אמרו חז"ל: "עבירה מטמטמת לבו של אדם, שנאמר וְלֹא תִטַּמְּאוּ בָּהֶם וְנִטְמֵתֶם בָּם – אל תקרי וְנִטְמֵאתֶם אלא וְנִטַמְטֶם" (יומא לט, א). בנוסף לצד השלילי שבעבירה עצמה, הנזק המוחשי, יש לה גם השלכות על כלל האישיות. עבירה מצמצמת את התפיסה המוסרית של האדם, מכסה ומסתירה ממנו חלקים מהמציאות. לכן לדוגמא כאשר אדם גוזל ממון, מלבד הצורך להשיב את הסכום שגזל, לפצות ולפייס את הנגזל, עליו לתקן גם את הנזק הנפשי הכללי שגרם לעצמו במעשה הגניבה. תשובה היא הפתרון לטמטום העבירה, על ידי התשובה אדם מסיר את הכיסוי שעשו העבירות על עיניו הרוחניות, על תפיסת המציאות שלו.
כַּמָּה מְטַמְטְמוֹת הֵן הָעֲבֵרוֹת אֶת הַדַּעַת. הרב קוק נותן כלים לשער את השלכות החטא מבחינה כמותית, משום שעל ידי הערכת הטמטום, ההטעיה של הדעת שגורמות העברות, אפשר להעריך גם את מדת התשובה הראויה. כשרואים כמה אדם סטה מדרך הישר, מהמסלול המוליך למטרה העליונה, אפשר לומר לו כיצד עליו לשוב. בעברות קלות רמת ההטעיה אינה גבוהה ומספיקה תשובה מועטה כדי להיטיב בחזרה את הראייה הרוחנית, ואילו בעברות חמורות יותר נצרכת תשובה חמורה יותר.
בֵּין הַדַּעַת שֶׁל הַיָּחִיד, בֵּין הַדַּעַת שֶׁל הַצִּבּוּר. כפי שתודעתו של אדם מושפעת במידה רבה מהחברה בה הוא חי,[159] כך גם להפך – אדם משפיע במעשיו על דעת הצבור, לטוב ולמוטב. יש אמנם הבדל בין מידת השפעתו של מנהיג חשוב לבין מידת השפעתו של אדם מן השורה, אך תמיד ישנה השפעה מסוימת. גם אם יש גינוי מקיר לקיר על חטא של אדם מסוים, החטא יוצר איזה סדק בלבבות, הכרה בכך שיש בו איזו לגיטימיות. ויותר מכך: אפילו שֶׁל הַדּוֹר וְשֶׁל הַתְּקוּפָה. דעת הציבור בדרך כלל מתחלפת לאחר כמה חודשים או שנים בודדות, ויש דעת שנשארת למשך עשרות שנים, דּוֹר. מעבר לה ישנה דעת שיכולה להיות מאות שנים, דעת של תְּקוּפָה. גם דברים שנחשבו בעבר כחטא חמור, כאשר יחיד נכשל וחטא בהם פעמים רבות הוא גרם שלאורך שנים אט־אט העבירה נעשתה נפוצה ומקובלת יותר ויותר, עד שהיא נהייתה לנורמה. "כיון שעבר אדם עבירה ושנה בה – נעשית לו כהיתר" (יומא פז, א), בתחילה רק לו, ובהמשך לכלל הצבור. לאחר שמתרגלים לטמטום העבירה, גם היא נדמית כמחשבה מושכלת וראויה.
