ישנן כמה גרסאות לדבריו של רבי פנחס בן יאיר, שעליהם מבוסס ספר 'מסילת ישרים'.[150] הגרסה המצוטטת ב'מסילת ישרים', שמקורה בברייתא, מקדימה את התורה לכל המידות, ואילו בגרסה שבמשניות (סוף מסכת סוטה) התורה כלל אינה מוזכרת. זאת משום שישנם כמה סוגים של תשובה. תשובה יכולה להיות חלקית, כזו שנוגעת רק ברובד אחד בנפש האדם או באירוע מקרי בחייו. עבור תשובה כזו אין צורך דווקא בלימוד תורה, אלא בידיעת חלק מסוים בתורה, הנוגע לתחום בו אדם רוצה להתעלות ולתקן את עצמו. לעומת זאת, עבור תְּשׁוּבָה שְׁלֵמָה נצרך לימוד תורה שיטתי, באופן עמוק, כזה שנוגע גם לרובד הסוד שבתורה.
תשובה שלמה אינה רק כזו שנעשית בלב שלם, במלא עוז וללא אינטרסים זרים, אלא כזו שכוללת את כל החיים. לכן הרב קוק מוסיף שהיא נעשית בֶּאֱמֶת. למושג האמת יש חשיבות רבה בתהליך התשובה. כאשר יש רצון גדול לשוב בתשובה, אדם רוצה להיות צדיק באמת, אך מניין יידע צדקוּת אמיתית מהי? אם צדקות אמיתית היא קיום כל סעיפי ההלכה באופן מדויק, הרי שישנם ספרי הלכה רבים ושונים זה מזה. אם צדקות היא הקפדה על אמות מידה מוסריות, הרי שישנן תפיסות רבות ושונות מהו מוסר. משום כך ידיעת האמת היא מוּדעות עצמית, כנות והכרה מה מתאים לאדם באופן אישי, חשיפת הגוון הכי מדויק לאדם מתוך הכרת מכלול הגוונים הקיימים. אין בכך כפירה במושג האמת, ויתור פוסטמודרני על לימוד ובירור האמת האובייקטיבית, אלא הכרה בכך שיש ערך בממד הסובייקטיבי האישי, כמו בממד האובייקטיבי. הסובייקטיביות והאובייקטיביות משתלבות זו בזו, כי האמת מתגלה באינספור אופנים. יש לנפות אותה מטעויות וסתירות על ידי ליבון והעמקה תמידיים, למצוא רציפות והגיון פנימי אחיד, אך גם שלבי הביניים במחקר האמת חשובים ויקרים. אדם מנהל את חייו לפי האופן בו הוא תופס את המציאות. ככל שתפיסת המציאות שלו יותר רחבה ועמוקה, כך תשובתו יותר אמיתית.
צְרִיכָה הִיא לְהִסְתַּכְּלוּת עֶלְיוֹנָה. עבור תשובה שלמה יש להפנות את המבט גם כלפי מעלה. מבט רגיל מופנה קדימה, אל מה שמקביל לאדם, או למטה, אל הדברים שעליהם הוא מתבסס. אך בתשובה שלמה אדם נדרש להביט מעלה: "דע מה למעלה ממך" (אבות ב, א), משום שהוא אינו מורכב רק ממה שגלוי לו במבט רגיל, במקביל לו ומתחתיו. יש בו גם "חֵלֶק אֱלוֹהַּ מִמָּעַל" (איוב לא, ב). האמת לא נגמרת בגבול האופק המקביל לאדם, שגם הוא אמת אמנם, אך זו אמת חלקית שאם מסתפקים בה היא גרועה משקר, כי היא מטעה לחשוב שהיא האמת במלואה. בתשובה יש יומרה כמעט לא סבירה – לתקן דברים שנעשו בעבר. ומכיוון שהעבר כבר איננו, יש צורך במבט כולל לכל הצדדים, מעלה ומטה, כדי להתחבר לנצח שמעל הזמן, שאינו בממד אליו שייכת ההסתכלות פשטנית. רק ממקור נצחי יש אפשרות לפרוץ את מסגרת ההווה. תשובה שלמה נובעת מתוך הכרה בממד עליון שבו תלוי ההווה, שכן ההווה אינו מוחלט אם שאפשר לחבר אותו לממד העליון, הנצחי. הכרה זו עצמה, היא הסתכלות עליונה.
