לעומת העיסוק במצוות מעשיות וענייני הלכה, בהם מודגשת דווקא חשיבותה של יראת חטא – שלא להשמיט או לטעות בפרטים המעשיים הנדרשים; באשר להשגת העניינים האלוהיים, יש חשיבות דווקא למידה של יראת הרוממות. כאשר נשאלות שאלות עמוקות על היחס למקור האלוהי, שאלות העוסקות יותר בדברים מרוממים – במהות ובשורשי הקיום, בהשגחה האלוהית ובמגמותיה, יש יותר חשיבות שהאדם יתיירא מלהרוס בגנזי עולם. הריסה היא פירוק והיפרדות. לקראת מעמד הר סיני צווה ה' את משה להזהיר את העם שלא יעלו להר: "פֶּן יֶהֶרְסוּ אֶל ה' לִרְאוֹת וְנָפַל מִמֶּנּוּ רָב" (שמות יט, כא). אם יעלו אל ההר, יהרסו וייפרדו ממחנה ישראל, עלולים להיהרג רבים. ההתיימרות להיפרד מן המקום המתאים לרמתו של האדם ולעלות למקום שנאסר לעלות אליו, מפאת קדושתו ורוממותו, גורמת להרס – במקום להכיר באמת את הדבר, הורסים את כל הקשר איתו. הכרת האדם בנויה על היקש מדבר ידוע לדבר שאינו ידוע, כדי להכיר דבר מסוים האדם צריך להישען על בינתו. הוא רואה יצור לא מוכר מהלך על שתיים, מכיר בעצמו שהוא מהלך על שתיים ועושה היקש – כשם שאני מהלך על שתיים ואני אדם, כך כנראה גם היצור הניצב למולי הוא אדם, שכן גם הוא מהלך על שתיים. כך גם אדם עלול לעשות באופן שאינו מבוקר ביחס למושגים אלוהיים – להשוות את רצונו של אלוהים לרצון האדם, את חכמתו לחכמת האדם וכיוצא בזה. וכאשר האדם נשען על בינתו באותם גנזים נסתרים של ענייני האלוהות, שאינו יכול להבין באמת לפי מעמדו השכלי והרוחני, הוא גורם להרס של עיוות מושג האלוהות בהשוואתו לאדם או לאחד מיתר יצורי תבל המוגבלים. הגבלה זו היא סכנה נוראה, שכן בכך האדם רק מתרחק מן האמת האלוהית ויוצר דימוי שקרי לאלוהים. בינתו של האדם היא חיונית כמובן, אך אל לה להיות משענתו היחידה ועליו להכיר במגבלותיה. לכן בעניינים האלוהיים בייחוד נדרשת יראת הרוממות, להכיר בכך שהמושגים האלוהיים נשגבים ונעלים באופן מהותי מיכולת ההכרה של האדם.
אבל כשתרחיב את מדתה לענוותנות יתירה, עד לבלי לעיין כלל בסתרי התורה ולא לחקור בחקרי האמונה, ולהתיירא יותר מדאי מכל מחקר כללי – כמה חושך היא מביאה לעולם. עם כל חשיבותה של יראת הרוממות, היא עלולה להתרחב מדי, מעבר למקום הראוי לה. מתוך יראתו, אדם עלול להימנע מן הניסיון להבין דברים שהם בגדר יכולת השגתו. למשל, ביחס לפסוק הראשון בתורה: "בְּרֵאשִׁית בָּרָא אֱלוֹהִים אֵת הַשָּׁמַיִם וְאֵת הָאָרֶץ" מזהירה יראת הרוממות שאין לנסות להבין בפשטות, שכן האדם לא יכול להבין באופן מלא את פעולת הבריאה האלוהית – שאין זהה לה בפעולות האדם. אדם יכול ליצור ולעשות כלים חדשים מתוך חומרי גלם שונים שיש לפניו, אך אינו יכול לברוא דבר 'יש מאין' כפי שהייתה פעולת הבריאה. אולם אם יראת הרוממות עוברת את גבולה ומונעת מן האדם כל ניסיון להבין פסוק זה, מכיוון שהאדם מתאזר בענוותנות יתירה של הנחה שאינו יכול להבין דבר, אזי חושך היא מביאה לעולם. שכן האדם יכול וצריך תמיד להבין יותר ממה שהוא מבין בתפיסה ראשונית – אף אם את המושג בעצמו הוא לא יכול להבין באופן מלא. ממילא אם האדם נמנע מהתעלות תבונית זו הוא מחשיך את העולם, חוסם את האפשרות להארתו בדעת.
בהקדמתו לספר 'עץ חיים' של האר"י הקדוש, מתאר תלמידו רבי חיים ויטאל שכתב מפיו של האר"י את הספר, כי השתלשלות חכמת הקבלה נעשתה: "בראשי פרקים מפה אל פה, מגלה טפח ומכסה אלף טפחים". סתרי תורה מלאים במשלים, מתוך הכרה שהמשל יכול לפתח את הכרת האדם כך שיבין יותר ויותר ויזכך את מושגיו, ובאופן זה יתקרב יותר להבנת הנמשל. יחד עם זאת שהמשל "מגלה טפח" ועל כן הוא חשוב מאוד, הוא גם "מכסה אלף טפחים", שכן הנמשל עצמו רחוק מאוד מן המשל. מתוך מודעות למגבלות ההכרה, הלימוד המבוקר והתמידי מרומם את האדם בכללו, שמרומם את העולם עמו. על כן חלילה מלוותר על מחקר, על לימוד חכמות כלליות ותוספת הבנה בסתרי תורה ואמונה.
