שני מקורות ישנם לאמונה: מקור אחד, האמונה הטבעית, הציג הרב קוק בפסקה הקודמת בתור חוש בסיסי בנפש. באופן טבעי אדם נוטה להאמין. חז"ל מתארים שאמונה טבעית כזו הופיעה באופן כה מפותח אצל אברהם אבינו, עד שהייתה נחשבת כמו התורה: "זימן לו הקב"ה שתי כליותיו כמין שני רבנים, והיו נובעות ומלמדות אותו תורה וחכמה" (ב"ר סא). כך כל אדם שמתבונן בגדולתו של העולם, בחכמה וביופי הזרועים בו, במורכבותה המופלאה של ההוויה שאינה סותרת את האחדות היסודית הקיימת בה גם היא – כל אלה מעוררים ומפתחים את חוש האמונה בנפשו (ועי' רמב"ם יסודי התורה ב, ב). מלבד זאת, קיים באדם גם צורך נפשי להיאחז במקור עוצמה גדול ממנו, המסוגל להעניק לו נוחם ואושר, ביטחון ויציבות. בניגוד למקור הראשון, שהוא אוטונומי ופנימי, מקור שני לאמונה הוא הטרונומי – מחוץ לאדם: המסורת, האמונה המנוסחת בתורה ומסתעפת גם לפעולות שונות, מצוות ועבירות, מורה לאדם את האמונה ומשמעותה הרוחנית והמעשית.
באמונה הטבעית יש עוז טבעי ורעננות של אומץ, בזכות חוש האמונה אדם מרגיש שהוא מסוגל ליותר, שביכולתו להתעלות. ניתן לראות בתולדות האנושות שהרגשה זו יצרה מעשי גבורה, וגם מיתוסים ויצירות אומנותיות מרהיבות מסוגים שונים. כמובן, עלינו לבקר את אלה, לבחון האם מעשי הגבורה אכן היו ראויים ומהי ההשפעה של יצירות האומנות על הנפש – האמונה הטבעית גם גרמה למעשי אכזריות נוראים, וכמובן ליצירת העבודות הזרות למיניהן. יכולה להיות כוונה רצויה, שהמעשים המממשים אותה אינם רצויים כלל (עי' כוזרי א, א). אדם נוטה לחפש ביטוי מוחשי לאמונתו, ומבלי העמקה מספקת הוא מגיע למסקנות מוטעות. משום כך הרב קוק אומר כי האמונה הטבעית צריכה להיות חוזרת ונשתלת בשדה אשר ברכו ד', לאחר ש"נעקרה" ממנו. בגן־עדן, מציאותו האידאלית והמקורית של העולם, אמונתו הטבעית של האדם שנובעת מעצמו והאמונה המנוסחת ומסודרת כהדרכה מפורטת חיצונית לאדם, היו כאחת. מיד עם בריאתו שמע האדם באופן בהיר מהו ייעודו בעולם ובאלו מעשים עליו לממש את אמונתו הטבעית. עם גירושו מגן־עדן בעקבות החטא, זיכרון החוויה האמונית הראשונית התעמעם והלך, ואת מקומו תפסו התרשמויות וחוויות חדשות. כך נפרדו הכוונה והמעשה, וגם כאשר אדם זרע זרעים טובים באדמה, צמחו לו קוץ ודרדר (בראשית ג, יח; עי' אורות התשובה ו, ז) – מציאות שלילית במקום כוונתו החיובית. מאז הלך והידרדר מצב האמונה באנושות, עד שבני האדם הגיעו לעבודה זרה, כפי שמתאר הרמב"ם בהרחבה.[23] אותו שדה, מוסיף הרב קוק, הוא יסוד־התורה, שכן במתן תורה חזרה היכולת לחבר כראוי את הכוונה הרצויה למעשים רצויים, כך שהטוב יהיה מיוסד ויציב במציאות.
את הביטוי שדה אשר ברכו ד', אמר יצחק אבינו על ריח בגדיו של עשיו, כאשר יעקב לבש אותם: "רְאֵה רֵיחַ בְּנִי כְּרֵיחַ שָׂדֶה אֲשֶׁר בֵּרְכוֹ ה'" (בראשית כז, כז). שילוב היסוד הטבעי והפראי של עשיו, שהיה "אִישׁ יֹדֵעַ צַיִד אִישׁ שָׂדֶה" (בראשית כה, כז), ביסוד התורני של יעקב "אִישׁ תָּם יֹשֵׁב אֹהָלִים" (שם), יצר את המציאות השלמה של האמונה, צמיחה שנעשית מתוך ברכת ה' בהכוונה תבונית ראויה. בדברי המקובלים, המציאות המוחשית אותה אנו חווים מכונה 'מלכות', ואילו יסוד הוא שמה של הספירה שלמעלה ממנה, המורידה שפע לספירת 'מלכות', מרבה ומשכללת את המציאות המוחשית. על כן החיבור בין 'יסוד' ל'מלכות' – בין התורה לאמונה הטבעית, יוצר הפריה ושכלול במציאות. כאשר התורה מורה כיצד לממש את הכוונות הטובות של האמונה הטבעית, מתגלה ברכת ה' בריבויה וגדילתה של האמונה.
