לאחר שתאר הרב קוק את נזקיו של הפחד הנפרז, הוא עובר להתמקד בפחד המזיק ביותר: הפחד היותר מזיק הוא הפחד המחשבי, הפחד לאפשר לעצמנו לחשוב מחשבות חדשות. זהו הפחד המזיק ביותר מכיוון שהוא משתק את החלק העליון והיוצר באדם – קביעת הערכים והתרבות. ואין לו בהכרח יסוד ממשי במציאות, כי זהו פחד שמטיל הדמיון הכוזב. הדמיון הוא שיוצר תרחישים שונים, מה יכול או עלול לקרות, גם אם הדבר טרם התרחש ואף אינו עומד על סף התרחשות. אנשים אינטליגנטיים, המכירים היטב את הדברים הקיימים, ברוחבם ובעומקם, עומדים בפני צומת: האם לרכז את מאמציהם בביצור ובשימור הקיים, או לפתוח שער לתפיסה אחרת של המציאות. המחשבות החדשות, המתבססות על הידע הקיים, מתחילות לרוב בביקורת: איתור נקודות תורפה או תחומים שבהם הפתרונות הישנים כבר אינם מספקים מענה בגלל השתנות הזמנים, התנאים, האמצעים או הדעות. ביקורת זו, גם אם היא נובעת מהערכה וכבוד לקיים, עלולה להיתפס כ"הוצאת לעז על הראשונים", כערעור על חכמתם וסמכותם של חכמי הדורות הקודמים. האדם חושש שמא הוא פזיז או חצוף ועז־מצח, ואף עלול להיות מואשם בהשקפת עולם רפורמית, ברצון לשנות דברים שהתקבעו והתקדשו לפני דורות רבים. פחד זה אינו נובע מאיום פיזי, אלא הוא פחד פנימי, מחשבי. אמנם, ביקורת עצמית מוסרית היא חיובית כשלעצמה, טוב שיש ביקורת על הביקורת; אולם, אם לאחר בדיקה וחשבון־נפש האדם אינו מוצא פגם ממשי בדרכו, אך עדיין נכנע לפחד ומסיק שעליו להפסיק לחשוב, זוהי מעין 'עצת היצר־הרע'. מסקנה כזו, שנובעת מרגישות מוסרית המופנית כלפי עצמו, היא מסקנה איומה המשתקת כל מחשבה פורייה, התפתחות והתעלות. על כן הרב קוק מכנה את הדמיון שיוצר פחד זה: דמיון כוזב. התפתחות והרחבת הדעת אינן פוגעות בכבודם של הדורות הקודמים, אדרבה: הן המשך ישיר של דרכם. לכבד את הראשונים וללכת בדרכם אין פירושו לחקות את מעשיהם באופן טכני, אלא להידמות לרוח דרכם באותה מידה של מסירות, קדושה ועומק. ישנם עקרונות יסוד שהם אבני־דרך מַנְחוֹת, וההחזקה בהם היא עצמה ביטוי לנאמנות הראויה למסורת. לא היה דור אחד של חכמים שלא הוסיף, שינה או תיקן דברים מדורות קודמים, וככל שהיו גדולים יותר, כך הצטיינו בכך יותר.
הדמיון הוא כלי רב־עוצמה, שיכול לשמש לשני כיוונים הפוכים בתכלית: הדמיון הטהור, הראוי, הוא מקור הנבואה וההשראה הגדולה: "בְּיַד הַנְּבִיאִים אֲדַמֶּה" (הושע יב, יא). זהו דמיון המשמש כמשל, כלי עזר להשגת אמת נשגבה יותר מן המצוי. הנביא או ההוגה משתמש בדימויים ובתמונות, אך יודע תמיד שהם רק אמצעי ולא המטרה עצמה, הנמשל. לעומת זאת, הדמיון הכוזב הוא מקור האלילות. זהו דמיון המקבע את המשל והופך אותו למציאות עצמה. הוא מנסה להכיל את האינסופי בתוך תבניות סופיות ומוכרות, ובכך מגשם ומזהם את המחשבה.[115] על כן מתוך דמיון זה נוצר הפחד המחשבי. הוא מצייר תמונה מאיימת של התוצאות ההרסניות שעלולות לנבוע ממחשבה חופשית – כהתרחקות מן האמת וקלקול המידות. פחד זה, אף אם הוא נובע מכוונות טובות, משתק את היצירה הרוחנית ומותיר את האדם כלוא בתוך גבולות מוכרים ובטוחים, אך מחניקים.
