בדברים אלה מציב הרב קוק שתי רמות של תשובה, המשלימות זו את זו, כאשר האחת היא פתרון לחולשה או העדר של חברתה. התעלות האדם יכולה להיות ברובד הפנימי שבו, בתבונתו ובנפשו, ויכולה להיות ברובד החיצוני – במעשיו, ביחסיו עם הזולת, ביחסו לחפצים שונים וכדומה. קיימת הנחה רווחת בעניין התשובה, שעל האדם מוטל לשים לב בעיקר לרובד החיצוני, ועל ידי כך הרובד הפנימי יהיה מתוקן מאליו. יש בכך הרבה מן האמת: "אחרי הפעולות נמשכים הלבבות" (ספר החינוך טז); אולם הרב קוק יוצא מנקודת הנחת שמה שבונה בעיקר את המציאות הוא דווקא התבונה – המושגים, הערכים והאמונות, בעוד שהמעשים הם רק נגזרת שלה. כבר חכמי המשנה נחלקו מה גדול יותר – התלמוד או המעשה, והגיעו למסקנה: "תלמוד גדול, שהתלמוד מביא לידי מעשה" (קידושין מ, ב). כלומר, צריך להתקיים תנאי מסוים בלימוד – שיביא לידי מעשה. הרב קוק מיישם תפיסה זו בדבריו כאן: אמנם, התשובה העליונה שנעשית ברובד הפנימי של האדם, היא הגדולה יותר – אך עליה להביא גם לתשובה תחתונה, לתיקון ממשי של המעשים.
הַתְּשׁוּבָה הָעֶלְיוֹנָה, שֶׁיְּסוֹדָהּ הִיא הַהַשְׂכָּלָה הַקְּדוֹשָׁה, כלומר – תשובה שבאה מתוך השכלה בענייני קודש, בדברים שנוגעים לקשר שבין אדם לאלוהים, וְהִתְאַדְּרוּת הַהַשָּׂגָה בְּנֹעַם ד', התפתחות ההשגה של האדם בעניין הקשר לאלוהים כך שהיא נעשית אדירה, חזקה וברורה יותר – הִיא הַמָּקוֹר וְהַבָּסִיס לַתְּשׁוּבָה הַתַּחְתּוֹנָה. מתוך ההכרה שהא־ל הוא "בעל הכוחות כולם" (רמב"ן בראשית א), עלולים לחוש גם שהוא כמו רודן מפחיד, וכך כל תפיסת המציאות והמוסר מתעוותים.[109] כאשר מאדירים את ההשגה, את הבנת הקשר עם הא־ל, מתחילים גם להזדהות עם התכלית המוסרית של הבריאה, עם האידאלים האלוהיים. כך נוצר נֹעַם, נעימות של התאמה לנפש בין תפיסת האלוהות לבין המוסר. אדם מבין שהעולם נברא לטובתו וכדי שיתעלה יותר ויותר, וזה מדרבן אותו לפעול בעולם, לקדם אותו ולהתפתח. תשובה זו, העליונה, הִיא הַמָּקוֹר וְהַבָּסִיס לַתְּשׁוּבָה הַתַּחְתּוֹנָה שֶׁל הַיְשָׁרַת הַמַּעֲשֶׂה וְשֶׁל הִתְעַלּוּת עֲדִינוּת הַמֶּזֶג. התשובה העליונה פותחת פתח עבור התשובה התחתונה; כאשר אדם משנה את תפיסתו הכוללת ומבין מושגים יותר נעלים, ממילא מתוך השינוי בתפיסת המציאות מתחוללת הַיְשָׁרַת הַמַּעֲשֶׂה, גם המעשים משתנים לטובה, נעשים ישרים ומתוקנים יותר, וגם הִתְעַלּוּת עֲדִינוּת הַמֶּזֶג – אופיו נעשה עדין יותר, המיזוג בין תכונותיו השונות נעשה מאוזן והוא נעשה נעים יותר כלפי הזולת. וכל זה לא בא מתוך מאמץ של כפיית אופי חיצוני על עצמו, באופן שאינו טבעי, אלא מתוך השגה יותר נעלה שמשפיעה על האופי ותכונות הנפש. וִיסוֹד הַתְּשׁוּבָה הָעֶלְיוֹנָה הֲלֹא הִיא יְסוֹד הַתּוֹרָה בְּכָל הִתְפַּשְּׁטוּת שָׁרָשֶׁיהָ וַעֲנָפֶיהָ. על מנת לזכות בתשובה עליונה יש לעסוק בתורה על כל מקצועותיה, באגדה ובהלכה באופן מעמיק ובכנות, עיסוק שמגיע ליסודות ולכללי התורה, מקיף תחומים רבים וגם יורד לפרטי המעשים עד כמה שאפשר. כך אדם יותר ויותר מבין את הסדר הראוי והמגמה של הדברים השונים, וכיצד עליו להתנהל ביחס אליהם.
