ראייה בְּחוּשׁ היא ראייה שניתן להדגים מתוך המציאות הממשית, דבר שכולם יכולים להרגיש.[99] הרב קוק עלה ארצה בשנת ה'תרס"ד (1904) – על סף העלייה השנייה, וראה את המְּחִצּוֹת שעל בני דורו, המונעות מהם את הָאוֹר שֶׁל הַהַשָּׂגָה הַבְּהִירָה. באותה תקופה יחסם של רבים למסורת ישראל השתנה לחלוטין ממה שהיה במשך אלפי שנים. לעומת העלייה הראשונה שהייתה מסורתית יותר, רבים מבני העלייה השנייה היו צעירים שכבר בגולה נעשו מנוכרים למסורת, ובאו עם אידאולוגיות אחרות. אם עד התקופה המודרנית עיקרה של היהדות היה הקשר לא-ל, שהתבטא בכל אורחות החיים; מפרטי המעשים הקטנים ועד לערכים ותפיסות המכוננות את בחירותיו הגדולות של האדם – כעת היהדות נתפסה לכל היותר כפולקלור חביב או ביטוי לאופי הלאומי, אך לא מעבר לכך. ממילא נוצרה מבוכה גדולה והתעמעמה משמעותם של כל הדברים הנגזרים מהקשר לא-ל.
במאמרו 'הדור' (פורסם בתרס"ו, 'אדר היקר' עמ' קז), הרב קוק דן בסגנון זה של כפירה שכמותו לא היה מעולם בתולדות ישראל. בעבר העוונות ברובם היו 'לתיאבון' – מתוך כניעה לפיתויי היצר, וממילא פגעו באנשים השטחיים והפשוטים. לעומת זאת, בתקופה המודרנית העוונות נובעים מתוך כפירה שפוגעת בעיקר בחשובים ובטובים שבאומה. זו מחלה רוחנית שפוגעת במקום המחשבה והערכים, אידאולוגיה שבאה להחליף את החזון של מסורת ישראל. לכן גם השפעתם של העוונות אינה כפי שהייתה בעבר; בעבר רק החיים המעשיים והפעולות שעל פני השטח השתנו, ואילו בתקופה המודרנית, הָעֲווֹנוֹת הֵם מְחִצּוֹת מַבְדִּילוֹת בֵּינֵינוּ וּבֵין הָאוֹר שֶׁל הַהַשָּׂגָה הַבְּהִירָה. תפיסת מושגי המסורת, התורה והשראת השכינה – כל אלה רחוקים מהשגתם של רבים.
תופעה זו קיימת גם כיום. אינטלקטואלים רבים, מסלתה ומשמנה של העילית האקדמית, טוענים שמדינת ישראל ביסודה ובחזונה היא חילונית בלבד. המדינה אינה יצירה שנובעת מרצף הכמיהה לגאולה שליווה את עם ישראל במשך כל הדורות, אלא להפך – תוצאה של מרד ביהדות ולא התגשמות החזון. מכאן נגזר היחס הכללי לכל מה שקורה בארץ ישראל ובעם ישראל. זה מכבר נשמט מהשיח האקדמי המונח 'עלייה', ואת מקומו ירש המונח האוניברסלי – 'הגירה'. עמעום השייכות הרוחנית וההיסטורית של עם ישראל לארצו, משווה את הנוכחות היהודית בארץ ישראל לגלי הגירה שונים ממקום למקום, שהתרחשו בתנועות האימפריאליסטיות השונות במאות האחרונות. ממילא נוצר יחס אחר לגמרי לאוכלוסייה הערבית, שלאמתו של דבר, דווקא היא תוצאה של הגירה ממניעים כלכליים במאה השנים האחרונות. זו אחת הדוגמאות לתוצאות העוון, הבאות לידי ביטוי במחשבה יותר מאשר במעשה.
הרב קוק מדגיש – וְלֹא עֲווֹנוֹת הַיָּחִיד לְבַד, גורמים לאותו הנתק, אֶלָּא גַּם עֲווֹנוֹת הַכְּלָל. עוונות הכלל נחלקים לשתי קטגוריות: האחת – העוונות המוּכרים של פריקת עול מלכות שמיים בפרהסיה; הן עוונות שבתחום התועלתי, עבודה זרה, גילוי עריות ושפיכות דמים עליהן הוכיחו נביאי ישראל, והן עוונות שבאים על רקע של אידאל ומצע ערכי המחליף את הדרכת התורה, כפי שהתחדש בעת החדשה. הקטגוריה השנייה של עוונות הכלל היא עוונותיהם של מחנה יראי ה' – העוון של חוסר פיתוח אוצרות המסורת שתחת ידינו. בזמן שצומחת מנהיגות אינטלקטואלית בצד המתנכר למסורת ישראל, אין התפתחות מעמיקה בצד ממשיכי המסורת הנאמנים לה. ישנו מאמץ עליון לשמר, אך אין מספיק ניסיונות לפתח. קל לדבר על המחנה האחר, מחללי השבתות ואוכלי השפנים, אך בנוסף לזה ישנו עוון כללי בבית פנימה, עוון הקיפאון וחוסר הצמיחה הרוחנית. הרב קוק קרא לתלמידי חכמים שיעמידו חזון מתוך אוצרות המסורת, אך נותר במידה רבה כקול קורא במדבר; ייסד ישיבה במטרה שממנה תצא המנהיגות הרוחנית היהודית לעולם היהודי כולו: רבנים, חוקרים וסופרים – אך בפועל, אמנם הוקמה ישיבה חשובה שמתוכה צמחו עוד עשרות ישיבות אחרות, אך מלבד ריבוי הלימוד עצמו, הדברים נשארו תיאורטיים בלבד ורחוקים מקריאתו הגדולה של הרב קוק. וישנם גם עשרות אלפים של לומדי תורה שבאופן אידאי לא רוצים בהתחדשות זו. את עיקר תפארתו של עם ישראל ותורתו רואים הם בעבר, מציירים את הקהילות שהיו בגלות כ"ממלכות של תורה", אף שכל פריץ גוי היה מביא לגירושן וחורבנן בהינף יד. רחובות מרכזיים בארץ נקראים על שם כפרים נידחים במזרח אירופה, ונחשבים כ"מלכות היהדות". זהו עוון הכלל כְּפוּל הפנים: אלה שמתנכרים ליהדות ולרצף ההיסטורי, ואלה שמשמרים את הרצף הזה אך לא מצמיחים ממנו דבר.
