כל תהליך לימודי הוא בעיקרו הרחבה של תפיסות היסוד הקיימות באדם באופן מולד. למשל, בתפיסת המציאות שלנו קיימות שתי נקודות יסוד: מרחב וזמן. לכל אובייקט מוחשי שאנו מכירים יש מרחב וזמן מסוימים בהם הוא נמצא. על כן, כל ידע שנרכוש, בין אם על ידי חוויות חושיות ובין אם על ידי לימודים, בדרך כלל יצטרף לנקודות יסוד אלה של הכרתנו וידיעתנו. איננו מסוגלים לרכוש ידע שיהפוך לגמרי את תפיסת המציאות שלנו, שכן הכרתנו בנויה בצורה מסוימת שאנו "כלואים" בתוכה. זהו גם הבסיס ליכולתו של אדם למצוא שפה משותפת עם כל אדם אחר בעולם – גם אם יפגישו מלומד שגדל בסביבה מודרנית ומתקדמת, עם בן שבט אפריקאי שגדל ביערות ולא ראה תרבות אנושית אחרת מעולם, הם יצליחו לתקשר זה עם זה בשלב מסוים, על בסיס תפיסות היסוד המולדות של שניהם.
כך גם ביחס ללימוד האמונה. האמונה ביסודה איננה ידע נרכש, אלא חוש רוחני שקיים באדם באופן מולד: חוש האמונה. אמונה היא היסוד הראשי של נפש האדם וקיומו: מבלי שתהיה לאדם אמונה בנתוני המציאות שחושיו קולטים עבורו – עם כל הביקורת שיש לו כלפי חושיו, עם כל הטעויות שהוא עושה וההכרה שהחושים פעמים רבות כוזבים – הוא לא יוכל לקיים אורח חיים תקין. כך גם ביחס למשפחתו וחבריו של האדם, הוא מוכרח לתת בהם אמון. אם לא יאמין בעולם ובעצמו, גם אם יהיה ברוך כישרונות ביותר, הוא יהיה חסר אונים. האמון שאדם רוחש כלפי סביבתו הוא תשתית חיונית עבור כל פעולה. כמובן, יחד עם זאת שחוש האמונה הוא מולד וקיים באופן טבעי, יש לפתח ולממש אותו במציאות, כמו כל כישרון טבעי שצריך לפתח כדי שיבוא לידי ביטוי באופן השלם והטוב ביותר.[21]
לביטוי חוש האמונה, שאין לו דווקא משמעות תיאולוגית דתית, מצרף הרב קוק את הקשר למקור האלוהי: יראת־שמים הברורה הטבעית. מקורו של האמון הבסיסי שאדם נותן במציאות, הוא החיבור שיש לו למקור העליון של הקיום. כדי לתת אמון נצרכת ודאות, מוחלטוּת, והאדם לא רוצה להסתפק במוגבל ובזמני שאינו ודאי. על כן, קיימת נטייה טבעית באדם לבסס את אמונו על המוחלט האינסופי – האלוהים. ניתן לראות זאת בעובדה שבכל תולדות האנושות לא נמצאה מעולם חברה מכל סוג שהוא, פרימיטיבית או מפותחת, קטנה או גדולה, שלא פיתחה יחס מסוים לאלוהים. גם אצל אנשים רחוקים ביותר מכל מרכז של תרבות רוחנית, כאלה שהיו חיים בתנאים טבעיים קשים מאוד, כך שעיקר מאמציהם וזמנם הוקדש להשגת צרכים בסיסיים של קיום גופני – היה קיים פולחן דתי מסוים. לעיתים היה זה פולחן מאוד בוסרי, מעוות או גם אכזרי, אך מכל מקום קיומו מבטא את הקשר היסודי והתמידי לאלוהים. שיטות פילוסופיות או תנועות תרבות ואומנות שהתפתחו בעידן המודרני והתנכרו לרעיון האלוהי, הביעו דווקא את הייאוש והאכזבה העמוקה של האדם מן העולם ומעצמו.
