מאז ומעולם הייתה ביקורת בענייני האמונה – ביחס להשגחה, לסוגיות הידיעה והבחירה, משמעות הנס ויחסו לטבע, ועוד נושאים שהאמונה תובעת מן האדם להגות בהם. בנושאים אלה נדרשו המאמינים לעסוק גם לפני אלפי שנים, בשינויי מושגים, הגדרות וניסוחים. בעידן החדש נוסף פן של ביקורת, מטעם ענפי המדע שהתפתחו מאוד – היסטוריה, ארכיאולוגיה, בלשנות ועוד, תחומים שהעיסוק בהם הביא לממצאים שנראים כסותרים את העובדות שהאמונה מתבססת עליהם. ידועה למשל, הביקורת על מעשה בראשית המתואר בתורה, כאשר הטענה המדעית היא שהיווצרות היקום הייתה במשך מיליארדי שנים, ולא מספר ימים כמתואר בפשט הפסוקים שבתורה. כך גם מאורעות כמו גלות מצרים, מעמד הר סיני, נדודי המדבר וכיבוש הארץ – על כל אלה קיימת ביקורת מתחומים מדעיים שונים. גם לגבי הטקסט המקראי עלו טענות שונות: שהוא אינו אחיד ועל כן מסתבר שהוא נכתב על ידי אנשים שונים, ועוד. לביקורת זו היה מעמד מרכזי בשינויים התרבותיים והרוחניים שפקדו את החלק המפותח של האנושות – אירופה ואמריקה בעידן המודרני, שכן הייתה לביקורת השפעה על אנשים מסוימים שהפכו למנהיגי תנועות רוחניות וחברתיות, אשר יצאו נגד צורתה המקובלת של האמונה. מובן שבאותו הזמן היו גם שיצאו להגנת המסורת והאמונה, שהשתדלו בהצלחה לא מבוטלת להסביר את הדברים באופן מעמיק יותר, כך שלא יהיה מקום לביקורות השונות.
הרב קוק דן בשאלה זו כאשר הביקורת בעיצומה, וגם ההגנה מפניה בעיצומה. כיום הביקורת פחות תופסת את זירת הדיון הציבורית, שכן למעשה כנגד רוב הטענות שנטענו נמצאו תשובות טובות. בנוסף לכך, גם המוטיבציה של המבקרים פחתה, מכיוון שבמציאות החיים יכול כיום כל אחד לחיות את חייו ללא לחץ מיוחד. מי שרוצה לחדול מקיום המצוות יכול בהחלט למצוא מעמד חברתי מכובד, ועל כן הוא אינו מרגיש צורך למצוא הוכחה מסוימת להשתמש בה בכדי להסביר את צעדיו. ושלא כמו שהיה בעם ישראל לפני כמאה שנה ויותר, כאשר החברה בכללותה הייתה שומרת מצוות, ועזיבת אורח החיים הדתי הייתה משמעותית מבחינה חברתית הרבה יותר. כיום ישנה סבלנות. גם כאשר קיימת אי־שביעות רצון בצד החילוני כלפי הדתיים ובצד הדתי כלפי החילונים – זו אי־שביעות רצון כבושה, שכן יש שאלות אחרות שמעסיקות את כולם יחד או כל אחד לחוד, כך שכמעט אין מי שמעמיד ביקורת זו כקנה מידה לאורח חייו.
