נראה כי בדברים אלה עובר הרב קוק להשיב על שאלה אחרת, שנשאל באותה פנייה בה נשאלה שאלת הקשר בין האידאלים והעצמות האלוהית. ואף אם אכן אלו שתי שאלות שונות, תוכן השאלה השנייה קרוב מאוד לעניין הקשר בין העצמות והאידאלים שנידונו בשאלה הראשונה:

והמעמד החי של המוסר הטהור במקורו הבטוח הוא מוכרח לנצח את העולם, אותו העולם האומלל מבלעדיו. האומללות נוצרת כאשר מתרחשת התרחקות מן המוסר, למרות הרצון להיות מוסרי. יש שאומרים שמבלעדי האמונה והדת אין כל מוסר; זה לא נכון, קיימת נטייה מוסרית טבעית בנפש, מתוך העריגה לאלוהים. מנגד, טועים גם אלה שאומרים שאפשר להסתפק באותו מוסר אוטונומי, ללא הנחיה אלוהית של הדת והאמונה. האמת נמצאת דווקא בין שני הקצוות, כאשר המוסר הטהור, הנטייה המוסרית בטהרתה, ללא אינטרסים והשפעות זרות, עומד במקורו הבטוח, לאור האידאלים האלוהיים, בהנחייתה של התורה. ואז אין קנאות דתית עיוורת מחד גיסא, ולא הפקרות כפרנית ופראית מאידך גיסא – מה שעושה את העולם אומלל, שקוע בחורבן שממיטים בני־האדם על עצמם. הרשע והסכלות הינם עומדים נגדו. רשעות וסכלות הן היוצרות את האומללות בעומדן נגד המוסר הטהור. מתוך סכלות, חוסר הבנה, יש מקום לרשעות. תפיסת מציאות שטחית מאפשרת לרשע להתבצר. רק שם הוא יוכל להוביל.[292]

את תקופת ההשכלה מכנים 'עידן־הנאורות', לעומת תקופת ימי־הביניים שבה שלט המחשך של הדתות. אור התבונה כביכול החליף את מחשך האמונה. אולם בפועל מה שנולד ב'עידן־הנאורות' הם גם הרשע הנוראי של הנאציזם, הפשיזם והקומוניזם. המוסר זקוק לאמונה, וזו זקוקה לחכמה, שזקוקה בעצמה לטהרתה של האמונה: "רֵאשִׁית חָכְמָה יִרְאַת ד'" (תהלים קיא, י).

הוגי הדעות הטהורות, שהם הגרעין היסודי של האנושיות, הם אלה שיוצרים את הרעיונות הגדולים, שמקדמים את האנושות ומפתחים את ההגות והתרבות, את הרוח ואת החזונות, עד כדי כך שבשבילם היא חיה. הרמב"ם כותב כי האנשים הפשוטים, שלא עוסקים במושכלות ומגיעים להשגות גדולות, לא קיימים אלא בשביל האיש החכם, שכן עוסק במושכלות כראוי. אמנם, דברי הרמב"ם נראו תמוהים בעיני רבים.[293] ועל כן יש להסביר כי כוונת הרב קוק כאן שבַּשביל שסוללים אותם הוגי הדעות הגדולים צועדת כל האנושות. הם מתווים דרך וחזון עבור כלל האדם ומוסיפים חיוניות ותקווה לאנושות.

הוגי דעות אלה, הינם תמיד לוחמים את רָעי האדם, לאו דווקא האנשים הכי רשעים, אלא הרשעים המשימים את התכונה של החיה הרעה שבאנושיות הבוסרית למטרת חייהם, הפרטיים והחברתיים. מטרת חייו של האדם היחיד, של החברה ושל האומה. נראה שהרב קוק רומז להוגים שהאדירו את הצד הפראי והחייתי של האדם, כדוגמת תיאורו של ניטשה את אצולת השבטים האירופאים הקדומים כ'חיה בלונדינית' פראית ('die blonde Bestie'),[294] שמתנהלת מתוך אינסטינקט של עוצמה ושליטה וללא ייסורי מצפון. בעיניו זהו טבעו המקורי של האדם, ולא היותו בעל מצפון טהור, מתעלה בתבונתו ובמוסרו. ואולי כוונתו של הרב קוק גם כלפי הדוגלים בדרוויניזם חברתי, שפירשו את דבריו של דרווין על כך שהחזק שורד,[295] מתוך מאבק באחרים החלשים יותר. נגד מגמות כאלה, שמפארות את היצריות הפראית, לוחמים הוגי הדעות הטהורות.

