כפי שהתבאר בפסקאות קודמות, לעיתים אדם צריך לעשות תשובה גם כאשר לא חטא בפועל ובאופן רשמי. יכול להיות אפילו שמעשיו הטובים מעיקים עליו, מפני שקיים אותם ללא הזדהות ושאר־רוח, אלא כ"מִצְוַת אֲנָשִים מְלֻמָּדָה" (ישעיהו כט, יג), או אף פחות מכך, מתוך אילוץ וחוסר ברירה. מנגד, עדיין יש בו רצון גדול לקיים את המצוות בהתלהבות והזדהות, והוא מקנא באנשים סביבו שמקיימים כך את המצוות. עד כדי כך הדבר, שכל העיסוק המעשי עלול להימאס עליו. בפסקה זו הרב קוק מבאר שהפתרון לכך אינו דווקא בהתגברות לעשות את המעשים בהתלהבות מעושה או ביתר זריזות ודיוק, אלא בהעמקה במשמעותם – בְּסוֹד הַמַּחֲשָׁבָה.
יֵשׁ שֶׁהָרוּחַ נוֹפֵל בְּקַטְנוּת, וְאֵין הָאָדָם מוֹצֵא בְּנַפְשׁוֹ נַחַת רוּחַ. זהו תיאור של חוויה נפשית הקיימת בעיקר אצל אנשי רוח, ובאופן פחות ניכר, גם אצל כל אדם. כשם שאומן במצב נפשי בריא רואה את העולם כיצירת אומנות, כמקור השראה והרמוניה של צבעים וצורות, ובמצבים של קטנוּת הכל נראה בעיניו רדוד, אפור ומשעמם, בלי השראה ושאר־רוח – כך גם אנשי מעלה, שבמצבם הרגיל רואים את העולם בגדלות, בכלליוּת ובעמקות, ובזמנים מסוימים כבר לא חשים בעומק שבמציאות, הכל נראה בעיניהם מצומצם, חלול ושפל. בסיפורי הבעל־שם־טוב מתואר שלפעמים הוא היה מוצא את עצמו במצבים של 'מוחין דקטנוּת'; במקום מצב רוחני של 'מוחין דגדלות', שבו היה בדרך כלל – תפיסה עמוקה ובהירה של המציאות, הבעל־שם־טוב היה נופל לתפיסה מצומצמת, שבה אינו חש דבר מעבר למציאות המוחשית הפשוטה. זוהי נפילה ממשית עבור מי שרגיל ל'מוחין דגדלות', כמו מי שהולך בדרך, נופל ונחבט בקרקע, ולכאב הפיזי מצטרף כאב נפשי של השפלה. קטנות מוחין זו גורמת לחוסר נַחַת רוּחַ, הרוח לא נחה מכיוון שלא נוח לה. האדם מכיר במציאותה, יודע שקיימת בו רוח ושאיפה לנשגב, אך אינו מצליח להביא את הרוח לידי ביטוי, שכן הכל מגושם, גס וחלול בעיניו.
כאשר האדם מתחיל לחפש את הגורמים לנפילתו, הפיזית או הרוחנית, ומגלה שהיא מִפְּנֵי מִעוּט הַמַּעֲשִׂים הַטּוֹבִים שֶׁלּוֹ וּמִפְּנֵי חֶשְׁבּוֹן עֲווֹנוֹת וּמִעוּט שְׁקִידַת הַתּוֹרָה, התסכול גדל, שכן הוא מבין שקטנות המוחין שהוא שרוי בה נוצרה בגללו, מפני שהוא עצמו לא פעל מספיק טוב כפי הראוי לו, התעצל והתרשל. במצבים כאלה רבים מייעצים לאדם שיתאמץ יותר, שלמרות קשייו ידבק במסירות בעשייה חיובית, בשקידת התורה ובמלחמת היצר, וכך ישוב עם הזמן לגדלות המוחין.[90] אך לעיתים עצות אלה אינן מועילות, שכן חסרה לאדם מוטיבציה לפעול טוב למרות מצבו הנפשי הקשה. הכל נראה תפל וחסר ערך בעיניו, ולכן אין לו מספיק כוח נפשי לדבוק בטוב כראוי. לכן הרב קוק מייעץ עצה שונה ומיוחדת במינה, שהיא מאוד אופיינית להגותו: צָרִיךְ הָאָדָם לְהִתְאַמֵּץ בְּסוֹד הַמַּחֲשָׁבָה, יש לחזק את הטוב הכמוס שכבר יש באדם, שהוא השורש לכל הטוב שיכול להיות. העובדה שהתרשל מן הטוב, חטא והתעצל, נובעת מפגם במחשבתו, מכך שתפיסת העולם שלו לא הייתה מכוונת דיה, והוא לא נתן את המקום הראוי לטוב הקיים. הרי במחשבתו הוא מכיר בערך הטוב, במעלת שקידת התורה ובחשיבות הריחוק מן העוונות, ורק במימוש החיצוני של הדברים הוא כשל, ביישום המעשי שבמציאות. על כן עליו להעצים את מה שבידו להעצים – את מחשבתו הטובה שהוא ריבון עליה, שלא כמו המוטיבציה והחשק לטוב. מתוך כך ממילא הדבר ישפיע גם על רגשותיו החיצוניים, ועל מעשיו הניכרים במציאות החיצונית.