לְהִתְעַלּוּת לִיקַר הָעוֹלָם, כלומר – ההסתכלות העליונה צריכה להיות בכבוד העולם, שהוא מקורו; משמעות המילה יְקַר היא כבוד, אך היא גם מלשון מקור. הַמָּלֵא אֱמֶת וָקֹדֶשׁ. במקור העולם ישנה האמת כשלעצמה, שהיא מעל ומעבר לכל דימוי ותפיסה חלקית, ובכל זאת צריך לשאוף להתקרב אליה. המעבר בין אמת לשקר נעשה כאשר מכריזים על תפיסה חלקית מסוימת שהיא כל האמת ואין בלתה. אולם האמת כוללת כל, אפילו הפכים, ולכן חז"ל אומרים ש"שבעים פנים לתורה" (במדבר רבה יג, טז) – כולם הופעות שונות של האמת. משום כך יחד עם האמת ישנו הקֹּדֶשׁ, המהות העצמית של כל ההופעות השונות של האמת, שאינה נתפסת בשכל אנוש. אי אפשר לצרף את כל ההופעות ביחד ולהכריז שבכך מקיפים את כל האמת, משום שהקודש נעלה מכל השגה והגדרה. ויחד עם זאת, הקודש הוא המאפשר את תחושת הוודאות שיש אפשרות לגעת באמת. כשם שאם לוחצים את ידו של אדם לא אוחזים בכל עצמיותו, בנשמתו, ואפילו לא בכל גופו – אך בלחיצת היד מתייחסים לכולו. כך גם ביחס לאמת, כאשר תופסים חלק ממנה ומבינים שזהו גילוי חלקי של הקודש, נשמת המציאות, נוגעים באופן מסוים באמת כשלעצמה.
וְזֶה אִי אֶפְשָר כִּי אִם עַל יְדֵי עֵסֶק מַעֲמַקֵּי הַתּוֹרָה וְהַחָכְמָה הָאֱלוֹהִית בְּרָזֵי עוֹלָם. הסתכלות עליונה הנדרשת עבור תשובה שלמה, נקנית על ידי לימוד הרובד הנסתר שבתורה. על מנת שאדם יוכל לעלות אל אותה הסתכלות עליונה, ה' ירד עבורו להר סיני, למוגבלוּת השכל האנושי, ונתן את התורה המדברת בלשון בני אדם לבחיר המין האנושי, משה רבינו (שמות יט, כ). יש להעמיק בתורה ואזי ניתן לראות את הַחָכְמָה הָאֱלוֹהִית בה נוסד העולם, "ה' בְּחָכְמָה יָסַד אָרֶץ" (משלי ג, יט), בְּרָזֵי עוֹלָם. על ידי הרזים מתגלה משמעות ותכלית העולם. המדעים השונים מתארים את תפקוד העולם מבחינה חומרית, על ידי ניסוח כללים – חוקי טבע, ומשום כך הם חשובים מאוד. אך אינם מסבירים מדוע ולשם מה נועד הטבע על כל עושר פרטיו. את זה עושים רזי עולם, שכמו במדעים האחרים גם בהם יש ניסוח של תבניות, חוקים ומושגים, אלא שעל ידם מתוארת מגמת ההוויה. בניגוד לחכמה אנושית, שמתגלה ומתפתחת על ידי מאמץ אנושי, יסודות החכמה האלוהית נמסרו לאדם והועברו במסורת, ומכאן שמו של התחום העוסק בהם: 'קבלה'.[151] רזי עולם חיוניים עבור תשובה שלמה, משום שכדי לתקן את עצמו ואת עולמו ולהתעלות, אדם צריך להבין את העולם לעומקו, ואי אפשר להסתפק בהבנה של הרובד החיצוני שבמציאות. אם ההבנה תישאר חלקית, גם התשובה תישאר חלקית ולא שלמה.