המלחמה הקדושה הזאת איננה מלחמה מכוונת דווקא נגד אישים אחרים, אלא גם – וביחוד – נגד עצמו נלחם האדם. נגד הרע שבו, נגד כיעורו. "כִּי יֵצֶר לֵב הָאָדָם רַע מִנְּעֻרָיו" (בראשית ח, כא). את המלחמה המוסרית עורך האדם קודם־כל בתוך עצמו, למען היסוד הטוב והטהור שבו, נגד היסוד הרע האגואיסטי שבו. וזו לא מלחמה פשוטה, של אויב מרוחק וברור: "לוּ זה היה כל־כך פשוט – אי־שם קיימים אנשים שחורים המבצעים בזדון מעשים שחורים, ויש להבחין בהם ולהשמידם, זה היה קל; אבל הקו המפריד בין הטוב והרע, חוצה את לבו של כל אדם. ומי יסכים להשמיד נתח מלבו שלו? בחייו של כל לב מחליף הקו את מקומו, הוא נלחץ בתוקף הרע המנצח, או שהוא מפנה מקום לטוב המפציע בזהרו. אדם עשוי להיות שונה לחלוטין בהתאם לגיל ולתנאי החיים. לעיתים הוא השטן עצמו, לעיתים – צדיק גמור."[296] על כן נדרשות גבורה רבה, עורמה וסיעתא דשמיא במלחמה קדושה זו של האדם נגד הרע שבתוכו.

ולעת הצורך הוא מוכן למות מות גבורים וקדושים לטובת הרעיון העליון המחיה־כל, לא בפחות מרץ ממה שהוא מוכן להמית בגללו את מי שהוא חוצץ בעד האור. עבוּר הניצחון במלחמה אדם צריך להיות נכון למות במקרים מסוימים, כמו בשלושת האיסורים החמורים בתורה, שבהם ההנחיה היא "ייהרג ואל יעבור" (סנהדרין עד, א). וכן ביציאה למלחמה, שמִטִבעה כרוכה בסכנת חיים, ובכל זאת – בניגוד למצוות שמירת הנפש, החייל צריך לעשות ככל יכולתו על־מנת להביא לניצחון ישראל בקרב ולא להשתמט מן המערכה, למרות הסיכון שהוא לוקח על עצמו בכך (משפט־כהן קמג). בנוסף, נדרשת נכונות וגבורה להמית בגללו את מי שהוא חוצץ בעד האור, להרוג את האויב כשזה נדרש, את מי שחוסם ולא מאפשר להארת הטוב בעולם. כמובן, מתוך הדרכת התורה והמוסר בקישורו למקור האלוהי. כך מקובל בכל המערכות המשפטיות, שכאשר אדם הורג מתוך הגנה עצמית, הוא זכאי. אם ניתן בדרכים של ויכוח מילולי ושכנוע לשנות את מעשיהם של אנשי הרשע שחוצצים וחוסמים את האור, זה ודאי עדיף. אלא שפעמים רבות זה לא אפשרי, ואין להתפתות למחשבה שכן. "בא להורגך השכם להורגו" (סנהדרין עב, א).