וְיֵדַע כִּי "הַמֵּבִין דָּבָר מִתּוֹךְ דָּבָר – מַחֲשָׁבָה דִּילֵהּ חֲשִׁיב קַמֵּי קֻדְשָׁא בְּרִיךְ הוּא מִכָּל קָרְבָּנִין וַעֲלָוָן" (זהר נשא קכא, ב). מחשבתו חשובה לפני הקב"ה יותר מכל קורבנות ועולות. התעמקותו בהבנת הטוב וערכם של המעשים, נחשבת יותר מן המעשים עצמם. קורבנות הם כנגד המעשים, בהם אדם מקריב מעצמו למען הטוב, ועולות – כנגד לימוד התורה, שכולו קודש, כולו לה', כקרבן עולה שנשרף כליל על גבי המזבח מבלי שחלקים ממנו נאכלים לכהן או לבעליו. כאשר אדם מסיק מסקנות מתוך עיון במהות הדברים, הוא מרומם אותם בצד הרוחני, הנעלה יותר מן הצד המעשי, ולכן הוא חשוב יותר מן המעשה הגשמי עצמו. בתפיסה שטחית נדמה שעולם המחשבה הוא רק הכנה לעולם המעשה, ובלי המימוש המעשי אין למחשבה כל ערך. ואילו ספר הזהר והרב קוק בעקבותיו, מבהירים שאין הדבר כך. עיקר האדם זהו רצונו והכרתו, עולם הרוח שלו.
אִם כֵּן יֵשׁ לְמַחֲשָׁבָה קְדוֹשָׁה וְצִיּוּרִים שִׂכְלִיִּים עֶלְיוֹנִים כָּל סְגֻלּוֹת הַקָּרְבָּנוֹת וְכָל סְגֻלּוֹת הָעֲבוֹדוֹת הַמַּעֲשִׂיּוֹת הַשַּׁיָּכוֹת לָהֶן, וְהוּא הַדִּין כָּל סְגֻלּוֹת הַתּוֹרָה הַמַּעֲשִׂית שֶׁבַּפֶּה וְדִבּוּר שֶׁל גּוּפֵי תּוֹרָה הַמְכֻוָּנִים כְּנֶגֶד הַקָּרְבָּנוֹת וְנִמְשָׁכִים מֵהֶם. המחשבה צריכה להיות קדושה, ועל ידה אדם זוכה בכל הסגולות של המעשה החיצוני. הבעיה היא שבגלל תפיסה מוטעית, שהמעשה הוא העיקר, אדם מזלזל בעולם הרוח וממילא גם מתרפה ממנו, וכך הוא באמת מתרחק מן הקודש. כאשר יכיר במעלתו הרבה של עולמו הרוחני יוכל לשוב אל הקודש ולתקן גם את העולם המעשי.
