בתהליך רגיל של תשובה, אדם מודע לכך שנפל בחטא, ומכיוון שהוא מרגיש שהחטא יגרום להשלכות שליליות של ייסורים, נקיפות מצפון או עונשים מסוימים, הוא מתחרט עליו, משנה את התנהגותו ומתקן את מעשיו. ואילו המניע לתשובה כפי שמתואר בפסקה זו, אינו השלכותיו של מעשה החטא שתתגלינה בעתיד, אלא השפעתו המזיקה בהווה על הכרת האדם. האדם בכללו, רצונו, מחשבותיו ומעשיו, הוא אישיות אחת שיש בה צדדים שונים שאינם מנותקים זה מזה, ולכן פְּגם באחד הצדדים משפיע גם על הצדדים האחרים. אם אדם חוטא, תפיסת המציאות שלו נחלשת בעקבות כך. הוא פחות רגיש לסביבתו, פחות מבין וקולט את זולתו. כאשר האדם מכיר בהיחלשות זו של חושיו הרוחניים, הוא ממהר לשוב בתשובה ולהיטיב את תפיסתו.
הִסְתַּכְּלוּת רוּחָנִית אינה נותרת ברובד המוחשי שעל פני השטח, כמו בהסתכלות רגילה. בהסתכלות רוחנית אדם מרגיש את הממד הרוחני שקיים בו, ויודע שגם במציאות יש ממד כזה, ולכן אינו מביט בה רק בעיני הבשר הרגילות, אלא מחפש את העומק הרוחני שטמון במציאות. בעיני הרוח רואים דברים אחרים לגמרי ממה שבעיני הבשר, כפי שאומן רואה הרמוניה ושירה נפלאה במראה שגרתי שאחרים לא מייחסים לו כל משמעות, ואיש מוסר יכול לזהות התנהלות מוסרית מיוחדת היכן שאחרים לא יראוה כלל. סוג של הסתכלות רוחנית יש למדען דגול: כאשר הוא מביט בטבע, הוא אינו רואה את הצמחייה, הנחל או ההר שרואים אנשים רגילים, אלא את חוקי הטבע השונים שהתנסחו במדע – את כוח הכבידה ותהליכי הצמיחה, הרבייה והפוטוסינתזה.
ישנה אגדה בעלת גרסאות רבות, המתארת מה היה מקור ההשראה שהביא את ניוטון[42] לניסוח תיאוריית כוח הכבידה: באחד הימים הוא התיישב בצילו של עץ תפוחים והרהר אודות תיאוריה פיזיקלית שהכיר, כשלפתע נפל על ראשו תפוח מן העץ. כאב פגיעת התפוח בראשו גרם לניוטון לתהות מדוע הנפילה היא תמיד כלפי מרכז כדור הארץ, ומכאן הגיע למסקנות התיאוריה המפורסמת של כוח הכבידה. גם לפני ניוטון וגם לאחריו, נפלו פירות רבים מן העצים על ראשיהם של אנשים רבים, ובכל זאת, דווקא ניוטון הגיע מכך למסקנות מדעיות חדשניות – משום שהיה לו סוג מיוחד של התבוננות על המציאות, והוא היה צריך רק אירוע קטן וחסר משמעות מצד עצמו שיעורר אותו לחשוב בכיוון שהביא אותו לתובנות גדולות. כאשר אדם מגיע להבשלה נפשית מסוימת, הוא יכול לתפוס את הממד הרוחני שבמציאות ולהגיע לתובנות רוחניות עמוקות שאחרים שאינם בעלי הסתכלות כזו, לא יגיעו אליהן.
לעיתים אנשים שמים לב שכבר אינם תופסים את הממד הרוחני כפי שחשו בו בעבר, שעיניהם הרוחניות כאילו נעצמו, וּמַכִּירִים שֶׁהָעֵינַיִם הָרוּחָנִיּוֹת סְתוּמוֹת הֵן מִפְּנֵי פְּגָמֵי הַנֶּפֶשׁ, שֶׁגָּרְמוּ הָעֲווֹנוֹת. על פי החלוקה שעושים המקובלים באישיות, דרגת הרוח גבוהה מדרגת הנפש. דרגת הנפש זו החיוניות המוחשית של האדם, נטיותיו, הרגשותיו ותשוקותיו, ואילו דרגת הרוח זו תפיסת המציאות, השאיפות והערכים. כאשר אדם חוטא נפשו נפגמת, והדבר משפיע גם על רוחו. בעקבות החטא, הבהירוּת שהייתה לו בתפיסת המציאות מועמת מעט.
