על פי מושג התשובה המוּכּר, אדם היה במצב מסוים, ובתהליך התשובה בחר לשנות את חייו, מעשיו או מידותיו, וכעת הוא במקום אחר ממה שהיה קודם התשובה. אולם יש גם תשובה מסוג אחר, כזו שאין בה בחירה בשינוי מעשי מסוים, אלא רק ייסורים נפשיים על חטאי העבר. כאשר אדם מתבודד ומתבונן בעצמו, הוא יכול לגלות שמצבו הרוחני כל כך שפל לעומת מה שהיה רוצה שיהיה, כך שמצד אחד מרוב צער לא ימצא דרך לשוב בתשובה, אך מצד שני גם לא יוכל להשלים עם חטאיו ומצבו כפי שהוא. במצב כזה, לעתים עצם הצער מספיק עבור התשובה, שתימצא בעתיד, אולי אפילו לא על ידי האדם עצמו.בדרך כלל מחשבותיו של האדם הן תוצאה של מערכות היחסים שבינו לבין סביבתו, לחברה, לצרכיו או לשאיפותיו השונות. מחשבה כזו היא ממשית, קשורה בדברים המופיעים לעיניו. האדם תוהה מהו משקלם וערכם של דברים שונים, מה טיב היחסים ביניהם, מה כדאי לשנות, להעצים או לשמר. למחשבה יש חומר גלם – חווית החיים. על כך נאמר "אין חכם כבעל הניסיון". לעומת זאת, כְּשֶׁהַחוֹשֵׁב מִתְבּוֹדֵד, מחשבתו ניזונה מעצמו, מנפשו, ולא מדברים חיצוניים לו. התבודדות זו יכולה להיות גם בסביבה רועשת וגועשת, כי העיקר בה הוא המחשבה. כעת קנה המידה שלו הוא ביחס לעצמו ולא ביחס לזולת. לכן דווקא אז – מִתְגַּלֶּה בְּנַפְשׁוֹ אָז הַכֹּחַ הָרוּחָנִי הַפְּנִימִי שֶׁלּוֹ. הוא מגלה את הפוטנציאל הרוחני שלו, מה הוא מסוגל באמת ומהן שאיפותיו בהתאם לכך. ישנו סיפור חסידי ידוע על ר' זושא מאניפולי,[117] שאמר פעם בבכייה גדולה: "כשאגיע לבית־דין של מעלה לא ישאלו אותי מדוע לא הייתי משה רבינו, אלא מדוע לא הייתי זושא". אדם עלול לגלות שאינו נאמן לעצמו ולייעודו, שאינו מממש את הפוטנציאל שלו, וזה גילוי קשה.
חָשׁ הוּא אֶת כָּל הַפְּגָמִים שֶׁנִּפְגְּמָה נִשְׁמָתוֹ, מִכֹּחַ מַעֲשִׂים וּמִדּוֹת שֶׁאֵינָן הֲגוּנוֹת. החשיבה מעוררת ומגלה את מדרגת הרוח, העליונה יותר מהנפש. מעל הרוח ישנה הנשמה. הרוח חוקרת וחושפת את הפגמים שנפגמה הנשמה על ידי חטאים ומדות רעות שבנפש, בחלק הגלוי והמוחשי יותר לאדם. בנשמה מצוי האידאל של האדם, מכלול הכוחות הטובים שצריכים לבוא לידי ביטוי ממשי באופן הטוב ביותר. משום כך כאשר המעשים והמידות אינם טובים, הנשמה שהיא שורשה העליון של הנפש, נפגמת. כאילו במעשיו הרעים אדם מוציא שם רע על הנשמה. הרוח משווה בין מצבו האידאלי לבין המציאות הממשית, וכך מתברר שיש פגם מעשי. משום כך, מִצְטַעֵר הוּא אָז בְּצַעַר פְּנִימִי וְעָמֹק. בניגוד לצער שמגיע בעקבות מערכות יחסים חיצוניות, שהוא צער חיצוני שנותר על פני השטח; כאשר מעליבים אדם או פוגעים בו בדרכים אחרות הדבר יכול להכאיב לו מאוד, אך מכיוון שהכאב מגיע מחוצה לו הוא אינו חודר לרבדים עמוקים. ואילו צער שבא בעקבות התבוננות של אדם בתוך עצמו הוא עמוק הרבה יותר, וממילא אינו יכול להשאיר את האדם שווה נפש: וְחוֹתֵר בְּרוּחוֹ אֵיךְ לְתַקֵּן אֶת הַמְעֻוָּת. מתוך מצב הנפש, שיקוף המציאות, אדם חוזר לרוח, לכוח הפעיל המחפש כיצד לרפא את המציאות ולחדש את כוחותיו הממשיים שיתאימו למצבו האידאלי.
