המציאות נדמית לאדם כעצמאית וסגורה, יש חוקי טבע וכללים נוקשים לקיום בעולם – חיים ומוות, לידה וחידלון וחוזר חלילה, מערכת קיום שפועלת כמו מכונה. אדם תופס את עצמו כמו פרט אחד בתוך המערכת הגדולה, ששום דבר מחוץ לגבולותיה אינו נשמע בתוכה, אלא רק שאון פעולתה המתמדת. אמנם, כשיש נבואה וניסים גלויים, קול ה' נשמע בעולם בבירור ובאופן גלוי, בוקע את הקירות האטומים של המציאות וגובר על שאונה. בפסקה זו מבאר הרב קוק שגם בלא ניסים ונבואה יש אפשרות לשמוע את קול ה', עַל יְדֵי הִרְהוּרֵי תְּשׁוּבָה, המגלים שכל שאון המציאות הוא הד לקול ה', המשך שלו. בתשובה אדם כבר אינו תופס את עצמו כמו בורג קטן בתוך המערכת הגדולה, אלא כאילו עומד מחוץ לה ומתבונן בה – תוהה מה מגמתה והאם הוא משתלב במגמה זו או מפריע. זהו שינוי עמדה מהותי.
עַל יְדֵי הִרְהוּרֵי תְּשׁוּבָה שׁוֹמֵעַ הָאָדָם קוֹל ד' הַקּוֹרֵא אֵלָיו. אחרי שחטא אדם הראשון ואכל מעץ הדעת, הוא שמע את קול ה' קורא אליו – "אַיֶכָּה" (בראשית ג, ט). לא נאמרה תוכחה מפורטת, לא הוסבר כיצד לשוב בתשובה מעוון זה, רק מילה בודדת בקעה את דממת החטא. אך אותה מילה פתחה את תהליך התשובה של אדם הראשון, הנמשך עד היום. גם הרהור כללי של תשובה, כמעט ללא כל תוכן קונקרטי, הוא הרהור מכונן. משום כך אומרים חז"ל שאם אדם קידש אשה על מנת שהוא צדיק, אפילו כשידוע לכל שהוא רשע גמור – נחשבת האשה כמקודשת, שמא הרהר תשובה בדעתו (קידושין מט, ב). הרהור בלבד, ללא כל עשייה ממשית, הופך את האדם מרשע גמור לצדיק, משום שהוא התחלתו של תהליך שבסופו יגיע האדם לתשובה שלמה. לפני שהוא מהרהר בתשובה, הרשע מרגיש שהוא שלם עם מעשיו הרעים, מזוהה עם חטאיו באופן טוטאלי; ואילו ההרהור יוצר שניוּת בנפשו, הוא מגלה את צלם אלוהים שבו הקורא לו לשוב ולתקן את המעוות. לכן אין להקל בחשיבותו של אותו הרהור, שהוא קול ה'.
ישנו הבדל עצום בין אדם שחטא והוא אטום מכל נקיפות מצפון, לאדם שחש בהן. לכן אומרים חז"ל שהגיהנום נברא עבור עזי פנים (אבות ה, כ) – אדם שמתבייש במעשיו הרעים, אש הבושה לוחכת את נפשו כבר בעולם הזה ומטהרת אותו במידת מה מעוונותיו, ולכן כבר אינו צריך אמצעים חיצוניים כדי להיטהר לגמרי. לא כן עז פנים, שכיוון שאינו בוש בחטאיו אין מה שיטהר אותו, לא בעולם הזה וגם לא בעולם האמת, למראה הפוטנציאל הגדול שלא מימש, ולכן נצרכים ייסורי הגיהנום החיצוניים לו שלא מאפשרים לו להמשיך באדישותו. אשרי האיש שזוכה לשמוע את קוֹל ד' הַקּוֹרֵא אֵלָיו עַל יְדֵי הִרְהוּרֵי תְּשׁוּבָה, שמזככים אותו מבפנים ופותחים בו את תהליך התשובה.
קול ה' שבהרהורי תשובה יכול להישמע מִתּוֹךְ הַתּוֹרָה, כפי שהתבאר בפרק הראשון של הספר, שאחד מסוגי התשובה הוא תשובה אמונית – תשובה שבאה מתוך המסורת. התורה מונחת לפני כל ישראל, וכל הרוצה לבוא וללמוד יכול לגשת אליה ולשמוע בה את קול ה' (עי' קידושין סו, א). ואף מי שאינו מתאמץ ליטול את התורה ולשמוע בה את קול ה', יכול לשומעו גם בתשובה טבעית־נפשית, כפי שהתבאר בפרק הראשון: מִתּוֹךְ כָּל רִגְשֵׁי הַלֵּב, רגשי החמלה והשאיפה לצדק לא נותנים לאדם להמשיך בשגרת חייו המוכתמת בחטא. נקיפות מצפון לא מאפשרות לו להסתגל למציאות שאינה מוסרית. קול ה' המעורר לתשובה נשמע גם מִתּוֹךְ הָעוֹלָם וּמְלוֹאוֹ וְכָל אֲשֶׁר בָּם, כדברי חז"ל: "אמר רבי יוחנן, אלמלא לא ניתנה תורה, היינו למדים צניעות מחתול וגזל מנמלה ועריות מיונה" (עירובין ק, ב). כאשר מתבונן החוטא בהרמוניה של הטבע וביופיו, בסדרי העולם הקבועים, הוא מרגיש כמה שלא ראוי לפרוע את הסדר ולפגום בהרמוניה, ורוצה לשוב ולהתאים לאיזון העדין של הטבע. מכל דבר ניתן להתעורר לשוב בתשובה: ממראות מרהיבים, מטרגדיות נוראות וממצבים של שִפלות מוסרית ופיזית; מעצבות עמוקה הניבטת מעיני כלב עזוב, כמו גם מהחן המיוחד הנסוך על פני חתן וכלה בחופתם.