וּמִתּוֹךְ הַצַּעַר שֶׁל מִעוּט הָאוֹרָה מִתְחָרְטִים עַל הַחֲטָאִים. אדם מרגיש בהנמכת הקומה שגרם לו החטא, בהשפלה של צלם אלוהים שבו, כאשר הוא שם לב שכבר אינו רואה את המציאות הרוחנית כפי שהיה רואה אותה לפני שחטא, בִּכְלָל וּבִפְרָט, בין בחטאים מסוימים שהוא זוכר שחטא בהם, ובין כאשר אינו זוכר חטא מסוים, אך הוא יודע שבהתנהלותו גרם לעצמו תחושה כללית של ריחוק מהקודש. וַחֲפֵצִים בְּכָל לֵב לְטַהֵר אֶת הַמַּעֲשִׂים וְהַמִּדּוֹת עַל מְכוֹנֵיהֶם, מתוך תחושות הצער והחרטה מתעורר גם רצון חזק לטהרה, להסיר את המחיצות הסוגרות על העיניים הרוחניות ולהשתחרר מן החטאים, מקטנוּת המוחין אל החירות והגודל – על ידי טהרת המעשים והמידות ומְכוֹנֵיהֶם, היסודות ההכרתיים והנפשיים שמהם נובעים המידות והמעשים, כְּדֵי שֶׁלֹּא תִּשָּׁאֵר עוֹד הַסְּתִימָה מְעַכֶּבֶת אֶת הָאוֹר הָעֶלְיוֹן מִלַּחְדֹּר בְּתוֹכִיּוּת הַנְּשָׁמָה. על גבי דרגות הנפש והרוח שציין קודם הרב קוק, כאן נוספת דרגת הנשמה, העליונה מהן, ומצורפת אליה פעולה החשיבה – הַנְּשָׁמָה הַחוֹשֶׁבֶת. בתפילה שיש אומרים לפני הנחת תפילין, המוח – מקום המחשבה, מתואר כמשכן הנשמה: "שֶׁהַנְּשָׁמָה שֶׁבְּמֹחִי עִם שְׁאָר חוּשַׁי וְכֹחוֹתַי כֻּלָּם יִהְיוּ מְשֻׁעְבָּדִים לַעֲבוֹדָתוֹ יִתְבָּרַךְ שְׁמוֹ". אם אין מחשבה אין חזון, מגמה והתוויית דרך, וממילא גם לא יצירה ושינוי ממשי במציאות. חוסר הבהירות הרוחנית הוא ערעור הקשר עם המקור האלוהי העליון, שהוא זה שנותן לאדם את הכוח להתגבר על מצרי המציאות ולהרחיב אותם יותר ויותר, לסמן מטרות נעלות ולחתור להגשמתן בכל כוחותיו. לכן טהרת המעשים והמידות כה חיונית, שרק על ידה יכול האדם להשיב אל נשמתו את חדירת האור העליון ולהאירה.
תהליך כזה של תשובה, מתוך רצון לשוב ולהבהיר את תפיסת המציאות ולקלוט את האור העליון, זֶהוּ הַדֶּרֶךְ לָבֹא לִתְשׁוּבָה עִלָּאָה, תשובה עליונה שאינה רק על חטא מסוים. תשובה עליונה נובעת מההכרה שגם חטא קטן, שנעשה בתחום מסוים ומצומצם שנדמה שאינו נוגע כלל לרוב תחומי החיים והאישיות של האדם – הוא בעל השפעה רבה על מכלול האדם. אם דורכים לאדם על קצה הבוהן, כל גופו מרגיש בכאב. כך גם בתחום הרוחני. אי אפשר להבדיל בין פרט מסוים לבין המכלול בשלמותו. לכן מוסיף הרב קוק על פי דברי הזוהר, שתשובה עילאה היא תְּשׁוּבָה דְּחַזְיָא לְחַפָּאָה עַל כָּל עוֹבָדִין (זוהר ויקהל ריד, ב), הראויה לחפות ולכסות על כל המעשים. זו לא תשובה שמכסה על חטא מסוים, אלא כל החטאים נמחים בזכותה, על ידי ההכרה שכל האישיות סובלת מפגם שיש בחלק אחד ממנה. באופן זה תשובה על פגם אחד משחררת את האישיות בכללותה מהבעיה ומאפשרת לה לשוב ולהתקשר לממד הרוחני שבמציאות, מתוך קליטת האור האלוהי בנשמה.
תשובה כזו היא תשובה מאהבה. רק כאשר אוהבים גם חשים צער עמוק כאשר מתרחקים ומבינים פחות את האהוב. גם ללא אהבה ניתן להבין שמשהו אינו כשורה, אך לא יהיה בכך צער. רק כאשר אדם אוהב את עצמו ואת זולתו, את העולם ואת אלוהיו, כשיש יניקה תדירית מן המקור העליון אל הנשמה – הוא יכול להרגיש שמיעוט התפיסה הרוחנית כה פוגע.