הרב קוק משווה את עבודת המחשבה שיש בתשובה דווקא לעבודת הקורבנות, מפני שבהקרבת קורבן אדם מרכז את כל נפשו וכוחותיו במערכת היחסים שלו עם הקודש, מפסיק את שגרת חייו, פרנסתו ועיסוקיו, משקיע ממון, זמן ומאמץ ועולה לבית המקדש להקריב את הקורבן. כך גם המאמץ בסוד המחשבה – הוא מצריך ריכוז ופניוּת נפשית מכל העיסוקים האחרים, המחשבות והרגשות, הקושי הנפשי והאכזבה של הריחוק מן הקודש – ומאמץ כדי לשוב בתשובה. האדם צריך להתבונן במצבו ולהבין דבר מתוך דבר, לגלות מה הביא אותו למצבו הרוחני הנפול וכיצד יש להתעלות מכך בדרך ראויה, באופן שבו ישוב ויתעלה למבט כללי ועמוק יותר על המציאות, וכך ישוב לגדלות הראויה לו.
הנביאים הוכיחו לרוב את עם ישראל על שימוש חיצוני בקורבנות, על עבודה מעשית שלא הייתה מלווה בעבודה רוחנית ומאמץ מחשבתי, כך שלא גרמה לעם התעלות, אלא דווקא אפשרה להם להתבוסס בריקבון המוסרי שהיו בו: "לָמָּה לִּי רֹב זִבְחֵיכֶם יֹאמַר ה' שָׂבַעְתִּי עֹלוֹת אֵילִים וְחֵלֶב מְרִיאִים וְדַם פָּרִים וּכְבָשִׂים וְעַתּוּדִים לֹא חָפָצְתִּי […] רַחֲצוּ הִזַּכּוּ הָסִירוּ רֹעַ מַעַלְלֵיכֶם מִנֶּגֶד עֵינָי חִדְלוּ הָרֵעַ; לִמְדוּ הֵיטֵב דִּרְשׁוּ מִשְׁפָּט אַשְּׁרוּ חָמוֹץ שִׁפְטוּ יָתוֹם רִיבוּ אַלְמָנָה" (ישעיהו א, יא; יז-יח). ללא העמקה, אדם עלול לחשוב שהמעשה החיצוני של הקרבת קורבן פוטר אותו מתיקון ממשי של מעשיו הרעים, לחשוב שעבודת הקורבנות היא כ"נתינת שוחד" לקב"ה שכביכול צריך את קורבנותיו של האדם, ובכך לאפשר לעצמו להמשיך בשגרת חייו הרעה אחרי הקרבת הקורבן. במאמץ מחשבתי לעומת זאת, האדם נטהר משורש חטאיו ומתעלה באמת, עד שזדונות הופכים לזכויות, כאשר הוא מגלה את נקודת הטוב שבעומקם ושב בתשובה שלמה מאהבה.
וְיִתְחַזֵּק מְאֹד בַּמֶּה שֶׁלִּפְעָמִים יֵשׁ שֶׁמִּעוּט הַמַּעֲשִׂים וְהַלִּמּוּדִים בְּפֹעַל בָּא לוֹ רַק מִפְּנֵי נְטִיָּתוֹ הַגְּדוֹלָה לְרָזָא דְּמַחֲשָׁבָה. ישנם אנשים שעיקר עניינם במציאות הוא דווקא הצד המחשבתי של התורה והמצוות, ולא הפעילות המעשית. אדם צריך לפתח מודעות עצמית, ולזהות בעצמו אם מה שגרם לו התרשלות במעשים הטובים הוא דווקא עיקר אישיותו, המחשבה שלא ניתן לה המקום הראוי לה, ונדחקה לטובת המעשים והלימוד החיצוני יותר. גם באופן לימוד התורה, אדם צריך לתת לעצמו זמן להתבונן בדברים, ולא רק להקיף כמה שיותר מידע,[91] שכן יש למחשבה ערך עצמי מרכזי. לעיתים עיקר הברכה שאדם יכול להוסיף במציאות הוא דווקא במחשבה, ולא בעשייה. וְיָכוֹל לִהְיוֹת שֶׁהַרְבֵּה חֲלָקִים מִנְּפִילוֹתָיו הֵם בָּאִים מִפְּנֵי שֶׁלֹּא הֶחֱשִׁיב כָּרָאוּי אֶת יְסוֹד מַחֲשַׁבְתּוֹ. נוצר פער גדול מדי בין המעשים והלימוד הרציף, לבין המחשבות הגדולות, העמידה על משמעות המעשים והתוכן הלימודי, כך שהאדם הגיע למצב נפשי קטנוני של "מה חובתי ואעשנה" – שאיפה להגיע למינימום המעשי הנדרש ותו לא. לא היו לו הזדהות והתחדשות פנימית עם העשייה השגרתית, ומתוך דְחק ומיאוס הוא התרשל ומיעט במעשים המכניים ובשקידה שנעשתה אפורה ומשמימה. לכן התיקון אינו בחיזוק טכני של העשייה, אלא בְּסוֹד הַמַּחֲשָׁבָה, על ידי התעמקות במשמעות המעשים. כך ניתן להשיב את ההזדהות והרצון למעשים וללימוד. וכמו עגלה, שאם רותמים אותה לפני הסוסים היא לא תתקדם, אלא יש לרתום את העגלה לסוסים מאחוריהם – להקדים את המחשבה, להעמיקה ולהרחיבה, ורק כך המעשה יוכל להיות שלם וראוי.
