מכיוון שהמקור האלוהי הוא אינסופי ועצמותו לעולם אינה נתפסת, האמונה בו צריכה להיות תמיד בתהליך של התפתחות, העמקה והתקרבות לאמת העצמית העליונה. על כן אסור שיהיה מצב של הכרח באמונה, של הגבלה מוחלטת לתפיסה מוגבלת אחת, אלא תמיד צריכה להיות בה אפשרות של כפירה, הכרה במוגבלותה של ההכרה ותפיסת האמונה הנוכחית, שיכולה תמיד להתגלות כבוסרית ופחות מדויקת מתפיסה אחרת.
הכפירה מובנֶית באמונה טהורה. היטהרות היא התבדלות מסיגים חיצוניים – כאשר אדם טובל במקווה הוא נטהר ומתבדל מן הטומאה שאחזה בו. משום כך, כאשר חולף זמן והכרת האדם מתפתחת יותר, יכול להיות שתפיסות שהתקבלו אצלו בעבר תִּדָּחֶנָּה בהווה, שכן משהעמיק והחכים, תפיסות שהיו נכונות בעיניו כבר אינן מתאימות לרמת הכרתו וממילא שגויות עבורו. לימוד אמונה הוא תהליך נפשי ורוחני של בירור, העמקה והבנה וממילא כפירה בהנחות קודמות. וכשם שאדם באופן פרטי צריך לשים לב שכאשר הוא מתפתח בהכרתו, עליו לכפור באמונותיו הקודמות ולעבור לאמונות מזוככות יותר, כך גם החברה. הרמב"ם הגיע למסקנה בדורו שצריך לעבור לאמונה מזוככת יותר, להבהיר שהענקת תכונות גשמיות ואנושיות לאלוהים היא טעות חמורה שיש לכפור בה (עי' רמב"ם הל' תשובה ג, ז). במידה מסוימת הרמח"ל המשיך בדרכו, כאשר כתב שיש ללמוד את תחום המידות והיראה ולא להניח שהוא מובן מאליו, להיזהר שלא להניח ליראת שמיים להיזנח ולהיתפס בצורה מעוותת (הקדמת מסילת ישרים). אם המעבר לאמונה מזוככת יותר לא נעשה על ידי חכמי הדור, מתוך יראת־שמים וקדושה, הדבר נעשה על ידי גורמים שקיימים מחוץ לעולם האמונה – בכפירה טוטאלית, לא רק בתפיסות מסוימות שצריך לכפור בהן.
בכתב היד של הרב קוק, לפני שבְּנוֹ הרצי"ה ערך את הפסקה כחלק מעבודת העריכה של הספר, הניסוח היה: האמונה בטהרתה תצא דווקא על ידי אפשרות של כפירה בלא שום הגבלה (פנקס הדפים ד, עה). נראה שהרצי"ה רצה להקהות מעט את עוקצו של המשפט, אך המשמעות הכוללת זהה – לא יכולה להיות אמונה טהורה, כאשר יש בה דימוי מסוים, הנחה או רעיון, שאינו נתון לדיון – ואף לכפירה. גם הנחות יסוד שאדם באופן טבעי מתיירא מעצם העיסוק בהן, ובאמת ראוי לנהוג בהן בזהירות רבה – גם ביחס אליהן צריך להיות תהליך של חשיבה ובירור שכולל בתוכו אפשרות של כפירה, כמובן רק מתוך העמקה ראויה ולא בפזיזות וקלות דעת.
