כבר בדברי הראשונים רווחת חלוקה של המצוות לשתי קבוצות: 'שכליות' ו'שמעיות' (עי' 'אמונות ודעות' ג; 'שמונה פרקים' ו). מצוות 'שכליות' הן מצוות שמתיישבות בשכל, שניתן להבין את טעמן באופן מוסרי או תועלתי. כך למשל איסורי הרציחה והגניבה או מצוות כיבוד הורים, שאדם נוטה מצד ההיגיון הבריא והמוסר הטבעי לקיימן, ללא צורך בציווי מפורש. מצוות 'שמעיות' לעומת זאת, מצריכות משמעת ביחס אליהן, שכן הן אינן מובנות באופן רציונאלי פשוט. איננו יודעים מדוע התורה אסרה לאכול בעלי חיים מסוג מסוים והתירה אחרים; מה פשרם של כל פרטי המצוות שבדיני הקורבנות הרבים או מדוע רצועות התפילין צריכות להיות דווקא בצבע שחור.
ביחס לחלוקה זו אומר הרב קוק כי בדברים שהשכל מחייבם – במצוות השכליות, שאדם מקיים מתוך הזדהות והבנה, יש מקום להסברת יראת־העונש, רק במצב החולי של הנפש. כמו אצל אדם שמטבעו נוטה לאלימות. אילו לא היה חושש שיתפסו אותו שוטרים, היה פוגע בסובבים אותו ומזיק בכל מקום. במקרה כזה של חולי נפשי, יש להסביר לאדם את המצווה בתוספת איום – ישנו "שוטר" גדול שרואה הכל, ואם ממרים את דבריו הוא רואה זאת ומעניש. אך במצב הבריאות אין צורך ליראת העונש בשבילם. משום שאדם יכול להבין בשכלו הישר מדוע ראוי לקיים מצוות אלה. רק במצוות 'שמעיות' יש צורך מסוים ביראת העונש. בדומה לכך הרמב"ם מסביר כי רק במצוות ה'שמעיות', אדם שמתאווה לחטוא וכובש את יצרו הוא נעלה יותר מאדם שאין לו כלל תאווה לחטא. אולם במצוות ה'שכליות', איש המעלה הוא דווקא זה שאינו מתאווה כלל לחטא, אחר שהוא מבין בעצמו מדוע ראוי לקיים אותן (שם; וראו מידת ברית פסקה א).
וכאשר אדם בריא בנפשו ואינו נוטה באופן טבעי לדברים שליליים, ובכל זאת מסבירים לו מצוות 'שכליות' על ידי יראת העונש, כיוון שאין הגנה זו נצרכת, הרי היא מזקת בציוריה לפעמים. אדם כזה מתעלם מן המצפון והמוסר הטבעי שלו, ומתחיל לדקדק במצוות באופן עקום – אם ניתן לראות מבחינה מסוימת צד של היתר לפגוע בזולת, הוא יעשה זאת בשמחה. הוא ימהר להתגרש כיוון שיש מצווה להתגרש בגט, ואז יחזיר את אשתו, בגלל המצווה להחזיר אשה שהתגרשו ממנה. אך כמובן אלו מצוות שחלות באופנים מסוימים מאוד, וכדי לבחון כראוי האם המצב מצריך לקיים אותן נצרך שכל ישר ומוסר טבעי. ההתעלמות מן השכל הישר ונטיות הנפש הטובות גורמת לאדם להדגיש פרטים מסוימים במצוות ולתת להם מקום מרכזי בחייו, הרבה יותר מאשר כללים חשובים במצוות שאליהם הוא כמעט ולא מתייחס. וכמו אדם שמוכן לגור בארץ ישראל רק מפני שיש מצווה כזו, ואינו מכיר ביתר הערכים החשובים הקשורים בה.