וְאִם יְשַׁעֵר הָאָדָם, שֶׁהַתְּשׁוּבָה הַתַּחְתּוֹנָה הִיא מְנוּעָה מִמֶּנּוּ לְשָׁעָה, מִלְּהַשִּׂיגָהּ בְּכָל שְׁלֵמוּתָהּ; פעמים רבות יכול להיות שאדם מכיר בכך שהוא צריך לשנות את מעשיו, שיש פגם בהתנהלותו – אך בפועל הוא אינו מצליח לעשות את התיקון הרצוי באופן שלם. במצב כזה הוא עלול להתייאש. עם כל רצונו להשתנות לטובה, הוא מרגיש שהוא אינו יכול לכך, והקרע בין רצונו למימוש המעשי מייסר ומרפה את ידיו. יש שמייעצים לו לנסות שוב ושוב – אך זה עוד יותר מייאש; אין סיבה שמה שלא הצליח בפעם הראשונה יצליח בפעם השנייה, כאשר האדם הוא עודנו אותו האדם והתנאים הם אותם התנאים. לעשות את אותו הניסוי שוב ושוב, באותו אופן, ולצפות לתוצאות שונות – זוהי הגדרתה של טיפשות, אמר אלברט איינשטיין. לכן בניגוד לעצה הרווחת, הרב קוק מורה לאדם שנתקל במציאות כזו של חוסר הצלחה בתשובה התחתונה, המעשית, שעליו לבחור באופן שונה של תשובה: יָרוּץ אֶל הַתְּשׁוּבָה הָעֶלְיוֹנָה, יברר לעצמו את ערכיו ותפיסת העולם שלו, מהו הטוב שאליו הוא שואף. יכול להיות שהסיבה שבשלב זה הוא מתעכב מן השינוי הראוי, היא חוסר בהכרה נכונה, בהגדרות ובמושגים שאינו מבין כראוי, ומשום כך הוא שואף לעשות משהו שכלל אינו צריך לעשות. אנו לומדים על דמויות מופת שונות, על צדיקים, גיבורים וגאונים, מתוך שאיפה לקבל מהם השראה ולהתעלות בעצמנו. אך אם אדם מנסה להיות בדיוק כמו דמות המופת שעליה הוא לומד, מן הסתם ייתקל בקשיים, שכן כל אדם הוא עולם מלא בפני עצמו, ייחודי ושונה מן האחרים. כאשר ישוב ויברר את המשמעויות והתכנים שעומדים בשורש תודעתו ומעשיו, הוא יוכל ביתר קלות גם לשנותם: וְסוֹף הַכָּבוֹד לָבֹא. "וּכְבוֹד ה' מָלֵא אֶת הַמִּשְׁכָּן" (שמות מ, לה) – כבוד הוא ביטוי של התפשטות, מילוי של מרחב בחלל, כפי שכאשר נכנס אדם מכובד לחדר כולם חשים בכך, קמים או מביטים בו. מתוך הבירור התבוני של התשובה העליונה, האדם יזכה שהיא גם תתפשט למעשים, תביא לתשובה התחתונה, כֵּיוָן שֶׁבְּחֶפְצוֹ הַפְּנִימִי הוּא נוֹטֶה וְרוֹצֶה לְתַמֵּם בְּיָדוֹ אֶת שְׁתֵּי הַתְּשׁוּבוֹת. הוא רוצה שתלמודו יביא לידי מעשה, שבכך יהיה תמים ושלם בכל חלקי אישיותו – בתודעה כמו גם במעשים, והרצון יביא להשפעת השינוי הרוחני גם על המעשים.