גם אילו הביקורת בענייני האמונה תהיה צדיקה במשפטה, כלומר – צודקת בטענותיה, שעוד לא יובנו התפיסות והדימויים שיש במסורת על תקופות העבר, למשל, שכן ממצאי המחקר המדעי על אותם הזמנים יסתרו אותם. זה יהיה דווקא ביחש לחיצוניות המחזה, לסדרי המאורעות וגופי המעשים, ולא לתוכן הפנימי של הדברים, למשמעות המשתקפת בהם. ועל כן, תהיה תמצית המשפט שהיא מוציאה על האמונה, המסקנות המעשיות מן הביקורת – משפט מעוקל. עקום ולא נכון, משום שאין קשר הכרחי בין חיצוניות המחזה לבין תוכנו. יכול להיות תוכן ראוי ונעלה, שמשתקף כלפי חוץ באופן מעוות ולא נכון. דברים אלה מתרחשים פעמים רבות, אנו מסיקים מסקנות לא מדויקות על פי חיצוניות הדברים, מצרפים מאורע למאורע וחושבים שמדובר בסיבה ותוצאה – כאשר יכול להיות שאין קשר בין הדברים וסיבה אחרת לחלוטין הביאה לאותה תוצאה. אם אנו רואים אדם שנכנס לביתו של הזולת והוציא ממנו חפץ, אנו חושדים שמדובר בגנב, כאשר יכול להיות שאותו "גנב" נשלח על ידי בעל הבית בעצמו להביא לו את החפץ מביתו. תמיד צריך לבחון היטב מהו התוכן העצמי של המציאות החיצונית, כי דווקא על ידי לבוש הקבלה והאמונה הפשוטה תתגלה התמצית האמיתית של האמונה. רק לאחר שמקבלים את המסורת בפשטות, עם כל לבושיה הפשוטים, הבוסריים ואפילו הפרימיטיביים – ניתן להגיע אל התוכן הפנימי הנעלה. אדם רוצה לבטא את אמונתו, ולא תמיד הוא מסוגל לעשות זאת באופן הראוי, מצד רמת האינטליגנציה שלו או יכולת הביטוי, ועל כן הוא מבטא את האמונה במסגרות פשטניות ואפילו רדודות. כיום, לדוגמא, יש נהירה המונית לקברי צדיקים, הבערת מדורות והשלכת נרות לתוכָן – אלו מעשים שבעין מדעית וביקורתית נראים חסרי ערך ומזיקים, אך כמה שמעשים אלה יהיו נלעגים בעיני הביקורת המדעית, עבור המונים רבים הם הכלים לבטא את האמונה, נקודת אחיזה נפשית להיעגן בה. לכן עם כל הביקורת עליהם יש להיזהר מלבוז כלפיהם או לקרוא לביטולם באופן גורף.
הרב קוק מוסיף שהאמונה היא צורת החיים הפנימיים של המעשים והתפיסות שנמתחת עליהם ביקורת. צורה זו אידאה, האמונה היא האידאה העליונה של המעשים השונים שמחברים בין הפרט לכלל, בין ההווה לעבר ולעתיד, בין הגשמי לרוחני, בין הזמני לנצחי, בין התועלתי לבעל הערך העצמי. האמונה יוצרת רציפות והשלמה בין תחומי החיים וחלקי הנפש השונים, ועל כן דווקא מתבקש שחלק מכֵּלֶיהָ, מן הביטויים והמסגרות שבהם היא מתגלה, יהיו הפשוטים ביותר, שלא מתעמתים עם נתוני הביקורת של המדע והמחקר. צריך כמובן תמיד לשאוף לזיכוך ושכלול האמונה, לרומם את כלל הציבור, כך שלא תהיה פשטנות ושטחיות ביחס לאמונה; אך עם זאת – גם אם רוב המאמינים יהיו שטחיים ואפילו נלעגים, לא תהיה בכך סתירה לאמיתות האמונה.
במשפט העברי קיים כלל גדול, שלא נמצא במשפט המקובל במדינת ישראל כיום: "פְּתַח פִּיךָ לְאִלֵּם" (משלי לא, ח). כאשר דיין רואה שאחד מבעלי הדין אינו יודע לומר את טענתו בניסוחים משפטיים רשמיים, לא יודע לבטא כראוי את דבריו – עליו להקשיב היטב, אפילו לחלקים שאינם קשורים לעניין, לברור מתוך דבריו של בעל הדין את תמצית האמת שרוצה בעל הדין לטעון למעשה, ולומר זאת בשמו (עי' שו"ע חושן משפט יז, ט). משום שלנגד עיני הדיין צריכה לעמוד שאיפה לבירור האמת, גם כאשר הדבר גורם להארכת הדיון וביטול זמנם של הדיינים. הדבר נכון כמובן גם ביחס לאמונה וללבושיה הנתונים לביקורת מוצדקת – יש לברר את צורת החיים הפנימיים, את האמת הפנימית שאפשר לחשוף מבעד לכל הלבושים המתאימים פחות.
