כפי שהתבאר בפסקה הקודמת, תהליך של תשובה עמוקה מצריך להתמודד עם מכאובים וקשיים. חשבון נפש נוקב לעתים גורם לאדם להרגיש שמצבו הרוחני ירוד, ואזי הוא עלול לחשוב שהמכאובים שהוא חש בתהליך התשובה באים מצד יראת העונש, כלומר – ממקום חיצוני לנפש, שהפחד הוא הגורם למכאובים. בפסקה זו הרב קוק אומר שמקור המכאובים אינו חיצוני, אלא מצוי בעומק הנפש. כפי שהחטא יוצר פגם בעומק הנפש, כך גם התשובה כואבת באותו העומק. המכאובים נועדו למרק את הנשמה, להבריא אותה מייסורי החטאים, וממילא יש במכאובים אלה חשיבות רבה, השלמה והבראה של הנפש עצמה.הַמַּכְאוֹבִים הַגְּדוֹלִים, הַתּוֹקְפִים אֶת הַנֶּפֶשׁ עַל יְדֵי רַעְיוֹן הַתְּשׁוּבָה, לא מדובר בכאבים פיזיים שניתן להעביר בגלולה או מנוחה, אלא בכאבים נפשיים הבאים לאדם מתוך ההכרה בכך שמציאות חייו אינה תקינה ומצריכה שינוי, אַף עַל פִּי שֶׁלִּפְעָמִים נִרְאִים הֵם כְּאִלּוּ הֵם בָּאִים מִצַּד יִרְאַת הָעֹנֶשׁ, אדם שמכיר בחומרת חטאיו לעתים מאבד את האמון בעצמו, ביכולתו לחוש משהו מנשמתו, וממילא מפרש את כל תחושותיו באופן רדוד וחיצוני. הוא מסביר לעצמו שהוא אחוז פחד מעונשי בית דין של מעלה, בעולם הזה או בעולם הבא. אך פירוש זה אינו מדויק: אֵין הַתֹּכֶן הַפְּנִימִי שֶׁלָּהֶם כִּי אִם יִסּוּרִים עַצְמִיִּים, שֶׁהַנְּשָׁמָה נִכְוֵית בָּהֶם מִפְּנֵי שֶׁהַחֵטְא מַכְאִיב אוֹתָהּ, שֶׁהוּא נֶגֶד כָּל תְּנָאֵי חַיֶּיהָ, וְאֵלֶּה הַיִּסּוּרִים בְּעַצְמָם הֵם מְמָרְקִים אוֹתָהּ. כדי להכשיר כלים יש להכניס אותם למים רותחים או ללבן אותם באש. כך גם בתשובה: מקורם של המכאובים, הַתֹּכֶן הַפְּנִימִי שלהם, הוא מירוק הנשמה מפגמי החטאים. הכאב המוחשי הוא בחלק החיצוני יותר, בנפש, אך מקורו בשורשה העמוק של הנפש – בנשמה, כשם שמגע באש או בחפץ לוהט גורם לכוויה המורגשת בחלק העור שנגע, אך למעשה רק העצבים הקשורים במוח חשים במגע. העונש רק מבטא מבחינה משפטית חיצונית את עומק הבעיה, הפגם שנוצר בנשמה.
דימוי הייסורים לכוויות הנשמה מופיע במדרש המתאר מציאות עתידית, בה הצדיקים יהיו 'נכווים' זה מזה: "אמר רבי חנינא, מלמד שכל אחד ואחד נכוה מחופתו של חבירו; אוי לה לאותה בושה אוי לה לאותה כלימה" (בבא בתרא עה, א). "חופה" היא ביטוי למעשיו הטובים של האדם בעולם הזה. בעתיד, כאשר יופיעו החופות השונות, יתגלה שישנן חופות מפוארות וישנן פחות, ואלה שחופתם מפוארת פחות, כלומר – שביחס לחבריהם עשו פחות מעשים טובים, יחושו בושה למראה החופות האחרות. בדומה לכך, גם כיום כביכול הנשמה נכווית מהחופה שלה־עצמה, וכאבהּ מתגלה באופן חיצוני בנפש כיראה מעונשים, כפי שעצם הבושה שאדם חש כאשר דנים אותו בבית משפט על מעשיו הרעים כואבת לו באופן פנימי, הרבה יותר מהעונשים הנגזרים עליו ומכאיבים באופן חיצוני.