וּבְמֶשֶׁךְ הַזְּמַן תְּבִיאֵהוּ הַתְּשׁוּבָה הָעֶלְיוֹנָה גַּם לִידֵי תְּשׁוּבָה תַּחְתּוֹנָה. הדבר לוקח זמן, לא מדובר בהליך טכני פשוט של השפעה מיידית. נדרש 'עיכול רוחני', הפנמה והרחבת הדעת עד שהתובנות יגיעו גם למעשים. זו אמירה חשובה, כיוון שאדם מצפה שההצלחה הרוחנית תבוא כהרף עין, וכשהיא אינה מגיעה, הוא מתאכזב ועלול להרפות מכל תהליך התשובה. אדם צריך לגבש מידה מסוימת של סבלנות גם כלפי עצמו, כמו כל תהליך חינוכי שדורש סבלנות מרובה.
הרב קוק מוסיף ומפרט מהי התשובה התחתונה: קְדֻשַּׁת הַמַּעֲשִׂים הַפְּרָטִיִּים, שזו הקדושה המובנת יותר, שקל לדעת כיצד להשיגה על ידי לימוד ספרי הלכה ויתר הקפדה על התנהגות נאותה, וּקְדֻשַּׁת הַטֶּבַע הַגּוּפָנִי, שמצריכה בירור יותר עמוק, שכן לא מדובר על מעשים מסוימים שמוגדרים בספרי הלכה, פרטי הנהגות מסודרים ומדויקים – אלא על התקדשות הטבע, המתרחשת כאשר אדם מבין שאינו צריך להילחם בנטיותיו הטבעיות ובגופו אלא לרומם אותם. זהו דבר שתלוי באישיותו הייחודית של כל אדם ובטהרת כוונותיו ורצונו. טָהֳרַת הַמֶּזֶג, שאופיו יהיה נקי מכל זוהמה של מידות רעות, וְהִתְעַלּוּת הַתְּכוּנוֹת הַטִּבְעִיּוֹת, שלא רק ישמור על אמות מידה מוסריות וקדושה בסיסית קבועה, אלא שכל הזמן יתעלה ויתקדש יותר ויותר. בכך התשובה התחתונה מתמזגת בתשובה העליונה, כאשר המעשים יותר ויותר מושכלים ויותר פונים באופן טבעי אל הטוב, על פי ההתעלות התבונית והרצון. וְלִבּוֹ וּבְשָׂרוֹ יְרַנְּנוּ אֶל אֵ־ל חַי (ע"פ תהלים פד, ג). הלב מייצג את המידות, והבשר – את המעשים המוחשיים. התשובה העליונה צריכה להניע את התשובה התחתונה, כך שלא רק רוחו של האדם תבטא את הקשר לאלוהים, אלא גם לבו ובשרו המוחשיים במציאות – המידות והמעשים. כך מתגלה אֵ־ל חַי, בניגוד לתפיסה המוטעית, שתהליך התשובה מצריך את האדם להמית את הבשר והלב, לבטל את כל הווייתו הגשמית אל מול השגותיו השכליות. כאן האלוהות מחייה את ההוויה כולה, גם את הבשר והלב המחוברים אליה. כל זאת נעשה על ידי זיכוך המושגים וההכרה מה משמעות הקשר לאלוהים וההשפעה האלוהית על הבריאה – שאינה עניין רוחני, אינטלקטואלי או מיסטי, אלא מה שמתגלה בבשר כמו ברוח, בלב וברצון באופן מלא והרמוני.