משום כך, בכל ההשכלות וכל הפילוסופיות האלוהיות הננו רואים רק הרחבה של הנקודה הפנימית של חוש האמונה ויראת־שמים הברורה הטבעית. אלמלא נקודת האמונה הטבעית לא היינו מגיעים לאותן השכלות ופילוסופיות. שכדי להרחיב את גבוליה, לפתח את הכוח האצור בה, דרושים כל סעיפי הלימודים, בין המעשיים, כמו ספרות ההלכה, שעיקרה עוסק במעשי האדם, בין העיוניים, ההגדרות הכוללות של מושגים ועקרונות, השכליים וההרגשיים, גם בתחום התרבות האומנותית והדמיונית, הכל בא על גבי החוש היסודי שקיים באדם. בדומה לכך, הפיזיקה עוסקת בתכונות הזמן, המרחב והחומר. אך ללא תפיסת החומר הבסיסית שיש בנו לא היינו יכולים לעסוק בפיזיקה, כך שהיא אינה אלא מרחיבה, מפרטת ומדייקת את הידוע לנו כבר מבחינה מסוימת. הזיקה הבסיסית שיש לאדם למדעי הטבע היא זו שגרמה לו לפתח אותם. כך גם הפילוסופיות האלוהיות – מפני שקיים בנו חוש האמונה, שלעיתים מטעה ומאכזב אותנו, אנו רוצים להבין כיצד לפתח ולממש אותו בצורה המיטבית. זהו הגורם לכל הספרות, המחקר ויתר העיסוק באמונה על אופניו השונים.
על כן בזאת תלויה היא ההצלחה של הלימודים, כשהם מקושרים יפה להנקודה החיה הפנימית הטבעית לנשמת האדם. לימודים מצליחים הם לימודים שמרבים חיים, שמביאים לאדם שמחה וסיפוק – ובו בזמן מדרבנים אותו ללמוד יותר, מתוך ביטחון פנימי ויציבות. כאשר הלימודים נובעים מנקודת האמונה והיראה הטבעית ומרחיבים אותה, אדם מעצים את אמונתו ואינו חושש להרחיב את אופקיו ולהעשיר את השכלתו. יראה איננה פחדנות, אלא התפעמות וכבוד שיש עמהם זהירות, עדינות ודיוק, וממילא גם רצון להמשיך, להרחיב יותר את הדעת ולהתקרב עוד לאמת. דווקא קישור יפה להנקודה החיה הפנימית מביא להצלחת הלימודים. יכול להיות גם קישור לא יפה – כאשר האדם אמנם מממש את חוש האמונה שלו על ידי מעשים דתיים, אך זו דתיות שסותרת את ההתפתחות האנושית ומעיבה על החיים. למשל, את עידן ימי הביניים יש היסטוריונים שמכנים 'עידן החושך', שכן פעמים רבות הממסד הדתי שהיה אז שלט בתרבות באופן מעוות ואכזרי, וממילא החשיך את החיים והִצדיק עוולות ובורוּת. ואילו הקישור היפה לנקודת האמונה מדגיש את יופייה של הבריאה בכללה וחשיבות טיפוחה ושכלולה, וכך יוצר כר נרחב למחשבה האנושית להתפתח ולהיות מקורית, מקיפה ומדויקת.
עם ישראל נועד לשאת את הבשורה האלוהית לעולם כולו, ולשם כך נדרשים אומץ מיוחד ואמונה בעולם וביכולתו לממש את ייעודו האלוהי. על כן נקודת האמונה הפנימית מאירה באור חיים אמיצים בנשמה הישראלית ביחוד. בניגוד להתייחסות הפשוטה לחוש האמונה – כאמצעי שמאפשר לאדם לשרוד, לבטוח במציאות ולפעול בה,[22] אברהם אבי האומה הישראלית בודד את האמונה מתוך החיים והעמיד אותה במרכז, כמטרה בפני עצמה, ולא רק כאמצעי. באמונה, בקשר עם אלוהים, הוא ראה את תמצית הוויית האדם. מתוך שאיפה שמילאה את ישותו לגלות מה מקור המציאות ומשמעותה זכה אברהם גם למענה של התגלות אלוהית: "משל לאחד שהיה עובר ממקום למקום וראה בירה אחת דולקת. אמר: תאמר שהבירה זו בלא מנהיג? הציץ עליו בעל הבירה, אמר לו: אני הוא בעל הבירה. כך לפי