והעם אשר הכיר יפה את מטרת הווייתו בהרגשה של חיים פנימיים, לא כדבר שנכפה עליו מן החוץ, אלא מתוך עצמו, מצד האוטונומיה המוסרית שלו – כל מה שהוא עושה לסול לו את דרכו בחיים, בין שהן פעולות חיוביות כבניין ויצירה, עלייה ארצה ופיתוחה, ובין שהן פעולות שליליות, כמלחמה באויב המפריע לטוב – הכל עושה הוא בשביל נשמתו המכה גלים בקרבו, ואומרת לו: ג ד ל ! "אין לך כל עשב ועשב שאין לו מזל ברקיע שמכה אותו ואומר לו גדל" (בראשית רבה י). כל הדברים הנעשים בישראל הם מתוך הרצון הנשמתי והכללי בהתעלות העולם, בהשתלמות והתקרבות למגמה האלוהית, לגאולה. ועל כן אין לנו כלל להתבושש באותן המלחמות אשר עשינו לצרכי תקומתנו, ובאותה המשטמה אשר עוררנו בלבבנו נגד הקמים עלינו להכחיד את קיומנו. שכל אלה נעשו לצורך קיומנו ולשם מגמתנו האלוהית בעולם, ולא מתוך אהבת מלחמה או רשעות. אפילו אם היתה רק מלחמת־חיים פשוטה, גם היא אינה בושה במקום שאינה בנויה על־פי עוות משפט, כפי שמתארים חז"ל שדוד המלך אמר לישראל כאשר אמרו לו שאין להם פרנסה: "לכו ופשטו ידיכם בגדוד" (ברכות ג, ב).[297]

וקל־וחומר שמעמד חיינו בעולם הוא אור העולם, כדברי הנביא: "וּנְתַתִּיךָ לְאוֹר גּוֹיִם לִהְיוֹת יְשׁוּעָתִי עַד קְצֵה הָאָרֶץ" (ישעיהו מט, ו); "וְהָלְכוּ גוֹיִם לְאוֹרֵךְ וּמְלָכִים לְנֹגַהּ זַרְחֵךְ" (שם ס, ג), ועל כן ודאי לא צריכה להיות לנו כל בושה במלחמותינו, אשר השכל הערום מכל הופעה אלוהית לא יוכל בוודאי לתאר את גבוליו, בבירור תבוני פשוט לא ניתן לאפיין את אותה הארת העולם שעל־ידי ישראל, אבל בשביל כך הנבואה היא אחת מתכסיסי סגולת עמנו, הנבואה, שהיא אחת מן הכישרונות הישראליים, גילתה לנו את ייעודנו. ובמקום שהיא מאירה לנו דרך לאמר: זה המכשול, של איש פלוני או של קיבוץ פלוני, צריך שיוסר מעל דרך תולדתנו. שכן בהיגיון האנושי לעיתים קשה לדעת ולהגדיר מיהו האויב בדיוק ומה דרך ההתייחסות הראויה בכל מצב וזמן; איזו איבה היא עקרונית ושורשית יותר ואיזה פחות. חז"ל דנים על היחס המיוחד לעמלק או לשבעת העממים, אך בכל דור ומקום מתעוררים מצבים חדשים ומורכבים. על כן – רק אכזריות שוממה ושפלות של מוגי־לב תוכלנה להתיצב נגד עז־חיים זה. נגד הנבואה, שבאה מן המקור האלוהי ומורה את הדרך להאיר את העולם, להיטיב על־ידי הכרתת הרשעים בדרך הראויה.

בוודאי נמצאים מחקים, כקוף בפני אדם, את פעולתנו ההיסתורית, המחוגה המשורטטת, מוכתבת במחוגה אלוהית. עמים אחרים מנסים לגנוב את שם ישראל לעצמם, להגיד שכעת הם העם האלוהי, הנבחר, אבל "אִם הֶבְלָם יְדַמּוּ לְתֻמַּיִךְ וְאוּרָיִךְ?" (קינת 'ציון הלא תשאלי' לריה"ל), נֹאמר עם הלוי, רבי יהודה הלוי בשיר געגועיו לציון.[298] ינתקוּ נא את כל שריד מההשפעה הרוחנית שלנו מכל מערכי הגיוניהם, – היישאר אז להם מאומה מכל מטרות מלחמותיהם, זולת שפך דמים ורציחות בזויות? הנוצרים והמוסלמים משתמשים בסמלים, בכינויים ובמושגים תנ"כיים כדי להצדיק את מלחמותיהם, ומכיוון שהם לוקחים אותם בשקר מעם־ישראל, מתברר למעשה שאינם עושים אלא שפך דמים ורציחות בזויות. הם משתמשים בהנחיה האלוהית המוגדרת שניתנה לישראל לכבוש ולהילחם, כמו במלחמת עמלק או כיבוש הארץ, ומשייכים אותה לעצמם. אולם רק לישראל נאמרו הדברים, ועל כן מעשיהם הם כחיקוי הקוף את אדם, ללא היגיון וצדק.