כמו כל דבר השייך להכרת האדם, גם האמונה לא יכולה להיות ללא סיגים מזיקים. כל תפיסה אנושית היא מוגבלת וחסרה, מעצם מהותה, ועל כן צריכה לעבור תהליך מתמיד של העמקה והתפתחות שיזככו אותה מסיגים של הבנות שגויות, המזיקות לאדם ומעוותות את תפיסת העולם שלו, רגשותיו והשקפותיו.
אין גבול למידת ההתעלות הנדרשת באמונה, אולם ישנם שלבים מסוימים בסולם ההתפתחות של האמונה, שאם לא מתעלים מהם לשלבים מזוככים יותר, האמונה עלולה לגרום לאדם יותר נזק מאשר תועלת. בנוסח המקורי של פסקה זו (פנקס ה, רכח), הדבר מודגש על ידי משל: האמונה בעצמה היא מלאה סיגים מזיקים, עד אשר תטהר בכור המוסר והדעת, ואז תתגלה בטהרתה. המזדקק לאמונה טרם טוהרה, הוא כקרב לאשה דווה, סימן לדבר כְּטֻמְאַת הַנִּדָּה הָיְתָה דַרְכָּם לְפָנָי (יחזקאל לו, יז). האהבה והקִרבה שבין איש לאשתו היא נפלאה וחשובה, ובכל זאת יש לה סייגים, ובמצבים מסוימים של טומאה נדרשת דווקא הרחקה בין בני הזוג. כאשר מתקיימת קרבה בין איש לאשתו בזמנים של טומאה, הנזק שבַקרבה עולה על התועלת והיופי שבה. כך היא גם האמונה עבור האדם – למרות כל חשיבותה ותועלתה המרובה, ישנם אופנים שונים שבהם האמונה יוצרת נזק שהוא גדול מן התועלת שבה. להט גדול של אמונה הוא מבורך, כמו אהבה וגעגועים בין איש לאשתו; אולם אם אמונה זו אינה מזוככת, הלהט שבה עלול להביא את האדם לגרועים שבמעשים – כפי שאפשר לראות באמונות שונות שהביאו את מאמיניהן לרצחנות ותועבות איומות בשם האמונה. נראה שהרצי"ה קוק בעריכתו בחר להשמיט את תוספת המשל, שכן הוא עלול להיתפס באופן מוטעה ולפגום בהבנת המסר העיקרי של הדברים.
כור המוסר והדעת, בו מצרפים ומנקים את האמונה מסיגים מזיקים, הוא הערובה לשמירת טהרתה של האמונה – המאפשר לאמץ אותה מבלי שתגרום לנזק. כאשר ישנם חלקים באמונה שצורמים את מצפונו של האדם, שהחוש המוסרי שלו ודעתו אינם מקבלים אותם בשוויון נפש, עליו לבחון היטב האם חלקים אלו נכונים וראויים או שאינם אלא סיגים של טעויות שיש להסיר מן האמונה.[40] לכן אמרו חז"ל שלא כל אדם ראוי להתחבר עם בני ישראל, שעליהם נאמר שהם: "הרחמנים והביישנין וגומלי חסדים" (יבמות עט, א). כאשר מגלים פגם במידותיו של אדם, באמות המידה המוסריות שלו – הוא אינו מתאים לאמונת ישראל, לבשורה המוסרית הגדולה שישראל נועדו להביא לעולם (ראו לעיל פסקה ד). לא בכדי במסורת ישראל אלוהים נמשל גם לאב רחום – שגם כאשר הוא מוצג ככועס ומעניש, הדבר נועד רק לשם חינוך, תיקון והטבה עם הבריות.