אָמְנָם צְרִיכִים לָזֶה לְנִקָּיוֹן גּוּפָנִי, לְטָהֳרָה מִדָּתִית, בְּתוֹר עוֹזְרִים, שֶׁלֹּא יָעִיבוּ עַנְנֵי הַתַּאֲוָה אֶת הַזֹּהַר הַשִּׂכְלִי, שהוא המייחד את האדם מבעלי החיים, כפי שקרא לו אריסטו: "הנפש השכלית", שקיימת רק באדם, בניגוד ל"נפש המתעוררת" או "הנפש הזנה" שקיימות גם בבעלי החיים. טהרה פיזית ורוחנית היא חיונית, משום שמידות רעות ושקיעה בתאוות מזקיקות מאמצים נפשיים רבים, כך שלא נותרת לאדם אנרגיה נפשית לבירור החכמה. ללא טהרה נפשית ותיקון המידות אדם נעשה גס באופיו, והגסות משפיעה גם על הכרתו – המושגים העדינים גסים ומטושטשים בעיניו כמו תפיסת המציאות הכללית שלו. אֲבָל רֵאשִׁית לְכָל הַהוֹפָעוֹת מֻכְרַחַת לָבֹא הַתּוֹרָה. שהיא עיקר המאמץ בתשובה שלמה. התורה מקבילה לספירת 'חכמה' שבעשר הספירות המתוארות בדברי המקובלים (זהר משפטים קכא, א), הספירה העליונה והקודמת לספירות המייצגות את המידות. וְדַוְקָא הַתּוֹרָה הָעֶלְיוֹנָה, בניגוד לתורה הרגילה, הגלויה, המקבילה לספירת 'תפארת' (זהר חדש קלז, ב) וקשורה יותר בעולם המוחשי, שֶׁרַק הִיא מְשַׁבֶּרֶת אֶת כָּל מְחִצּוֹת הַבַּרְזֶל שֶׁבֵּין הָאָדָם הַיָּחִיד וְהַצִּבּוּר לְבֵין אֲבִיהֶם שֶׁבַּשָּׁמַיִם. מחיצות הברזל הן תוצאת החטאים שהביאו לגלות: "ואמר רבי אלעזר מיום שחרב בית המקדש נפסקה חומת ברזל בין ישראל לאביהם שבשמים, שנאמר וְאַתָּה קַח לְךָ מַחֲבַת בַּרְזֶל וְנָתַתָּה אוֹתָהּ קִיר בַּרְזֶל בֵּינְךָ וּבֵין הָעִיר" (ברכות לב, ב). יסודה של גלות ישראל מארצו הוא גלותו של אדם הראשון מגן עדן, כפי שתיקון הגלות ושיבת ישראל לארץ היא חלק מתיקון העולם בכללו והשיבה לגן עדן. בגן עדן המציאות היא עדינה, ללא מחיצות קשות ומוחלטות, לכן נאמר על אדם הראשון שהיה רואה מסוף העולם ועד סופו (חגיגה יב, א). הגירוש מגן עדן בעקבות החטא יצר את מסגרות החיים הקשות שמעיבות וסוגרות על האדם – המקום, הזמן וחולשת החושים, והמחיצה העבה ביותר – המוות, שנדמה שמחלקת את המציאות באופן מוחלט. על ידי התורה העליונה מגלים שמחיצות אלה אינן מוחלטות. שאיפת הגאולה, גילוי אלוהים ותחיית המתים הם שבירת אותן מחיצות ברזל. כך מתאפשרת תשובה שלמה, שבה אדם אינו מוותר לרוע בשום פינה בהוויה.
הַתְּשׁוּבָה בָּאָה מִתּוֹךְ חֶשְׁבּוֹן צָלוּל, כדברי חז"ל: "אמר רבי שמואל בר נחמן אמר רבי יוחנן, מאי דכתיב עַל כֵּן יֹאמְרוּ הַמֹּשְׁלִים בֹּאוּ חֶשְׁבּוֹן? הַמֹּשְׁלִים אלו המושלים ביצרם, בֹּאוּ חֶשְׁבּוֹן בואו ונחשב חשבונו של עולם הפסד מצוה כנגד שכרה ושכר עבירה כנגד הפסדה" (בבא בתרא עח, ב). הסתכלות עליונה ברזי עולם מביאה את האדם לחישוב נכון של המציאות ושל מעשיו, שֶׁל עוֹלָם בָּרוּר. שאינו מוחשך במחיצות ותחושת אין אונים, לפיה אין לאדם אלא להשלים עם מה שיש – אלא מואר כמו בגן עדן, בו הכל מואר וברור, כפי שראוי להיות העולם. וְהִיא מְבָרֶרֶת בְּעָצְמָהּ וּמַצְלֶלֶת בְּכֹחָהּ אֶת הָעוֹלָם. "גדולה תשובה, שבשביל יחיד שעשה תשובה מוחלין לכל העולם כולו" (יומא פו, ב), מתוך מודעותו של היחיד השב בתשובה לכך שהוא חלק מן העולם כולו. בדומה לכך, אם יש מערכת אחת בגוף שמתפקדת כראוי, היא מיטיבה לכל מערכות הגוף, אדם ששב בתשובה שלמה משמש דוגמא לרבים, מופת ליכולתו של אדם לשנות את המציאות לטובה, ובכך העולם כולו נעשה יותר צלול וברור – מתקרב למציאות האידאלית של גן עדן.