כְּשֶׁהַצַּעַר הַפְּנִימִי מִתְגַּלֶּה בְּכָל תָּקְפּוֹ, כְּשֶׁהַמַּצָּב הַחִיצוֹנִי נַעֲשֶׁה רָעוּעַ, כְּמוֹ בְּעֵת קַלְקָלָה וְצָרָה – בעקבות הצער הפנימי מתערער גם המצב החיצוני, מכיוון שהתגלות הפגמים שבנשמה יוצרת ספקות ואי־אמון לאדם כלפי עצמו. הגילוי שהוא איננו תואם לנשמתו, משנה את מציאות חייו. כעת הכל נדמה לאדם כמו בשעת מצוקה, כאשר כל הפעולות צריכות להיות מחושבות מחדש ובאופן זהיר הרבה יותר. מכיוון שאבד לו בטחונו העצמי, גם דברים שנראים יציבים מחוצה לו מתערערים בעיניו. הוא חושש שיטעה שוב בעתיד ושהמעשים שהוא עושה בהווה אולי אינם ראויים. האדם חש שכל ניסיון העבר שלו כבר לא רלוונטי, כל ידיעותיו על העולם ועל עצמו חסרות ערך והכל נעשה מעורפל. אָז הַהַרְגָּשָׁה הַפְּנִימִית אֵינֶנָּה כָּל כָּךְ אֵיתָנָה. דווקא על ידי התשובה אדם מוצא את עצמו במציאות יותר גרועה ממה שהיה קודם. בגלל חשבון הנפש העמוק, הוא כבר לא יודע את נפשו בכלל. הוא נעשה מנותק מן המציאות במידה רבה, ואין לו ביטחון בכלום. אולם כדי שאדם יוכל לתקן את עצמו, דרושה לו עוצמה נפשית. חשבון נפש שיערער לאדם את כל ישותו יקשה עליו לשנות את עצמו לטובה; וּמִכָּל מָקוֹם גַּם אָז יְכוֹלָה הִיא לָבֹא לִמְרוֹם קִצָּהּ. תחושת החולשה הנפשית יכולה להגיע למצב של מלאוּת. כאשר אדם אינו מדחיק או מכחיש את הפגמים שבנשמתו בגלל מעשיו הרעים ומתייצב אל מול עצמו עם כל מומיו, זהו מצב מרומם. כעת, כשהוא חלוש ושבור בגלל גילוי חטאיו, הוא גם מתעלה למצב מרומם יותר של כנוּת ומודעות עצמית. כך האדם התעלה ושב בתשובה מבחינה מסוימת, כִּי גַּם תְּשׁוּבָה שֶׁעַל יְדֵי יִסּוּרִין הִיא תְּשׁוּבָה. אמנם לא נעשה תיקון בפועל, האדם לא הגיע למסקנה מעשית ועדיין נותר בשיא שברונו למראה חטאיו. אך עם זאת, עצם השברון הוא תשובה. הצער יכול להיות עמוק וצורב, אך יש לו קץ, כפי שלצרות חיצוניות יש קץ. "גזרה על המת שישתכח מן הלב" (פסחים נד, ב). ומה שלא יעשה השכל יעשה הזמן. אחרי זמן קשה של ייסורים פנימיים, האדם יתעורר בוקר אחד עם הרגשה אחרת. הוא הגיע לתחתית מרתף הנפש, ומשם רק יעלה. הנפש מתנקה, וכפי שהדם מתחלף כך מצבו הרוחני ישתנה והוא יחזור לחייו הרגילים מתוך זווית התייחסות שונה. מתוך כנותו ורצונו הטוב, הקב"ה יביא אותו לידי בחירה מעשית מסוימת נכונה.
בפסקה זו רואים כיצד הרב קוק היה מודע באופן עמוק ורחב לסוגים שונים של מצבי נפש, לא רק למצבים הפשוטים של הכרה בחטא ומאמץ לתקנו. כשיצא לאור ספר אורות התשובה, אנשי רוח ותלמידי חכמים התפלאו כיצד הרב קוק בצדקותו יכול להבין באמת מצבים נפשיים של גדולי החוטאים. לוּ זיגמונד פרויד היה כותב כזה ספר, זה היה מובן; הוא פגש אלפי אנשים ששפכו בפניו את ליבם. אך הרב קוק לא עסק בטיפול וסיוע נפשי. סוג התבוננות זה בדרכי התשובה, יכולתו של אדם אחד להבין כל כך הרבה מצבים נפשיים כה שונים, הוא מפליא.[118]
