲשָׁבָה. ללא החפץ הטמיר, אדם לא היה מתעורר לחשוב שנהג שלא כהוגן. הרב קוק מניח שהאדם מונע מרצון כללי בטוב, בקרבת אלוהים, הקודם לכל רצון גלוי. הרצון הגלוי של האדם ממוקד בתחום מסוים, ועל כן לעיתים אצל אנשים בעלי עולם רוחני בוסרי ומצומצם, גם הרצון מתגלה בקטנוּת או אף בדברים שליליים. אך הרצון הגלוי הוא רק הופעה של החפץ הטמיר של האדם, שיוצר בו מחשבות שונות.
וּתְשׁוּבַת הַחֵפֶץ הַטָּמִיר הִיא בֶּאֱמֶת תָּמִיד תְּשׁוּבָה מֵאַהֲבָה, מכיוון שהרצון הכללי בטוב קיים באדם מתוך אהבתו לטוב, ואהבת הטוב היא אהבת אלוהים. בעומק תודעתו, אדם מכיר את אלוהים כטוב ומיטיב, ורוצה להידמות לו. לוּ דימוי האלוהים בהכרת האדם היה של שליט אכזר, גם רצונו של האדם היה לשלוט בזולת באופן אכזרי – ולא היו עולים בו הרהורי תשובה. מתוך אהבת אלוהים הרוצה בטוב, רוצה גם האדם בטוב, ונוצרים בו הרהורי תשובה.
אֲפִלּוּ אֵצֶל אוֹתָם שֶׁתְּשׁוּבַת־הַמַּחֲשָׁבָה שֶׁלָּהֶם הִיא מִיִּרְאָה. תשובה מאהבה היא הגורם העמוק לכל מדרגות התשובה. גם אצל אדם שבמחשבתו מחליט שעליו לשוב בתשובה מכיוון שלא משתלם לו לחטוא – כלומר, מתוך יראת העונש, או מכיוון שהוא רוצה להיות אדם הגון – מתוך יראת חטא, שבשניהם אין מניע של אהבה. לאהבה גילויים שונים, לעיתים הגילויים מעוותים ורחוקים מאוד ממקורם – אך אם אדם מעמיק בהם, הוא מגלה את האהבה. כאשר רשע וצדיק רואים מחזה קשה במציאות, עוול, עושק או ייסורים, שניהם חשים התקוממות פנימית כנגד המחזה. אלא שאצל הצדיקים ההתקוממות באה לידי ביטוי בניסיון לתקן כמה שאפשר, להוסיף טוב, חיים ואושר כנגד הרוע. ולעומתם אצל הרשעים ההתקוממות באה לידי ביטוי בהצטרפות לרוע בדרכים שונות, לעיתים מתוך התגברות הייאוש מן העולם בליבם, ולעיתים מתוך כעס ומרמור על פגמיו. על פני השטח המניע הזה אינו ניכר, ונדמה שהרשעים מרשיעים מתוך רצון להרשיע, אך אם יעמיקו הרשעים במקור מעשיהם, יגלו את אותו הטוב שיש אצל הצדיקים – שההתקוממות הפנימית כנגד הרע נובעת מאהבת הטוב, אהבת אלוהים.[130] על כן אמרו חז"ל שבתשובה מאהבה זדונות נעשים לזכויות (יומא פו, ב), שכן אדם מגלה את שורש רצונו בזדון, וכך מתעלה ומיטיב. גם אם במחשבתו של האדם הוא רוצה לשוב בתשובה רק מתוך יראה, שורשה של אותה מחשבה הוא רצונו העמוק בטוב, מתוך אהבה.
גם מי שסובר שהגאולה אינה תלויה בתשובה מודה שקיים קשר מהותי בין הגאולה לתשובה – ללא תשובה, הגאולה לא תהיה שלמה (עי' סנהדרין צז, ב; לעיל פסקה א2). אם אדם אינו מגיע באופן הכרתי ורצוני לתשובה, לרצות גאולה, אושר, טוב והארת הקודש על הכל – שזוהי תשובה מאהבה – גם אם תנאי המציאות ישתפרו וייגאלו מבחינה חומרית, האדם עדיין לא ייגאל ממצריו. ללא תשובה, הוא עלול לנצל את גאולת העולם לרעה. במקום להיות מוקיר טובה ינהג בטוב באופן שלילי, כמו ילד מפונק. חכמים אומרים שרצה הקב"ה לעשות את חזקיהו משיח, אך לבסוף נמנע מכך, משום שחזקיהו לא אמר שירה. הוא לא הודה לה' על הצלתו מסנחריב וריפוי מחלתו (שם צד, א). חזקיהו תפס את הטוב כמובן מאליו, לכן לא הודה עליו, ועל כן לא היה יכול להצטרף אליו. רק מי שמזדהה עם הטוב באופן גלוי על ידי שירה והודיה עליו, מרומם את עצמו מן החוג הצר של טובתו הפרטית לטובה כללית עבור ההוויה כולה, לגאולה. אדם צריך לגלות בעצמו את הרצון הכללי לטוב, את אהבת אלוהים שגנוזה בעומק נפשו, וכך יוכל לשוב בתשובה מאהבה ולהצטרף למגמה האלוהית של גאולת העולם.