עַל כֵּן יִתְאַמֵּץ יוֹתֵר בְּבִינָה פְּנִימִית לְהָבִין. עניין הבינה חוזר כאן פעמיים, לאחר שהופיע גם בציטוט מן הזהר שבתחילת הפסקה. בדברי המקובלים, ספירת 'בינה' היא מקור התשובה (זהר נשא קכב, א), שכן על מנת לשוב בתשובה אדם צריך להעמיק בבינתו, להתבונן לעומק מעשיו ותחושותיו, עד שיזהה את שורש החטא ויתקנו. אין להסתפק בתיקון חיצוני של המעשים, שכן זו לא תשובה ראויה, כִּי תִּקּוּן הָעוֹלָם כֻּלּוֹ וּרְפוּאוֹת כָּל הַנְּפָשׁוֹת כֻּלָּן, הַכֹּל תָּלוּי בִּיסוֹד הַמַּחֲשָׁבָה. וִירוֹמֵם אֶת מַחֲשַׁבְתּוֹ עַד כַּמָּה דְּאֶפְשָר לוֹ וְיִתְעַלֶּה לִתְשׁוּבָה מֵאַהֲבָה פְּנִימִית, שזו תשובה שכלית, כפי שמבאר הרב קוק בפרק הראשון של הספר – תשובה שנעשית מתוך התבוננות הכרתית עמוקה, ולא רק רגש ורצון לתקן את המעשים. לכן מסיים הרב קוק בפסוק הנאמר לפני תקיעת השופר בראש השנה: "אַשְׁרֵי הָעָם יֹדְעֵי תְרוּעָה ד' בְּאוֹר פָּנֶיךָ יְהַלֵּכוּן" (תהלים פט, טז) – לא אשרי העם שמריעים בפועל, שמקיימים את מצוות השופר על ידי תקיעה, אלא יֹדְעֵי תְרוּעָה, ששומעים את קול השופר ומתוך כך מבינים ומעמיקים במחשבתם להתבונן במציאות חייהם ומשמעותה. רק כך הם גם יְהַלֵּכוּן – ילכו ויפעלו על פי ההלכה, בְּאוֹר פָּנֶיךָ – מתוך הכרה מוארת וברורה. לכן המצווה בתקיעת שופר היא כלשון הברכה: "לשמוע קול שופר", ולא לתקוע. לא כולם יודעים לתקוע, אך כולם יֹדְעֵי תְרוּעָה. מתוך שמיעת קול השופר כל אחד ברמתו יכול לדעת ולהעמיק במשמעות השופר, ראש השנה והתשובה. זהו סוד המחשבה, שיכול וצריך להאיר את המעשים וההלכות שבצד הגלוי של המציאות.
שני הימים הטובים שמציינים את השמחה על קבלת התורה, מכונים 'עצרת': חג השבועות ושמיני־עצרת – שמחת־תורה. בשני ימים אלה אין מצוות מיוחדות, מלבד עצם השביתה, העצירה על מנת להתבונן במהות התורה – ללמדנו את חשיבות חיפוש המשמעות שמאחורי הלימוד והמעשים הטובים. מעת לעת אדם צריך לעשות לעצמו 'עצרת', לעצור ולחשוב על מעשיו הטובים ומשמעותם, וכך לנסות ליצור התאמה והשלמה בין שגרת הלימוד והמעשים לבין עומק המחשבה.