חטאים נוראים התקבלו בעיר סדום כמנהג מקובל. לאחר שבמשך שנים ארוכות אנשיה הורגלו לחטוא בהם, דעתם נעשתה מטומטמת ומשובשת לגמרי בגלל השתרשות העבירות בעירם, עד שהן נדמו להן כמציאות סבירה ולגיטימית. סדום הייתה ממוקמת בסביבה משובחת ורוויית מים, כפי שהבחין לוט כשבחר להתגורר בה: "וַיַּרְא אֶת כָּל כִּכַּר הַיַּרְדֵּן כִּי כֻלָּהּ מַשְׁקֶה" (בראשית יג, י); גם משום כך לא יכלו אנשי סדום לקבל את האשמתם כבעלי עבירה – אדם נוטה להצדיק את עצמו כשטוב לו. ואם כל כך טוב, ודאי שלא נווד מדבריות כאברהם אבינו יכול היה להוכיח אותם. זהו אחד השיבושים האיומים מבחינה מוסרית, כאשר לא מנסים לבחון מעשה מצד עצמו, באופן אובייקטיבי, אלא רק מתוך תגובת הסביבה והמציאות אליו. אך האמת היא כמובן, שמצבו החומרי של אדם בעולם הזה אינו המדד העיקרי לטיב מעשיו, "שכר מצוה בהאי עלמא ליכא" (קידושין לט, ב), ויש צדיק שרע לו ורשע שטוב לו (עי' ברכות ז, א), מה שמאפשר את הבחירה החופשית. בשלב מסוים מעשיהם הרעים של אנשי סדום גדשו את הסאה ולא הייתה ברירה אלא להחריב את העיר כולה, כי עיניהם כבר נאטמו מלראות את מצבם השפל.
כְּשֶׁהַיְרִידָה גּוֹרֶמֶת אוֹתָהּ תְּפִיסַת הַחַיִּים, שֶׁיִּתָּפֵס בָּהּ הָאָדָם נֶגֶד רוּחַ הָעֶלְיוֹן הַזּוֹרֵחַ עָלָיו, נֶגֶד דְּבַר ד' הַבָּא לוֹ מִכָּל מוֹצָאָיו. טמטום הדעת שבעקבות החטא גורם לאדם שלא יבחין בדבר ה', אף שהוא מגיע אליו ממוצאים רבים, מקורות שונים: מִן הַתּוֹרָה, שבה הדברים ברורים, יש מצוות ויש עבירות מפורשות, מִן הָאֱמוּנָה, תפיסה עקרונית שיש השגחה וציווי לבחור בטוב, וְגַם מִמִּנְהַג אָבוֹת, שזו מדרגה תחתונה יותר של נאמנות לדבר ה' – אדם התחנך לנהוג במנהג אבותיו, לכך הוא רגיל ונוח לו לשמור עליו. מֵהַסְכָּמַת הַבְּרִיּוֹת, כאשר אדם חי בחברה מתוקנת שבה מקובל לנהוג באופן ראוי ומוסרי, ויש עליו לחץ חברתי לבחור בטוב, וּמִיָּשְׁרוֹ הַפְּנִימִי, מצפון ורתיעה טבעית מן החטא, לפחות בעבירות שבין אדם לחבירו – שֶׁהֶמְשֵׁךְ הָעֶלְיוֹנִיּוּת גַּם שֶׁבְּכָל אֵלֶּה הוֹלֵךְ הוּא וְנִמְשָׁךְ מִכָּל הַתֹּכֶן הַחַי וְהַמָּלֵא שֶׁבְּרוּחָנִיּוּת הָעוֹלָם וּמְלוֹאוֹ, בְּחֻקֵּי שָׁמַיִם וָאָרֶץ וְכָל הֲוָיָתָם הַיּוֹתֵר יְסוֹדִית – יש הרמוניה בעולם כולו, גם בטבע בין בעלי החיים והצמחים, השמים והארץ. כאשר אדם חוטא הוא פוגם בהרמוניה, יוצא מהאיזון העדין שבין הדברים. אותה הרמוניה גם קוראת לו שלא יפעל נגד דבר ה' (עי' לעיל פרק ח, ד; ז).