שהיה אבינו אברהם אומר, תאמר שהעולם הזה בלא מנהיג? הציץ עליו הקב"ה ואמר לו: אני הוא בעל העולם!" (ב"ר לט, א). את הביטוי "בירה דולקת" אפשר להסביר כמציאות שמורכבת מפרטים שונים, הנראים כדולקים זה אחר זה בתנועה בלתי פוסקת – כך נראה העולם בעיני אברהם אבינו, כמחזה מרהיב של אנרגיה כבירה, אך ללא פשר ומגמה. גדולי הפילוסופים, אנשי הדת והמדענים, תהו מה הם החוקים של אותה תנועה. כאשר מבינים כיצד פועל העולם, מהו העוגן הבלתי משתנה במציאות, ניתן לשרוד ולשפר את רמת החיים. אולם אברהם שאל מי הוא זה שחוקק את החוק הקבוע בעולם, מי העניק את התוקף לחוקי הטבע. בכך התעלה אברהם מעל מעמדו הראשוני כיצור המשועבד לעולם שרק מנסה לשרוד בו – למעמד אלוהי, שמתבונן בעולם מן החוץ ורואה את משמעותו ותכליתו. אצל צאצאיו של אברהם אבינו המענה האלוהי התרחב לכדי תורה, הדרכה מפורטת כיצד לחיות לאור ההכרה במקור העולם ולמלא את מגמת הבריאה. במעמד הר סיני, המכונה "עמוד האמונה" בפי הרמב"ם (אגרת תימן), התגלה כי לחוש האמונה יש תוקף של קודש, שמקורו של האמון שאדם רוחש לעולם הוא נקודת קדושת האמונה האלוהית, יסוד יראת ד' באמת. בזכות הקדושה שמעניקה תוקף לאמונה, יכולה להיות בה גם יראת ה'. התפעלות ויחס של כבוד, עדינות וזהירות ביחס להוויה – שנבראה מתוך מגמה אלוהית ויש משמעות ותכלית נעלה לקיומה.
קישור הלימודים כולם אל נקודת האמונה, צריך להיות מתוך שאיפת חיים פנימיים, מתוך הרגשה ערה וזהה. הרגשת הזדהות ולא ניכור. הלימודים שמפתחים את חוש האמונה אינם צריכים להיות במקום תחושותיו של האדם, בניגוד לדברים שאיתם הוא מזדהה באופן טבעי, אלא להפך – עליהם לתת ביטוי יותר ויותר מדויק ונכון לנפש ולחוויית המציאות מתוך ערנות ושימת לב לכל הפרטים שהאדם רואה. שלא יהיו בהכרת האדם שתי תפיסות סותרות, מושגי האמונה שלמד באופן חיצוני, ותפיסתו האינטואיטיבית המקורית. לכן חוש האמונה תמיד נוטה להתפתחות, שאיפותיו הפנימיות של האדם תמיד מביאות אותו לעמדה יותר מדויקת, כוללת ומלאה, ובהתאם לכך גם מושגי האמונה, התפיסות והערכים שהוא מגבש לעצמו.
ההרגשה שצריכה ללוות את גיבוש המושגים המממשים את חוש האמונה צריכה להיות גם אדירה ומכוננה בכל חוקי החיים היותר עזיזים. אין לגשת לאמונה מתוך חולשה ומסכנוּת, אלא בעוז המבטא את צלם אלוהים שבאדם, את נשמתו שהיא "חֵלֶק אֱלוֹ־הַּ מִמָּעַל" (איוב לא, ב). חוק החיים הוא שאדם רוצה להיות מאושר, חזק ובריא, והאמונה צריכה להעצים חוק זה. שבחו של הבורא אינו כאשר בריותיו חולות ומסכנות, אלא כשהן במלא כוחן, בבריאות וצהלה. לשַם צריכים להביא לימודי האמונה. שכל הנשמה כולה בכל חושיה, כוחותיה, אורותיה ונטיותיה, קשורים וקבועים בה. בנקודת האמונה הפנימית והטבעית שבאדם. האמונה צריכה לחיות ולהעצים את כל כוחות החיים של האדם מיסודם – מנשמתו, על כן אם הוא רואה שעיסוקו באמונה גורם לו לחולשה, להמעטת החיים ורפיון מתיקון העולם, עליו לבחון היכן שגה. זהו עיקרון יסודי שצריך להיות בבסיס החיים, בלימודים ובעבודה, בקשרים חברתיים ובשאיפות, כמצפן שמראה את הכיוון הנכון.