לעומת אלו, המדד להצלחה במבדק אותו ערך משה רבנו כדי להראות מי ראוי לכהונה, הוא דווקא פריחת המַטה (במדבר יז, כ) – משה רבנו בודק למי יש כוח חיים, מי מצמיח את הדור הבא שיעמיד חזון לדור נוסף, על בסיס הדורות הקודמים. זו צריכה להיות ההנהגה וזה צריך להיות היחס לתורה. הרצי"ה קוק היה מזכיר את דברי רבי חיים בן עטר בפירושו לתורה, שלעתיד לבוא האחראים העיקריים להתארכות זמן הגלות יהיו דווקא הצדיקים.[100] "יש צדיקים שאינם מאמינים", היה אומר הרצי"ה, הם אמנם מקפידים במצוות, אך היסוד העמוק של האמונה – קשר חי, מצמיח ומקדם – חסר אצלם.
אלו עוונות קשים, שעלולים לדכא את התקווה לגאולת ישראל. בזמן כתיבת הדברים אף נשמעו קולות של ייאוש מעצם קיומו של עם ישראל, מתוך תחושה שהוא מיצה את עצמו וכעת הגיע הזמן שיפנה את במת ההיסטוריה. עמים גדולים וחשובים היו קיימים בעבר וכיום לא נותר מהם דבר, ונדמה היה שכך גם גורלו של עם ישראל. בניגוד לאלה אומר הרב קוק – וּמִכָּל־מָקוֹם אֵין כָּל זֶה מְעַכֵּב, וְעַל־יְדֵי הִתְגַּבְּרוּת גְּדוֹלָה זוֹכִים לִתְשׁוּבָה. כדברי חז"ל: "אפילו חרב חדה מונחת על צווארו של אדם אל ימנע עצמו מן הרחמים" (ברכות י, א). על אף החזות הקשה של פני הדברים, בהתגברות גדולה על הקשיים השונים, קיומו של העם היהודי ממשיך ומתעצם. ההתנגדות הערבית והבריטית, הקושי שבהתיישבות החקלאית, הסכסוכים הפנימיים, כל אלה היוו אבן נגף במפעל הציוני, וכמובן אף בגולה היו צריכים למצוא דרכים להשתקם מתוך הפוגרומים האיומים. אך מתוך התגברות על הצרות הרבות זוֹכִים לִתְשׁוּבָה. עצם העלייה ארצה היא תשובה (ראו פרק יז, א; ובספר 'חזון הגאולה' עמ' רלא). בשנת ה'תרצ"ו (1936), פרץ המרד הערבי בארץ ישראל בהנהגת המופתי חאג' אמין אל־חוסייני, שכלל רצח מאות יהודים ושריפת רכוש יהודי במשך שלוש שנים, אולם כתוצאה מן הפרעות, בפועל היישוב היהודי בארץ דווקא התחזק. במקום פועלים ערבים ששבתו מעבודתם אצל יהודים, פותחו שיטות חדשות, יעילות ומהירות יותר, בכל הענפים. באירופה – האנטישמיות, הפוגרומים והשואה הנוראה, דווקא חיזקו את הזהות היהודית, ובאורח פלא שלא היה כדוגמתו בהיסטוריה, שב העם היהודי בהמוניו לארצו מתוך כבשני המשרפות והקים בה מדינה שתוך עשרות שנים נעשתה לאחת המעצמות המשגשגות והמפותחות ביותר בעולם.
מתוך התשובה של שיבה לארץ, זוכים בתוך הארץ גם לְתִקּוּן, שינוי ממשי של אורחות החיים הקודמים. ארץ ישראל היא המקום המתאים לקיום המצוות (ספרי עקב מג, יז), ואף מבחינה מעשית, כיום יותר קל לשמור מצוות דווקא בארץ – יש פחות התבוללות, שמירת השבת והמועדים במוסדות המדינה מעוגנת בחוק וקשה להשיג מזון לא כשר. ומתוך כך, זוכים גם לשלב הנעלה ביותר – לְהִפּוּךְ חֹשֶׁךְ לְאוֹר. היכולת להתבונן על כל העוונות השונים, שבפשטות מעכבים וחוצצים בין היחיד והרבים לבין אור ההשגה, ולראות כיצד הם נעשים לזכויות (יומא פו, ב). זוהי תשובה מאהבה המתאימה לארץ ישראל שבכוחה להפוך טמא לטהור (ראו לעיל ו, ה, בסופו), וזהו תהליך ההתקדמות, שהוא השלב העליון של תשובה. כך צריכה להיבנות האידאולוגיה הנכונה של לימוד התורה, על ידי הבנה רוחנית מעמיקה וחזונית.
