נוכח משבר החילון שפקד את אירופה בראשית המאה העשרים, ובתהליך הדרגתי גם את עם ישראל, מציב הרב קוק מטרה: לשוב לבצרון של האמונה, כלומר – שהאמונה תשוב ותחיה בתוך כל נשמה. כאשר האמונה מבוצרת, ודאית ומוגנת מכל מתקפה, יכולה היא גם לשכון בכל פרט ופרט בקהילה – ולא רק באופן ממוסד ורשמי. לעיתים האמונה נותרת רק ברובד הציבורי, בסדרי החברה ואורחות החיים, אך האדם המשתייך לקהילה של אמונה, מצד עצמו כלל אינו מרגיש בנוח עם אמונתו. האמונה נראית לו כסותרת את תפיסותיו האחרות, כך שהוא ממשיך לחיות איתה כמו שנושאים עול מעיק. אולם האמונה מעצם עניינה צריכה להחיות את האדם, לגרום לו מוטיבציה, סיפוק וחדוות עשייה. אמונה ממוסדת יותר מצויה ונגישה, אך גם פחות מרכזית ומשפיעה את השפעתה הטובה על האדם המאמין.
ספר הזֹהר מותח ביקורת קשה על לומדי התורה שאינם עוסקים באמונה הקיימת בפנימיות התורה, וכך תורתם נותרת "יבשה",[57] ללא חיוניות ופירות. עץ שנכרת משורשיו הוא אמנם נוח יותר לעבודה ואפשר ליצור ממנו רהיטים, אך הוא לא ימשיך לצמוח ולפרוח. כך היא התורה הנגלית ללא חלק הנסתר שבה. חלקי התורה העוסקים בחיי המעשה, ההלכות והמנהגים – חשובים ושימושיים, אך אם לא יהיה לצידם גם עיסוק בחלק הנסתר שבתורה, התורה תתייבש ותתפורר. משום כך, כדי לשוב לאמונה מבוצרת – כזו שחיה בכל נשמה, ישנו הכרח להיות עסוק באורחות השכל היותר גנוז, שבו עולים למעלה מכל הגדרה. ישנן רמות שונות של שכל: השכלה טכנית מאפשרת לאדם לדעת כיצד לסדר דברים באופן ראוי ולתאם פעולות שונות, לשם כך מגדירים ומסרטטים באופן ברור את גבולותיו של כל דבר ועניין. אולם ממעל לשכל הטכני קיימת באדם גם סגולה של סקרנות אינטלקטואלית, חיפוש פשר ומשמעות בעומקו של כל עניין. חזון אידאלי הוא תמיד ממעל לכל הגדרה, שכן ההגדרות עוסקות במה שמצוי, ואילו החזון – ברצוי. זהו עיסוקה של חכמת הנסתר. מצד אחד, היא מכוונת אל המגמה האלוהית, אל תכלית העולם ויתר עמקי סודות המציאות שמעבר למה שנתפס בחושים, מעבר לצד המעשי שבחיים. מצד שני, זו עדיין חכמה – חכמת הנסתר איננה מיסטיקה שמוותרת על השכל המגדיר ומבין. ישנה טכניקה מדיטטיבית, בה האדם מנסה לרוקן את ראשו מכל מחשבה ובכך להגיע לאיזו שלווה פנימית, מתוך התייחדות עם עצמו וניתוק מן העולם החיצוני. לשם כך משתמשים בצלילים או מנטרות שונות. ישנן מיסטיקות הבנויות על הפעלה אינטנסיבית של החושים והרגשות, על ידי ריקוד קצבי למשל, שמציף את המוח בהורמונים מסוימים ויוצר בכך מצב הדומה להשפעה של סמים על ההכרה. מכיוון שחכמת הנסתר מושתתת דווקא על שימוש בשכל באופן ריאלי וצלול, על פי רוב היא שוללת טכניקות אלה לחלוטין. יש בה דווקא עיסוק פרטני ומדויק במשמעויות עמוקות של מושגים, והתעלות בדרך זו. מתוך התעלות הכרתית נוצר שילוב ייחודי בין תכונתו השכלית של האדם לבין תכנים הנעלים מן התבניות וההגדרות של השכל המעשי, שמפתחים ומרוממים את הכרת האדם.[58]
ומתמלאה היא הנשמה חיים מלאים בדעת וכשרון – לא רק ברגש עוצמתי, ואף לא באקסטזה או שכרון חושים, אלא בדעת, חיבור עמוק למה שכבר מוכר, וכשרון, יכולת להכיר ולדעת עוד, להיפתח לעוד תחומים ותובנות וללכת מחיל אל חיל. זהו מילוי של עושר לחיים, המתרחש דווקא על ידי אמונה שאינה מסתפקת בהגדרות המוכרות אלא גם שואפת אל מעל ומעבר להן.
ועל ידי מעמיקים כאלה מתמלא העולם אורה. שכלול האמונה שנעשה על ידי ההעמקה בחכמת הנסתר מאיר את העולם כולו. ישנם מקומות מוחשכים יותר, מדינות בהן חיים מיליארדי אנשים במשטרי עריצות ותפיסות עולם של בערות ואכזריות; ישנם מקומות פחות מוחשכים, בהם סדרי החברה למראית עין נראים נאותים, אך בחדרי חדרים קיים ריקבון נוראי של ריקנות או שחיתות וניצול מושתקים. למראה מקומות אלו אדם עלול להתייאש מתיקון העולם. קשה למצוא הסבר הגיוני למציאות נוראה של חברה שלמה התומכת ברוצחי תינוקות ומעריצה אותם, כפי שיש כיום, או להבין כיצד זה שאומה תרבותית, משכילה ומודרנית, הפעילה מכונות רצח איומות במאה העשרים באירופה, תוך העלמת עין של אומות אחרות, או אף בסיוען. הדבר מרפה את הידיים מן העשייה למען תיקון המציאות. בכך החשכה זו מאיימת על החלקים המוארים במציאות, זורעת ייאוש בנפש. המעמיקים באמונה מאירים את כל אלה בהשפעה ישירה או עקיפה, באופן הדרגתי, על ידי ההכרה בכך שעתידו של החושך לחלוף מן העולם, ושביד האדם לקדם את האור. החזון הגדול שמגלה האמונה מאיר את המחשך עד שהוא מהפך מקומות של ייאוש מוחלט לחיים ותקווה, בטל של תחיה, שמזילים המעמיקים על המקומות המוחשכים, באמונתם הגדולה. מתגלה שגם המוות אינו סופי, שלַכֹּל יש תקווה ואחרית טובה. בכך, טל התחייה של המעמיקים באמונה מעורר נרדמים ומחיה מתים (עי' חגיגה יב, ב). את אותם המאמינים שמסתפקים במצב הקיים, בתורה הנגלית ובמצוות המעשיות, ממשיל הרב קוק לנרדמים, שאמנם אינם מתים, אך גם אינם מתפקדים בפועל. אמונה עמוקה שיש בה עיסוק במה שלמעלה מכל הגדרה מעוררת נרדמים אלה, פוקחת את עיניהם ומשנה את קיום המצוות מן האופן הממוסד והרשמי לחיים של תקווה וחזון. כאשר מתעוררים הנרדמים, האמונה העמוקה גם מחיה מתים – משיבה אל האמונה את אלה שניתקו ממנה לגמרי, שנואשו מתיקון העולם או אף הצטרפו למחשכים שבו, עד שהם עצמם מעמיקים באמונה וממשיכים את הארתה בעולם.