וְחֵשֶׁק הַטּוֹב הוֹלֵךְ וּמִתְגַּבֵּר בְּקִרְבּוֹ. חשק הטוב הוא מעבר לחשק הקיום. חשק הקיום הפשוט, הוא לחיות בעולם ברווחה, מבלי להתנגש עם המציאות. כמו אדם ששט בנהר ונזהר שלא להתנגש בגדותיו, בסלעים או בעצים, ורוצה ליהנות מהדרך ולהיות מתואם עם הזרם. לעומת זאת, חשק הטוב הוא רצון להיטיב את המציאות, המתגבר על ידי שמיעת קול ה'. כך האדם נעשה שיפוטי יותר – הוא בוחן ומבקר את עצמו ואת העולם, האמנם מתקדמת המציאות אל מגמתה, האם יש דבר מסוים שמעכב בעדה, וכיצד הוא יכול לסייע להתקדמותה, לנתב את הזרימה יותר לכיוון הנכון. על ידי שמיעת קול ה' האדם מקבל על עצמו אחריות ומגבש את אישיותו, במקום להיבלע בהוויה חסרת הצורה. התורה מדגישה את אחריותו האישית של כל אדם, מפני שלכל אחד יש תבונה ויכולת בחירה, כוחות נפש וגוף שהוא יכול וצריך לשלוט בהם.
בתחילה רק בְּקִרְבּוֹ מתעורר החשק לטוב, כדברי הנביא: "בְּקִרְבְּךָ קָדוֹשׁ" (הושע יא, ט); בקרבו, ביסודו של האדם, מונח הקשר לאלוהים כל העת, אפילו בשעה שבגופו הוא חוטא. אמנם הגוף כולו הוא בריאה אלוהית, וראוי היה שבכל גופו יחשוק בטוב, אולם הגוף מוגבל ויש לו נטיות לרע, שעלולות לסתור את הקדושה שבקרבו. אולם לאחר שחשק הטוב ממשיך להתגבר, הוא לא נותר גנוז בקרבו, אלא משפיע על כל גופו – וְהַבָּשָׂר בְּעַצְמוֹ, הַגּוֹרֵם אֶת הַחֵטְא, הוֹלֵךְ וּמִתְעַדֵּן, מתקרב שוב לגן־עדן. בפני אדם הראשון היו מונחות שתי ברירות – קול ה', הצו האלוהי שאסר עליו לאכול מעץ הדעת, ומנגד – תאוות העיניים ונטיית הגוף, הבשר. בחטאו העדיף את הבשר על השמיעה בקול ה', הכפיף את הצו האלוהי לצו הבשרי של המציאות וגורש מגן־עדן. על ידי הרהורי תשובה החומריות מתעדנת, אדם מגלה את העדינות שמבעד לבשר הגס. בגן־עדן האדם חטא על אף שקול ה' לא היה מכוסה בחומריות העבה, ובהרהורי תשובה הוא שב ומאיר את החומריות בנוכחות האלוהית, עַד שֶׁאוֹר הַתְּשׁוּבָה חוֹדֵר בּוֹ והאדם כולו מואר בתשובה. לא רק רצונו נוטה אל הטוב, אלא אף הבשר הנוטה אל האיסור מתהפך ונוטה אל הטוב; "צָמְאָה לְךָ נַפְשִׁי" ומתוך כך גם "כָּמַהּ לְךָ בְשָׂרִי" (תהלים סג, ב). רבי יהודה הלוי מגדיר באופן זה את החסיד: "החסיד הוא מי שהוא מושל, נשמעים לו חושיו וכוחותיו הנפשיים והגופניים, ומנהיגם הנהגה המדינית" (כוזרי ג, ה). מתוך כך העולם כולו מתעלה וחוזר אל המעמד הקודם בו היה בגן עדן קודם החטא, כאשר הגוף לא חסם את הנוכחות האלוהית אלא שיקף אותה בגלוי, והוא הולך ומתעלה ללא גבול.
שני גורמים ישנם לשינויים שבתרבות האנושית: צורך ורצון. אם האנושות הייתה מונְחית רק מצורך, האדם היה עדיין חי במערות. צורך נובע מהפרת האיזון לרעת היצור שנצרך, ואם מצליחים למלא צורך זה מתאזנים בחזרה. הרצון לעומתו לעולם אינו נח, האדם הגיע לירח מתוך רצון ולא מתוך צורך. לא בכדי, מיד לאחר שהאנושות הגיעה לאחד מהישגיה הטכנולוגיים הקדומים והחשובים ביותר – שריפת בוץ ועשייתו ללבנים קשות שאינן נמסות בגשם, היא פנתה לבנות את מגדל בבל, אף שלא היה בכך צורך הכרחי ברור כמו בלבנים (בראשית יא, ג-ד). הסקרנות שלא נותנת מנוח לאדם, הרצון להגיע ליותר, מעבר לסיפוק הצרכים; יצר ההרפתקנות שמייחד את האדם שנברא בצלם אלוהים, ואינו עסוק רק בדאגה לקיומו הבסיסי כמו בעלי החיים – יש להכיר בכך שגם זהו קול ה', הקורא לאדם ולהוויה להתפתח ולהשתלם, לשוב בתשובה למציאות האידאלית הראויה להם.
