בתהליך התשובה ישנו פרדוקס פנימי: לפני שאדם עושה תשובה, הוא אינו חש רתיעה ממעשיו, אינו שופט את עצמו באופן מחמיר. ואילו דווקא כאשר הוא מתחיל בתהליך התשובה ונעשה טהור ומזוכך יותר, כל חטאיו נגלים לעיניו במלא כיעורם. משום כך אדם עלול להירתע ולהתייאש ולא להמשיך בתהליך התשובה. בפסקה זו הרב קוק מסביר שדווקא בזכות תהליך התשובה בו התחיל האדם הוא מרגיש בזוהמת החטאים, והרתיעה שיש לו מהם היא עצמה סימן לתחילת התשובה והתיקון.
כְּשֶׁעוֹלֶה עַל לִבּוֹ שֶׁל אָדָם לָשׁוּב בִּתְשׁוּבָה שְׁלֵמָה, וּלְתַקֵּן אֶת כָּל מַעֲשָׂיו וְרִגְשׁוֹתָיו, אֲפִלּוּ בְּמַחֲשָׁבָה לְבַד, לֹא יִפֹּל לִבּוֹ בְּקִרְבּוֹ מִמַּה שֶּׁהוּא נֶחְרַד מִפְּנֵי רֹב הָעֲווֹנוֹת, שֶׁנַּעֲשׂוּ אֶצְלוֹ יוֹתֵר מֻרְגָּשִׁים. הרהורי תשובה מעמתים באופן חד את האדם עם עברו, כך שכמעט בכל מקום בעצמו אליו הוא מפנה את עיניו – הוא רואה חסרונות. בחשבון הנפש אדם חושף בפני עצמו את הפגמים שבהתנהגותו בינו לבין עצמו, בהתנהגותו בינו לבין זולתו ובהתנהגותו בינו לבין קונו. מחשבות אלה עלולות לייאש את האדם ולהשאיר אותו תחת נטל החטאים, ועל כן יש להיזהר שלא ליפול מהם, כִּי כָּךְ הוּא טֶבַע הַדָּבָר, שֶׁכָּל זְמַן שֶׁהָאָדָם הוּא נִרְדָּף מִפְּנֵי זַעַף הַטֶּבַע הַגַּס וְחֶשְׁכַּת הַמִּדּוֹת הָרָעוֹת הַסּוֹבְבוֹת אוֹתוֹ, אֵינֶנּוּ מַרְגִּישׁ כָּל כָּךְ בַּחֲטָאָיו, וְלִפְעָמִים שֶׁאֵינוֹ מַרְגִּישָׁם כְּלוּם, וַהֲרֵי הוּא צַדִּיק בְּעֵינָיו; ישנם גורמים המעלימים מאדם את חטאיו. לפעמים ההרגשה ברמה נמוכה, אדם מרגיש איזו תחושה לא נעימה בזמן החטא, ולפעמים אדם כלל לא מודע לכך שנהג שלא כשורה, עד שהוא מרגיש בכנות שהוא צדיק, גם אם כל מכיריו יודעים היטב את ריבוי החטאים החמורים שעשה.
הגורם הראשון להעלמת החטא הוא זַעַף הַטֶּבַע הַגַּס: יכול להיות לאדם טבע עדין, כאשר הוא מחשב את מעשיו ונזהר שלא לפעול בפזיזות על פי דחפים שונים. הטבע הגס לעומת זאת, כביכול זועף על כל התמהמהות, על כל עצירה למחשבה לפני מימוש היצרים השונים. תשוקותיו חזקות מאוד, וקשה לאדם להתגבר עליהן. כל עוד הוא לא עידן את עצמו לבו גס בעולם, והוא אינו יודע לדחות סיפוקים. זהו גורם מובנה באדם, הקיים בו מטבע יצירתו, כמו אצל כל בעלי החיים. לעומת זאת, הגורם השני להעלמת החטא הוא חיצוני לאדם, חֶשְׁכַּת הַמִּדּוֹת הָרָעוֹת הַסּוֹבְבוֹת אוֹתוֹ: ההשפעה הסביבתית. אדם הוא "תבנית נוף מולדתו", ומעצב את התנהגותו במידה רבה על פי הנימוסים והמוסר המקובלים בחברה בה הוא חי. אם השפה שהוא רגיל לשמוע היא גסה, הוא ידבר בגסות. זהו 'תינוק שנשבה לבין הגויים', שאין טענה כלפיו שאינו שומר מצוות, כיוון שמעודו לא ראה עולם אחר.