הנשמה היא האידאל של האדם, היא מגלמת את הפוטנציאל שאליו הוא יכול להגיע. החטא הוּא נֶגֶד כָּל תְּנָאֵי חַיֶּיהָ, יש תנאים לחיי הנשמה: היא צריכה להשפיע טוב וצדק ואור על המדרגות שתחתיה – הרוח, הנפש והגוף, וכאשר אדם חוטא הוא כביכול דוחה את הנשמה ומתנתק ממנה. כך תנָאֵי החיים של הנשמה לא מתקיימים. כאשר אדם מבין לעומק את התנהגותו, הוא רואה שיש בה כדי לשלול ממנו את הזכות לחיות. תנַאי החיים הוא שאדם יבטא את נשמתו, את הטוב והראוי, והחטא הוא בדיוק להפך. לכן נצרכים הַיִּסּוּרִים, שבְּעַצְמָם הֵם מְמָרְקִים אוֹתָהּ. הייסורים ממרקים ומסירים את כתמי החטא, ובכך פותחים מחדש את הדרך לנשמה, כדי שתאיר לרוח ולנפש ולגוף. וכמו תרופות מרות שהחולה מוכרח לקחת, כך תהליך התשובה כרוך בייסורים הממרקים. רק שבמקרה זה המרירות אינה רק מתלווה לתרופה, אלא היא גם התרופה עצמה.
אדם שמתמודד עם ייסורים נפשיים וגופניים מגלה שיש לו כוחות גדולים יותר ממה שחשב. לכן החובה לצום ביום הכיפורים היא כדי להתענות דווקא: "וְעִנִּיתֶם אֶת נַפְשֹׁתֵיכֶם" (ויקרא כג, לב); עינוי הנפש מגלה לאדם שהוא מוכן ומסוגל לקבל ייסורים כדי להיטיב, לתקן ולהשתפר. אנשים רבים מגלים את כוחותיהם דווקא במצבים קשים. תהליך התשובה שמביא איתו מכאובים גדולים חושף את עוצמת הטוב שבאדם, הכוחות הטמונים בו, דמותו האידאלית והמסוגלוּת שלו להתמודד ולשנות לטובה.
וְהָאָדָם הַמַּכִּיר בְּהַכָּרָה פְּנִימִית אֶת הָאוֹצָר הַטּוֹב, הַמֻּנָּח בְּתוֹכִיּוּתָם שֶׁל יִסּוּרִים אֵלּוּ, אוצר מירוק הנשמה והכוחות הגנוזים בו שנתגלו לו, הוּא מְקַבֵּל אוֹתָם בְּאַהֲבָה גְּמוּרָה. חז"ל אומרים שכאשר אדם רואה שייסורים באים עליו, יפשפש במעשיו, לבדוק במה חטא (ברכות ה, א). אך כאשר מצא שאכן יש בו עוונות מסוגים שונים, עליו לקבל באהבה את ייסוריו, משום שהם אינם "תשלום" או כפרה כמשקל נגד על הנזק שגרם בחטאו, אלא חושפים את האמת הגדולה שיש בו. וממילא, מוסיף הרב קוק – וְדַעְתּוֹ מִתְיַשֶּׁבֶת בָּהֶם, ואינו מרגיש שזו התעללות חסרת פשר, כיוון שהוא מגלה את משמעות ייסוריו והטוב שיש בהם, וּבָזֶה עוֹלֶה הוּא בְּמַעֲלוֹת רַבּוֹת, למעלה מהמצב בו היה קודם החטא. לפני שחטא, עוד לא הבין עם מה הוא מסוגל להתמודד כדי לתקן את עצמו. בזכות הייסורים הוא נחשף מחדש לעצמו, ובכך מתעלה ומשפר את יחסיו עם העולם, עם הזולת ועם אלוהים, הרבה מעבר למה שהיה בטרם חטא.
וְתַלְמוּדוֹ מִתְקַיֵּם בְּיָדוֹ. פעמים רבות יש פער בין מה שלומדים ומבינים לבין מה שפועלים במציאות. אדם מתעמק בסוגיות מורכבות ונחשף לגודל חשיבותם של ערכים מסוימים, של מוסר ושל גבורה, אך אינו נוהג כך בפועל. פער זה, הוא רעה חולה, משום שככל שחולף הזמן כך אדם מתרגל לחיות במעין שניוּת, מתרגל לחילוק שבין הלימוד למעשה. אדם כזה יכול להיות נבון ובקיא גדול, אך אי אפשר לסמוך עליו. כאשר האדם שב בתשובה על הפער שבין מעשיו לתלמודו, תלמודו מתקיים בידו, זהו "תלמוד המביא לידי מעשה" (קידושין מ, ב. ראו לעיל ז, ה).