אמנם לעניין השמעיות יש בה צורך במידה ידועה. שכן במצוות 'שמעיות' השכל הישר והמוסר הטבעי לא מורים לאדם לקיימן, גם אם הוא מאוד מוסרי מטבעו. על כן הקושי להתגבר על פיתוי היצר לעבור על מצוות 'שמעיות' הוא גדול יותר, ולשם כך לעיתים נצרכת יראת העונש. אולם גם במצוות אלה אין להסתפק ביראת העונש, ויש להשכיל בטעמי תורה, לדרשם ולפרסמם, עד שחלקי השמעיות ישובו להיות גם כן מכוונים אל השכל. הרב קוק מצייר חזון גדול של העמקה בתורה – לא רק בחלקים ההלכתיים של פרטי המעשים, המותר והאסור, אלא במשמעות המצוות, בתוספת הבנה על פי הקשרים ושייכות לעניינים אחרים מה הרעיון הרוחני והמוסרי שניתן לראות בהן. זוהי עבודה גדולה שכבר נעשתה על ידי אחדים מן הראשונים, בראשם הרמב"ם שדורש בטעמי תורה שבמצוות 'שמעיות', ולשם כך מביא את השכלתו הרפואית, ההיסטורית והמטאפיזית, כדי לנסות ולהבין יותר ויותר. הרב קוק עצמו טרח למצוא למצוות רבות טעמים מוסריים, אמוניים וכאלה הקשורים לקידומה של הגאולה.[111] כך גם המצוות ה'שמעיות' ישובו להיות גם כן מכוונים אל השכל. גם אם לא נובעים מן השכל בפשטות, אך לכל הפחות מכוונים אליו ומתיישבים בו. בין מצד כללותם ובין מצד פרטיותם, כמו השכליות. הן מצד העיקרון, שהרעיון הכללי של המצווה יהיה מובן ומושכל, והן מצד פרטי המעשה שבמצווה. יש להתאמץ להבין כל דבר יותר טוב, ואין להשאיר חלקים סתומים ולא מובנים.
ואז תהיה דרך עבודת ד' מתפלשת והולכת על כלל כל התורה כולה. עבודת ה' הנעלה יותר – עבודה מאהבה,[112] מתוך הזדהות והבנה, תהיה גם במצוות ה'שכליות' וגם במצוות ה'שמעיות', שיהיו מובנות ושכליות גם הן. ולא נהיה נצרכים כל־כך להמשכת יראת העונש. לא שהיא תתבטל לחלוטין, יהיה לה מקום מסוים – אך הוא יהיה זניח וקטן, משום שהיא חיצונית. אדם שמקיים מצוות מתוך יראת העונש תופס את אלוהים כאיזו מן ישות אדירה שעומדת מחוצה לו ומאיימת עליו. ואילו בעבודת ה' הראויה יותר יש אהבה ויראת־הרוממות. שנובעת מתוך הכרה בקשר העמוק שבין הבריאה בכללה וכל אדם בפרט, לאלוהים, שאינם חיצוניים לו אלא גילויים שלו, ונבראו למען תכלית נעלה.
היחס לאלוהים כבורא חיצוני לעולם המעניש ומתגמל, עלול ליצור תפיסה של שניוּת מהותית. קיימת ישות גדולה המשגיחה ומצווה, ולצידה קיימת גם ישות עצמאית, אך קטנה וחלושה – העולם בכללו ובתוכו האדם. תפיסה זו היא שגויה ביסודה. ישנה אחדות בעלת פנים שונים: בורא ונברא, שלם ומשתלם, מְצַוֶּה ומְצֻוֶּה. על הפסוק: "וַיִּפַּח בְּאַפָּיו נִשְׁמַת חַיִּים" (בראשית ב, ז), המתאר את יצירת האדם, אומרים המקובלים: "מאן דנפח – מתוכיה נפח" ('תניא' פ"ב).[113] אלוהים שנפח נשמה באדם – מתוך עצמו הוא נפח. ממילא אין כאן ניגוד ועימות, אלא אחדות, שביטוייה הם אהבה ויראת־הרוממות. אהבה נוצרת מאותה תחושת אחדות ומעצימה אותה, והאחדות מגלה את רוממות האדם כנברא בצלם אלוהים: "חֵלֶק אֱלוֹ־הַּ מִמָּעַל" (איוב לא, ב). מן השלמות האלוהית האינסופית, שמהותה אינה נתפסת אף שהיא מופיעה בעולם.
