הרב קוק קושר שלושה מושגים זה בזה: תשובה, שכל ורצון. התשובה ביסודה כמובן קשורה ברצון, עצם המִפנה שמביא את האדם לתשובה הוא שינוי ברצונו (ראו פרק ט') – כאשר יש לו חוסר שביעות רצון ממצבו הגופני, הנפשי או הרוחני, ומשום כך הוא מחליט לשנות את מציאות חייו ולשוב בתשובה. אך מעבר לכך, עיקר התשובה הוא חדירה ליסוד הרצון שגרם לחטא, כאשר אדם מעמיק להתבונן במה שהביא אותו לחטוא, ומבדיל בין המעשה הרע שהיה בפועל לבין המניע העמוק, רצונו המקורי שהוא טוב בעיקרו, ורק התגלה בפועל באופן שלילי. רצונו של האדם להיות מאושר, נינוח ומכובד, שגורם לו לעשות מעשים שליליים – הוא בעיקרו רצון טוב וחשוב שאין לוותר עליו. מעבר לכך, נקודת הרצון העמוקה ביותר משקפת את רצון הבורא,[74] ועל כן ודאי שאין לשבור את הרצון או להדחיק אותו, אלא למצוא דרך להביא אותו לידי ביטוי נאות. הזדהות זו עם הנקודה העצמית של הרצון וגילוי מחודש שלה, היא תהליך של תשובה, וזוהי הִתְרוֹמְמוּת הָרָצוֹן – עילוּיוֹ מרצון חיצוני, גחמה ואימוץ של תאווה חולפת, למקורו האלוהי.
בְּהִירוּת הָרָצוֹן לעומת התרוממות הרצון, כבר קרובה ללימוד עצמו, לבְהִירוּת הַהֲבָנָה שֶׁל הַלִּמּוּד, שכן בכדי שהרצון יהיה בהיר וברור, האדם צריך ללמוד הרבה – ללמוד את המציאות, ללמוד את דבר ה' שמופיע בתורה ואת האופן בו יש ליישם את דבר ה' במציאות. לכן הלימוד צריך להיות בדרך המכוּנה: "אסוקי שמעתתא אליבא דהלכתא" – שהתוכן הלימודי יוביל למסקנה הלכתית, שיהיה מחובר למציאות כך שאדם יוכל להבין כיצד להתנהל בעולם על פי דבר ה', ולא יתפלפל ברעיונות תיאורטיים שמנותקים מן המציאות.[75] מבחינה זו, התשובה והתורה קרובות מאוד זו לזו, שכן כשם שבתשובה אדם מעמיק לשורש רצונו, שהוא קדוש וצריך לבוא לידי ביטוי ראוי במציאות, כך גם בלימוד התורה – יש לכוון לרצונו של נותן התורה, וממילא לבחון תמיד כיצד לממש את העקרונות המופשטים במציאות המעשית.
הַשֵּׂכֶל מִתְרוֹמֵם עַל פִּי יְסוֹד הִתְרוֹמְמוּת הָרָצוֹן. ככל שהרצון יותר מרומם, כך התשובה יותר עמוקה, וכך גם הלימוד יותר מובן. בתשובה שאדם עושה מתוך יראת העונש, רצונו אינו אלא להינצל מן הייסורים, ועל כן גם תשובתו איננה עמוקה. ממילא כאשר הוא ניגש ללימוד מתוך מצב נפשי כזה, מה ששכלו יקלוט הוא רק את גדרי האיסור והאופן בו יוכל להיזהר שלא להיכשל שוב בחטא. הוא יצליח לזהות את הגבול בין המותר לאסור, משום שזה מה שמעניין אותו. אך אם תשובתו בהירה יותר, מתוך רצון ברור להגיע למלוא הפוטנציאל של נשמתו ולקדם את העולם אל הטוב ביותר – גם בלימודו הוא יבין את ההזדמנויות שנקרות לו להתעלוּת ושכלול, יזהה את המגמה האלוהית שגנוזה בסוגיות שבהן הוא עוסק ויעמיק יותר במשמעותן.
יש מי ששואף בתשובתו להתרחק מן הרע ולא להיות זה שגורם להידרדרות העולם. שאיפה זו, להיות אדם הגון, תגרום לו שגם בלימודו הוא יבין כיצד להיות אדם הגון, אך לא מעבר לכך. ואילו מי ששואף בתשובתו לקרבת אלוהים, להעצים את הטוב ולקדם את המציאות, גם אם ילמד את אותה הסוגייה בדיוק, הוא יבין כיצד ביכולתו להעצים את הטוב, שכן השכל מִתְבַּהֵר לְפִי הַמִּדָּה שֶׁל בְּהִירוּת הָרָצוֹן. השכל נעשה מחודד יותר באפיקים שאליהם מנתב הרצון. אמנם, יכולים להיות מקרים מיוחדים, בהם אדם מגיע לתובנה מופלאה גם אם לא התקדש במיוחד ושב בתשובה כראוי לפני הלימוד. כך היה בגילוי הפניצילין, שלא נעשה מתוך מחקר מכוון לשם כך, אלא בעקבות תשומת לב לתופעה מוזרה: בשנת ה'תרפ"ח (1928), מדען סקוטי בשם אלכסנדר פלמינג,[76] הבחין יום אחד באחת הצלחות לגידול חיידקים עבור מחקר מסוים, שנשכחה במעבדה, שהעובש שהתפתח בתוכה מנע מן החיידקים שלצידו להתרבות כמו החיידקים הרחוקים מן העובש. הגילוי המפתיע של תגובת החיידקים לעובש הביא את פלמינג להעמיק בדבר, ולאחר מספר שנים הוא פיתח בעזרת חוקרים נוספים את האנטיביוטיקה. אולם זהו כמובן מקרה נדיר ומיוחד. במציאות החיים הרגילה, הן בתחום התורה והן בתחום חכמות חול, איכות הלימוד תלויה באיכות הכוונה, הרצון והתשובה, וככל שאדם יבהיר לעצמו יותר ויותר את שאיפותיו ומטרתו – כך יתבהר לו באלו אמצעים יש לנקוט על מנת להתקדם, ולוּ בצעדים בודדים, לקראת מימוש שאיפותיו.
לימוד התורה צריך להיות מלווה בתשובה, אחרת, הלימוד לא יוביל את האדם למגמת התורה בעולם. האדם עלול להוציא את הדברים מפשוטם או להכניס את עצמו לדיונים עקרים שאין בהם כל ערך, רק כדי להראות את כוחו בפלפול. לפני הלימוד אדם צריך להעמיק ברצונו ובמעשיו, לדעת מה הוא ניגש לעשות, וכך הלימוד יהיה נעלה, טהור ומעמיק, ויביא למגמתו.[77]