מתוך החיבור שבין הלימוד לבין המעשה, האדם נעשה שלם, לא קרוע, ועל כן מוסיף הרב קוק: וְאָפְיוֹ הַפְּנִימִי מִשְׁתַּלֵּם, נעשה יותר שלם, במקום הקרע שחש קודם בנפשו בין עולם הרוח ועולם המעשה. מעבר לפער שבין התלמוד ובין המעשה, אדם שחטא בחטאים רבים הוא אדם מרוסק. יש בו תכונות טובות, ומשום כך הוא מרוסק לרסיסים: יש בו סתירות פנימיות קשות, שעושות את חייו מלאי ספקות וצער. קבלת הייסורים שבתשובה יוצרת שלימות ואיזון באופיו הפנימי של האדם.
וְהָרְשָׁמִים שֶׁעָשׂוּ עָלָיו עֲווֹנוֹתָיו נִמְחָקִים. כל עוון הוא מעשה מסוים בזמן או במקום, אך גם לאחר שעבר הזמן והמקום השתנה, נותר בחוטא רושם מהחטא. לעתים הרושם שנותר בחוטא יותר גרוע אף מהעוון עצמו, משום שהוא גורם לאדם לפחד שלעולם לא יוכל להוציא מעצמו את רושם הנעימוּת ותחושת החופש שבחטא; הפחד משתק את האדם, יוצר לו דימוי עצמי שלילי וכך מונע ממנו לגלות את כישרונותיו ולפעול טוב בעולם. הרב קוק אומר שיש לכך תיקון: על ידי קבלת ייסורי התשובה באהבה, נמחקות ההשלכות הרעות של רשמי החטא, ומעבר לכך – וְהֵם מִתְהַפְּכִים לְסִימָנִים טוֹבִים. רשמי העוונות לא רק נמחקים בתור עוונות, אלא מתהפכים לסימנים טובים. כאשר אדם מתגבר על מחלות מסוימות הוא מחזק את מערכת החיסון שלו, משום שכעת הגוף "זוכר" את המחלה ולא יתן לה לפגוע בו שוב. המחלה עצמה נעשית לכוח הבריאות. לשם כך נועדו חיסונים – מזריקים לגוף וירוס מומת או חלש, באותו וירוס יש תסמינים חלשים של המחלה שחולפים במהירות, והאדם מחוסן מהמחלה למשך זמן רב. כך מתוך קבלת ייסורי התשובה באהבה אדם מתאזר בביטחון עצמי, מתוך תחושה שאם הצליח לעלות מתהומות החטא הוא יכול גם להמשיך ולהתעלות ולפעול גדולות ונצורות.
שֶׁהוֹד נִשְׁמָתִי בּוֹלֵט מֵהֶם. במקום המחלה הרוחנית שיוצרים החטאים, הדָּוָה – נעשה רושם החטאים להוֹד,[103] הארה. הנשמה מאירה אל הרוח, הנפש והגוף על־ידי התשובה. לאחר שהנשמה התמרקה בייסוריה היא מאירה באופן בולט יותר ממה שהאירה טרם החטא. המילה הוֹד קשורה במילה 'הודיה' – לאחר שאדם מודה על כך שהתגבר על החטא, הוא מודה גם על עצם החטא, כי על ידי התשובה ממנו זכה בחוסן וביטחון עצמי שרשמי החטא הותירו בו.
על מילות הפסוק "וְאֵלֶּה דִּבְרֵי דָוִד הָאַחֲרֹנִים נְאֻם דָּוִד בֶּן יִשַׁי וּנְאֻם הַגֶּבֶר הֻקַם עָל" (שמואל ב' כג, א) דורשים חז"ל: "נְאֻם דָּוִד בֶּן יִשַׁי שהקים עולה של תשובה" (מועד קטן טז, ב). דוד המלך עבר ייסורים איומים כאשר מת ילדוֹ, למרות תפילותיו והצום שקיבל על עצמו; אך בכך הקים עולה של תשובה, כשהכיר בחטאו, התוודה וחזר בתשובה. בזכות תהליך של תשובה עמוקה הכרוכה בקבלת ייסורים באהבה, אדם משכלל את אישיותו ומאיר אותה בנשמתו.