לכן הצדיקים הגדולים, שהם החכמים היותר מעולים, ישיגו התמצית הפנימית של האמונה, שהיא המתגלה על ידי לבושי ההגדרות והמסורת היותר פשוטה. כמו דיינים המעמיקים ומבררים את דברי בעלי הדין מתוך חיפוש האמת הפנימית שבהם. ודבר זה לא נעשה תוך התעלמות מן הביקורת או תקיפתה בטענה שאינה אלא הבל, אלא דווקא על ידי התעמקות ידיעתם בסדרי הביקורת. הצדיקים מבקרים את הביקורת – בכך שהם לומדים אותה, מתעמקים ומבינים את הכלים הנכונים והמושחזים של הביקורת, ואז גם מבינים את מגבלותיהם של כלים אלה. הביקורת יכולה להתייחס לצד החיצוני של המסורת, לאופנים בהם מתבטאת האמונה על ידי המאמינים ולתפיסות השונות ששזורות באמונה. אך הביקורת אינה יכולה להתמודד עם צורת החיים הפנימית, עם האמת העצמית של האמונה. כאשר הצדיקים נותנים את המקום הראוי לביקורת החיצונית, מבררים לאור הביקורת מהו ערכם של עניינים שונים באמונה, מה באמת צריך זיכוך מסוים ומה בסיסי ומהותי ואין ממש בביקורת כלפיו, הם משיגים את התמצית הפנימית של האמונה. תפיסות אידאיות, ערכים וחזון המתגלים בכלים החיצוניים, בסיפורים, בלבושים ובתיאורים של האמונה. ואז לא זו בלבד שהביקורת אינה מערערת את אמונתם, אלא מכיוון שהיא משמשת ככלי לבירור האמת העצמית, להבחין בין חיצוני לפנימי – בזכות הביקורת אמונתם עוד יותר מזדככת ודבקותם בה' משתכללת.
הרב קוק מציין שהצדיקים הגדולים אינם הקנאים הגדולים שממהרים לתקוף בחזרה ולשלול כל ביקורת, אלא החכמים היותר מעולים. שמתוך ענווה וטהרת לב יודעים לבחון את עומק המתרחש, להקשיב ולדעת שגם אם המסקנות הגלויות שליליות בעיניהם צריך לבדוק מה הביא למסקנות אלה, ולהפריד בין הטענות הריקות שהן כקצף על פני המים, לא יותר מאשר אִוְושת האופנה – לבין הטענות שטמונה בחובן אמת משמעותית. לשם כך נדרשת חכמה שהיא חלק אינטגרלי מן הצִדקוּת הגדולה. לאותם צדיקים יש נכונות לערער תפיסות חיצוניות יותר, שהתקדשו ונעשו לחלק מן הזהות ועל כן הן יקרות וחביבות, עד שהטלת ספק בהן גורמת לחלחלה וכאב רב, אך הן אינן התיאור היחיד האפשרי וגם לא התיאור המדויק ביותר. לכן הם מוכנים לאשר את הביקורת וגם לבקר את הביקורת, לשים לה גדר אמיתית ולא ליפול למלכודת של קידוש התמונה המדעית של רגע מסוים לעולמים.
ואז הם מחיים את הלב באור החיים של חכמתם. שכן הם אינם מתכחשים לאף אחד מגילויי הרוח של האדם, אינם מבטלים וממיתים את הנטייה הנפשית לחקור ולבקר – גם כאשר מסקנותיה אינן מתאימות או אף סותרות את המסורת היקרה, עד לבירור האמת הנכספת. וכדברי הרמב"ם כלפי דבריהם של חכמי אומות העולם: "שמע האמת ממי שאמרה" (הקדמה למשנה, מהד' הרב שילת עמ' רכז). אף כאשר מי שאמרה אינו מתחום האמונה והמסורת המקובלים. מתוך ביקורת עמוקה על הביקורת, הכרת הנחות היסוד שלה והערכים המנחים אותה, צעד אחר צעד ותקופה אחר תקופה האמונה מזדככת ומשתכללת, משילה מעצמה את לבושי התיאורים הפשטניים והמוטעים ומתלבשת בלבושים טובים וטהורים יותר, אמיתיים יותר. בכך הצדיקים ממלאים את העולם כולו אמת ואמונה וחסד עליון. חסד כלפי כל – גם כלפי הביקורת, כאשר מתייחסים כראוי בכובד ראש לטענותיה, וגם כלפי האמונה, כאשר לא שוללים אותה בגלל הביקורת אלא מבררים היטב את מקומו ומעמדו של כל עניין ועניין ומגלים אותו מחדש באופן אמיתי יותר. מתוך בירור והעמקה מתגלה למשל, שכבר חכמים קדמונים כתבו שתיאור מעשה בראשית המופיע בתורה אינו כפשוטו, ושלא מדובר בתהליך שארך ששה ימים כמו הימים המוכרים לנו, אלא בתקופות ארוכות (עי' מו"נ ב, כט). מנגד – מתברר שגם טענות המחקר אינן מבוססות דיין, וזמן לא רב אחרי שמתפרסמת מסקנה "עובדתית" לגבי פרט מסוים, מחקר אחר מפריך אותה, כך שאין כל קושיא על האמונה. וכיוצא באלו בכל חלקי האמונה והמחקר לגוניהם השונים.