כְּשֶׁנַּעֲשֶׂה הָאָדָם עַל יָדָהּ מִדְרָס לַצַּד הָעִוֵּר שֶׁבּוֹ, לְאוֹתוֹ הַצַּד הַחַלָּשׁ – טמטום הדעת של החטא הוא כמו איבוד אחד מהחושים, הגורם לאדם להיות מוגבל, משועבד לדחפיו הגופניים, העיוורים ממוסר ודעת. הפילוסוף ארתור שופנהאואר (ראו פרק ג, 19) העמיד את הרצון כמהות המציאות, אך טען גם שאותו רצון הוא עיוור, יצרי, חסר מטרה ונוגד את התבונה. לכן כשהגיע שופנהאואר לזקנה אמר שכעת הוא יכול לחשוב יותר בבהירות, מאחר ותאוות היצר פחות שולטת בו. בניגוד אליו, כאן הרב קוק אומר שהרצון עיוור רק כאשר אדם חוטא, קודם התשובה. רק אז אדם נעשה כמדרס לצד העיוור שבו, שהוא דווקא הַצַּד הַחַלָּשׁ; לעתים נדמה שבעל עבירות הוא אדם חזק, אך חז"ל מגדירים דווקא את הכובש את יצרו כגיבור. מי שנכשל במאבק ואינו מצליח להפנות את דחפיו היצריים לטוב, כך שהם שולטים בו ומופיעים באופן שאינו מושכל, עיוור, הוא החלש, שֶׁאֵינוֹ יָכוֹל לְהִתְגַּבֵּר עַד כְּדֵי הָאֹמֶץ שֶׁל אֲחִיזַת הַחַיִּים בְּסִדּוּרָם כְּפִי הַתְּבִיעָה הַשְּׁלֵמָה שֶׁלָּהֶם, שֶׁהִיא הַתְּבִיעָה הַמְּרַחֶקֶת אֶת הָאָדָם מִן הַחֵטְא, משום שתביעת החיים השלמה כוללת גם תבונה ומוסר, ולא רק רצון יצרי כפי שטען שופנהאואר.[160] ביום הכיפורים יש מצווה להימנע מחמישה דחפים גופניים,[161] וכך אדם יכול לוודא שאיננו משועבד להם, שהקודש עומד בראש ערכיו, והוא המכתיב לדחפים כיצד להתגלות באופן נכון. מתוך ההימנעות מדחפים אלה יום אחד בשנה, אפשר לשוב ולקיים אותם כל השנה באופן מושכל ובקדושה. הַמַּעֲמִידָתוֹ יָשָׁר כַּאֲשֶׁר עָשָׂהוּ אֱלוֹהִים – "עָשָׂה הָאֱלוֹהִים אֶת הָאָדָם יָשָׁר" (קהלת ז, כט), בניגוד לתפיסה הנוצרת בגלל טמטום העברות, לפיה ניסיון להתגבר על הדחפים היצריים נוגד את החיים. התביעה השלמה של החיים זוהי תפיסה ישרה וכוללת, השומרת על איזון עדין שבלעדיו החיים יקרסו.
באותה ירידה של טמטום הדעת, אָז לֹא רַק חֵלֶק אֶחָד מֵחֲלָקָיו יָרַד וְנִשְׁתַּקַע, לֹא רְצוֹנוֹ הָעֲרָאִי נֶחְלַשׁ, וְרוּחוֹ בְּמַהוּתוֹ וְעֶרְכּוֹ, שִׂכְלוֹ וְכָל אוֹר הַחַיִּים שֶׁבּוֹ, עוֹמֵד עַל עָמְדוֹ. לֹא כֵן הַדָּבָר, פָּנָיו כֻּלָּם שֻׁנּוּ. כל התודעה מתעוותת בגלל העבירות. עולמו הפנימי של אדם, נפשו שהושחתה בעקבות החטא, באה לידי ביטוי בפניו. לכן במצב ההפכי – "חָכְמַת אָדָם תָּאִיר פָּנָיו" (קהלת ח, א). גם אדם כשרוני ביותר, מדען, אומן או מנהיג, מושפע ממצבו המוסרי, וחטאיו באים לידי ביטוי ביצירותיו. הוא אינו יכול לטעון שהעיקר שהוא ממשיך לעשות את עבודתו נאמנה ואין לכך קשר לחטאים שאינם נוגעים באופן ישיר לעבודתו. אדרבא, כלפיו התביעה המוסרית מתעצמת, בגלל השפעתו הרבָה על זולתו, וכפי שמדקדקים עם צדיקים אפילו כחוט השערה (בבא קמא נ, א), בגלל השפעתם הגדולה על המציאות.