אֲבָל כֵּיוָן שֶׁכֹּחוֹ הַמּוּסָרִי מִתְעוֹרֵר, למרות כל הגורמים המעלימים מהאדם את חטאיו, בשלב מסוים עולים בו הרהורי תשובה, מסיבות שונות. הוא מתבגר או נחשף לאיזו תובנה עמוקה, ומתחיל להבין שעליו לתקן את מעשיו, ומִיָּד נִגְלֶה אוֹר הַנְּשָׁמָה. "נֵר ה' נִשְׁמַת אָדָם חֹפֵשׂ כָּל חַדְרֵי בָטֶן" (משלי כ, כז) – הנשמה מאירה לאדם אור חזק יותר, והוא נעשה מודע יותר לעצמו. עד עכשיו חייו הוארו באורה המצומצם של הנפש בלבד, שבו לא רואים את החטאים. הנפש היא החיוניות שבאדם, החלק הרוחני הנמוך ביותר, ומשום כך גם הקרוב ביותר אל הגוף. הנשמה לעומת זאת, היא האידאל של האדם, הפוטנציאל העליון שאותו עליו לממש. החטאים יוצרים מחיצה בין אדם לאלוהים: "כִּי אִם עֲוֹנֹתֵיכֶם הָיוּ מַבְדִּלִים בֵּינֵכֶם לְבֵין אֱלוֹהֵיכֶם" (ישעיהו נט, ב), והתעוררות מוסרית סודקת במידה מסוימת את המחיצה. פתאום במקום אור הנפש, אור מעומעם וחלוש, מאיר בו אור הנשמה המבהיק, וְעַל יְדֵי הָאוֹר נִבְדֶּקֶת הִיא נַפְשׁוֹ כֻּלָּהּ אֶצְלוֹ, וְרוֹאֶה הוּא אֶת כָּל כְּתָמֶיהָ. כדי לטהר דם נדה יש להביט בו באור חזק דיו, וכך אפשר להבין בצבעו, אם הוא מטמא או לא. כל עוד האור לא חזק דיו, עלולים שלא להבחין בצבע המטמא. כאשר אדם שב בתשובה ומאירה בו נשמתו, לפתע בולטים לעיניו כל הכתמים שיצרו בו החטאים, וצפים בו תחושות הבושה והצער שהיה יכול להרגיש כבר בעבר אם היה מודע לחטאיו. וְלִבּוֹ דּוֹאֵג בְּקִרְבּוֹ בַּחֲרָדָה גְּדוֹלָה עַל מִעוּט שְׁלֵמוּתוֹ, החמצת המעלה שהיה יכול להגיע אליה אם לא היה חוטא, וְעֹמֶק נְפִילָתוֹ, מצבו השפל בפועל, והקושי העצום לצאת ממנו. זהו המצב שאדם נכנס אליו בתחילת תהליך התשובה.
אֲבָל דַּוְקָא אָז, יָשִׂים אֶל לִבּוֹ, שֶׁרְאִיָּה זוֹ וְהַדְּאָגָה הַבָּאָה עִמָּהּ הִנֵּה הֵן הַסִּימָנִים הַיּוֹתֵר טוֹבִים הַמְבַשְּׂרִים לוֹ יְשׁוּעַת עוֹלָמִים בְּתִקּוּן הַנֶּפֶשׁ. הארת הנשמה לא רק גילתה את המחלה, אלא גם את התרופה. הגילוי כמה החטא מטמא, מחליש ומלכלך, הוא גם הגילוי של הנשמה הקיימת באדם, גילוי הקשר עם אלוהים שלא נפסק. כך נחשף גם מקור הטהרה והישועה. התשובה יכולה להיות רק מתוך מודעות וכּנוּת של האדם עם עצמו, הפותחת את הפצעים הישנים ומגלה לאדם את מצבו. כעת יש לו סיכוי להינצל.
וְיִתְחַזֵּק מְאֹד בָּזֶה בָּד' אֱלוֹהָיו. הארת הנשמה מגלה לאדם שהוא לא לבד בהתמודדותו עם החטא. כמו אדם שחי חיים פרועים, עישן ושתה לשֹכרה, ויום אחד הגיע לבדיקה אצל רופא גדול. הרופא בישר לו בשורות קשות, על מחלות שונות ונזקים שגרם לעצמו במעשיו, אך גם נתן לו מרשם לתרופה והסביר לו כיצד עליו לטפל בעצמו על מנת לשקם את גופו. יחד עם הבשורה המרה, אותו אדם מתוודע ליכולת להירפא ממנה. על אחת כמה וכמה רפואה גדולה יש בגילוי המחודש של הקשר עם אלוהים, המקור האינסופי של הטהרה והתשובה, שאין לפניו דבר שלא יכול להיתקן.