על ידי שילוב האמונה הטבעית וההדרכה התורנית, האמונה תיעשה כולה אמונה תורית, המבוררת בתורה בכלי היגיון ומחקר, מפותחת ויציבה. אמונה מבחינה זו היא כמו האהבה – כשם שיש לדעת כיצד לאהוב, כך גם יש לדעת כיצד להאמין. אדם אוהב יכול לרצות מאוד להיטיב עם מושא אהבתו, אך אם לא יברר באופן מעמיק וזהיר כיצד לעשות זאת, הוא עלול לגרום נזק. אין די ברגש חזק. יש לדעת כיצד לא לגרום לאדם האהוב תחושת מחנק מרוב קרבה, ועם זאת לדעת גם לא לגרום לאהוּב תחושה של ניכור והתעלמות. יש לדעת מתי להקשיב, וגם לדעת מה ומתי לייעץ. כך הדבר גם באמונה התורית – התורה מרובת מצוות והנחיות מוסריות ומעשיות, ואלו הן הדרכים בהם האמונה צריכה להתממש.
כאשר האמונה הטבעית נעשית לאמונה תורית בזכות הבירור התורני הראוי לה, אז, היא עם כל עוזה – היציבות שיש באמונה הטבעית, שאינה מתפוררת מכל מכה קלה, ואומצה – אומץ הלב, הנכונות שיש בה להתקדם ולהתפתח, מזדככת. האמונה עוברת תהליך של זיכוך מסיגים שונים שעלולים להיות בה, כמו קנאות יתר, עודף רגשנות או דמיונות, כפי שניתן לראות במערכות אמוניות ודתיות שונות במרחב האנושי לאורך ההיסטוריה. ומשום כך, היא גם מתעלה, זיכוך האמונה מאפשר לאדם לזהות את השלבים הנוספים אליהם הוא יכול לעלות כדי לפתח את אמונתו, ממצב נפשי אחד למצב נפשי נעלה יותר. ועומדת לעלות תמיד מעלה מעלה בטוהר וניקיון. ההבנה לעולם לא מסתיימת, אין גבול לעומק ושגב האמונה, אך עם כל עלייה עלולים להתווסף סיגים שונים – אדם שמרגיש שהוא התעלה מבחינה רוחנית עלול להיכשל ביוהרה וגסות לב, או לא להיות עדין וזהיר דיו בנושאים רגישים ומורכבים.[24] על כן כה חיונית התורה עבור חוש האמונה הטבעי, שהיא המאפשרת את התפתחות האמונה באופן מדויק וטהור.
התפתחות האמונה על ידי התורה נעשית באותו העוז והאומץ שהיו בה קודם שנשתלה ביסוד התורה, ויותר מכך: הם מתכפלים נעשים כפולים – יותר ויותר מפני הטוהר והבהירות האלוהית ההולכת ומופעת על יסוד האמונה. בפשטות, נדמה שזיכוך גורם בהכרח גם להחלשה, לעצירת ההתפתחות הפורצת בעוז ואומץ. אולם בפועל, ככל שאדם מזכך יותר את אמונתו הטבעית הוא רק מחזק את העוז שבה, שכן בזכות הזיכוך, האמונה חוזרת למקורה הראשוני, המשוחרר וחופשי מכל תוספת של סיגים מכבידים. בדומה לניכוש של עשבים שוטים מן הגינה – כל עוד לא מנכשים את העשבים, הצמחים הטובים מפסידים הרבה מן המים ועל כן גדלים פחות, כך שניכוש העשבים השוטים מעצים את צמיחתם של יתר צמחי הגינה. על ידי זיכוך האמונה הטבעית בתוספת דעת והכוונה של התורה, מתקרבת האמונה למצבה הראשוני בגן־עדן, כאשר קול אלוהים לא היה דבר זר לאדם, חיצוני ומרוחק ממנו. ממילא כך נעשית האמונה עזה ואמיצה הרבה יותר, לא מתוך הכרח כפוי, מצמצם ומחליש, כפי שלעיתים נתפסת האמונה, אלא בחירותה החופשית. עלולה להיות גם חירות שאינה חופשית, כאשר אדם בוחר – מתוך חירות, להיות עבד. הרקע לעבדותו הוא חירות, אך בפועל, מאז שבחר מתוך חירותו בעבדות, הוא כבר לא חופשי. הרב קוק מדגיש שזהו לא הקשר הנכון עם אלוהים. האמונה צריכה להופיע מתוך חירות, כאשר בכל רגע ורגע אדם חופשי לבחור את הבחירה הנכונה בעיניו. רק כך הוא מוסרי באמת. לכן הכלל ההלכתי הוא ש"אין שליח לדבר עבירה" (קידושין מב, ב) – אין מציאות שבה אדם יכול לומר שהוא פטור מעונש, מפני שרק מילא את ההוראות שנבחרו עבורו, הואיל והוא זה שבחר להשתעבד למה שהיה נדמה טוב בעיניו.
הרב קוק מוסיף לסיום, שהחירות החופשית היא מאורה של תּוֹרַת ד' תְּמִימָה מְשִׁיבַת נָפֶשׁ (תהלים יט, ח). תורת ה' המאירה את האמונה מאפשרת תשובה, משיבה את האדם להתבונן שוב באמונתו וכך לזכך, לדייק, להעלות ולהעצים אותה. אמונה ללא תורה, או שיש בה תורה חסרה, לא תסייע לאדם להשיב את נפשו. הרצי"ה קוק היה דורש על פסוק זה שרק כאשר התורה תמימה, שלמה ומבוררת – היא משיבת נפש. אז שב האדם למצבו האידאלי בגן־עדן, כאשר היסוד האוטונומי והיסוד ההטרונומי שבאמונה הם כאחד, בהרמוניה מופלאה של קרבת ה'.