אוֹר הַשֵּׂכֶל הַמְבֻסָּס, הַמִּתְאַחֵד בְּעֹמֶק הַהֲוָיָה הַנִּשְׁמָתִית עִם כָּל כֹּחוֹת הַחַיִּים, הָאָרוּג בַּחוֹבֶרֶת עִם כָּל הַסִּדּוּר הַמּוּסָרִי הָרוּחָנִי הַמַּמָּשִׁי שֶׁל כָּל מַה שֶּׁהוּא מִסָּבִיב, מִמַּטָּה וּמִמַּעַל, זֶה הָאוֹר נִכְהָה, בגלל העברות. אין תחום המופקע מן המוסר והתבונה; "כי נפש האדם נפש אחת", אמר הרמב"ם כנגד הפילוסופים שגרסו שישנן כמה נפשות לאדם (שמונה פרקים א). המעשה משפיע גם על השכל כשם שהשכל משפיע על המעשה. אדם אינו יכול לאכול כמו בהמה ולחשוב כמו פילוסוף.[162]
וְאוֹר זֶה – הוּא רַז הַחַיִּים בְּעַצְמָם, משום שתבונתו של האדם – 'צלם אלוהים' שבו, שרק הוא ניחן בה מבין כל יצורי העולם (מו"נ א, ב), היא מקור יכולתו להשפיע על כלל ההוויה, להניע אותה לעבר שלמותה או לגרום להחרבתה כפי שהיה בדור המבול. אור השכל הוא אֹמֶץ תְּפִיסַת הַחַיִּים שֶׁהַנְּשָׁמָה מוֹצְאָה בּוֹ אֶת דַּם הַנֶּפֶשׁ שֶׁלָּהּ. יכולתה של הנשמה להתממש במציאות תלויה בנפש, בדרגת החיים המוחשית יותר שלה, והנפש כלולה מהארת השכל ותביעות הגוף גם יחד. הרצי"ה קוק היה מכנה את הנפש: "מציאות פסיכופיזית", כלומר – תרכובת של פסיכולוגיה ופיזיולוגיה גם יחד. כשם שאם מקיזים את דמו של אדם הוא נחלש, עד שהוא עלול למות, כך גם מבחינה רוחנית עבירות מחלישות את שכל האדם ומשליטות עליו את דחפיו היצריים עד לסוף ימיו, כל עוד אינו שב בתשובה.
וְרַק בְּטָהֳרָה של עזיבת החטא, התרחקות מסביבה חברתית שגרמה לאדם לחטוא או ממקצוע או עיסוק שהיה כרוך בחטא, וּבִתְשׁוּבָה, תהליך נפשי של וידוי, חרטה וקבלה לעתיד, יָשׁוּב וְיגָּלֶּה הָאוֹר וְהַחַיִּים. אור השכל שהוא רז החיים, שמאיר את משמעותם, את ערכם של הגוף והנשמה והיחס הראוי ביניהם. וְלָכֵן הַתְּשׁוּבָה הִיא יְסוֹד הַתַּרְבּוּת הָאֱנוֹשִׁית הַמְחֻפֶּשֶׂת כָּל כָּךְ, שמחפשים אחריה בכל דור. בכל תקופה מוסיפים עוד נדבך של הארה שכלית על התרבות האנושית, וכך התרבות האנושית שבה בתשובה ומתעלה מדור לדור, עד למימוש חזון הנביאים של חברה מוסרית המוארת מהתבונה באופן מתוקן: "לֹא יָרֵעוּ וְלֹא יַשְׁחִיתוּ בְּכָל הַר קָדְשִׁי כִּי מָלְאָה הָאָרֶץ דֵּעָה אֶת ה' כַּמַּיִם לַיָּם מְכַסִּים" (ישעיהו יא, ט).