מניעת המחקר והעיסוק במושגי האמונה, שגורמת ענוותנות יתרה של יראת הרוממות – ממילא גורמת לרבים לאיבוד האמונה: וכמה אומללים אובדים מן היהדות ורועים בשדה אחר ואין משיב, הלב נעשה רפה כשעווה ואין מתאמץ להשיב דברים בדעת והשכל שגם רחוקים יוכלו להשכילם. הרב קוק ראה בדורו את הצעירים הרבים שכפרו ונטשו את מסורת ישראל, כאשר ראו שכל שאלה שהייתה להם נדחתה על ידי הוריהם ומוריהם שהיו מלאי ענוותנות יתרה ויראה, ואסרו עליהם לשאול שאלות. ענוותנות יתרה זו הייתה כענוותנותו של רבי זכריה בן אבקולס, עליה אמרו חז"ל שהחריבה את בית המקדש (עי' גיטין נו, א). חוסר המענה יוצר קושי רב ומשבר נפשי עמוק עבור אותם צעירים בעלי כישרון וסקרנות, ומגביר את התאווה להבין את משמעות הקיום. וכשלא מקבלים תשובה בשדה רחב הידיים של אמונת ישראל, הם נאלצים ללכת לרעות בשדות זרים, לחפש מענה במדע ובמחקר המנותק מן האמונה והמסורת. שם מתיימרים לתת להם תשובות. גורמים רבים היו למשבר החילון הגדול, אך הרב קוק ראה בנקודה נשגבה זו של מחשבת האלוהות את השורש העיקרי והעמוק ביותר למשבר.[123] אל מול הכפירה ההולכת וגדלה לא היו כלים, ולא נותר אלא רפיון הלב והצער של חוסר האונים.
בסיום דבריו מתאר הרב קוק את ההיגיון ההיסטורי שגרם לאותה רתיעה מן המחקר הראוי בחכמה ובאמונה. כל תופעה ניתן לבחון מצד עצמה, כפי שהיא, וגם מתוך פרספקטיבה היסטורית כוללת, המאפשרת להבין מה גרם לתופעה זו ולמה היא הביאה. בחינת התופעה בפרספקטיבה כוללת מאפשרת תיקון עמוק ויעיל יותר. אמנם את כל זה גרמו הקלקולים הראשונים, שכדי לתקנם היו צריכים ייסורים כאלה, מפני שבדורות הראשונים היו זמנים שנתרחקנו מעל ד'. היו דורות בהם חוסר ביראה מספקת הביא לריחוק מה', כלשון הנביא: "כִּחֲשׁוּ בַּד' וַיּאמְרוּ לֹא הוּא" (ירמיהו ה, יב). הייתה גסות לב שנבעה מתחושה מוטעית של קרבת ה', בה חשבו שמושגי האמונה מובנים וברורים, שניתן להגדיר בהגדרות אנושיות פשוטות את האינסוף האלוהי. ממילא אפשרו לעצמם גם לכחש בו ולא לקיים את מצוותיו, כמו שבני ממלכה שלא אוהבים את מלכם עושים מהפכה ומחליפים את השלטון. על כן הייתה צריכה הרפואה לבוא לעומת־זה בהשכלה בדורות רבים, יראה פשוטה ויתרה. יראה פשטנית וקיצונית, שמדגישה את הפער האינסופי בין האדם לאלוהים, שהוא מעל כל סוג של הגדרה – עד שהחיים היהודים בכללם התבססו בעיקר על כניעה וכפיפות. יכול להיות שהרב קוק מתכוון לתקופת ימי הביניים, בה התרבה העניין בפילוסופיה וגרם לריחוק מן האמונה. משום כך היו מגדולי ישראל שגזרו חרם על לימוד פילוסופיה,[124] והיו שפעלו לצמצם את לימוד התורה רק לתחום ההלכה והמוסר הפשוט. התופעה חזרה על עצמה באופנים שונים בתולדות ישראל, גם מאוחר יותר, ואולי לתופעה זו בכללה מתכוון הרב קוק.
אולם למרות הנזק שגורמת היראה היתרה לאמונה, סוף־סוף היא תביא את המרפא בכנפיה. כאשר יעמיקו ביראה זו ויבינו את חשיבותה ואת גדריה. היראה מרסנת את היוהרה האנושית ומדגישה את גבולות התבונה, זהו ריסון חיוני מאוד בתקופה המודרנית, כאשר בעקבות תנועת ההשכלה והמהפכה התעשייתית האדם הרגיש שאין לו צורך באלוהים; שהוא מבין הכל ושבכוחו לשנות סדרי בראשית בנקל, אם רק ירצה. כך נוצרה יוהרה עצומה, שאותה מרסנת רק היראה הראויה, שמתוך יחס נכון כלפיה היא תרפא את האנושות ממחלותיה הרוחניות.