הפחד המחשבי מופיע על החלק היותר עדין ויותר מפואר מן המין האנושי, אותם אנשים בעלי רגישות מוסרית, חכמים ומעמיקים, שאינם גסי־רוח, שהם עומדים לנס, להיות לאורות מזהירים את דרכי החיים אל הכלל כולו. תפקידם אינו להתהדר בגאונותם האישית, אלא להאיר את הדרך עבור הציבור הרחב, ובכך לאפשר לו להתמודד עם השינויים והאתגרים המתחדשים. על כן התפתחות המחשבה אצלם היא חיונית, ומניעתה מזיקה לכל הציבור. הבעיות שהם איתרו והצורך בפתרונות חדשים, לא ייעלמו. המציאות תמשיך להתקדם, אך ללא ההארה, התיקון והחזון הראויים, מאת אלו המוכשרים לכך. כך נוצר מצב של משבר, נתק, ואף בוז כלפי המסורת והנהגתה הרוחנית.
התהליכים שעברו על עם־ישראל בדורות האחרונים, שהובילו לפגיעה משמעותית בשמירת המצוות – היו דווקא בגלל חוסר התאמה או מענה הולם לשינויים המחשבתיים, המוסריים והמדעיים שהתרחשו בעולם. בניגוד לבעיות מעשיות, הפחד מחשיבה שיתק את היכולת להתמודד עם אתגרים רוחניים עמוקים, המשנים תפיסות עולם ואורחות חיים באופן מהותי. כאשר אותם האנשים הראויים להיות המדייקים והמובילים, נסוגים עקב הפחד, את מקומם עלולים לתפוס אחרים, פחות רגישים, פחות מעמיקים ופחות מכבדים. אלו עלולים להרים דגלים של שינוי לשם שינוי, ללא הבחנה ובחינה ראויה, מבלי להתחשב בפרצות ובהפקרות שעלולים להתלוות לכל מצב חדש, ובכך להביא לציבור גרסה פחות טובה, ואף מזיקה, של החדש.
על כן גם כאשר עולה חשש שמחשבה או מעשה חדשניים ייראו כ'יוהרה', אין זה אומר שיש להימנע מהם, אלא ניתן להביאם לידי ביטוי בצנעה, בעדינות או לעיתים בהדרגה, ולא באופן דרמטי ובוטה. אין בכך סתימת הגולל על המחשבה או המעשה.
הצללים הנם הולכים תמיד בעקבות האורות. ככל שהאור הפוטנציאלי גדול יותר – ככל שהאדם מוכשר יותר, כך גם הצל – הנזק הפוטנציאלי מעצירת המחשבה, עלול להיות חמור יותר אם האור לא יופץ כראוי. ולפי מה שיגדל כשרונו של אדם להבין ולהשכיל, כן הוא גדול פחדו המדומה מפעולות המחשבה. הסיבה לכך פשוטה: אדם בעל תפיסה רחבה, רגישות ומורכבות מחשבתית, מסוגל לצייר בדמיונו תרחישים שליליים רבים יותר מאדם פשוט, שנוטה להפטיר: "מה כבר יכול להיות?". זהירות הנובעת מכך היא מבורכת, כל עוד היא מובילה לתכנון ובניית כלים ושיטות כדי להימנע מסכנות והתמודדות עמהן, אך לא להימנעות מהתקדמות. אם הפחד משתק, מונע את בניית הכלים הנדרשים, התוצאה היא הרסנית – הן עבור האדם עצמו והן עבור אלו ההולכים בעקבותיו.
יותר מכל העמים המוכנים להשכיל לחשוב מחשבות, באופן מכנס ומקשר את כל פזור ונפרד שבנשגב וקדוש לחטיבה אחת כוללת, בעצה ובדעת, בדברים העומדים ברומו של עולם, הוא עם־ישראל. עם־ישראל מתייחד בכישרונו המיוחד למחשבה מסוג מסוים: מחשבה 'מכנסת ומקשרת'; הרב קוק מאפיין כאן את המחשבה הישראלית כמחשבה סינתטית – בניגוד למחשבה האנליטית, המפרידה ומבחינה, שהיא אמנם חיונית, אך אם היא הופכת לחזות הכול היא עלולה להוביל לתפיסת עולם מפורדת ומפוזרת, הן במישור הגשמי והן במישור הרוחני.[116] תרבויות אחרות, כגון התרבות היוונית, התרבות הפרסית הקדומה, ההודית והסינית, מצטיינות במחשבה אנליטית. אך כאשר היא נותרת לבדה, המחשבה האנליטית עלולה להוביל לתפיסות של כוחות נפרדים במהותם – כמו אלילות, או לחלוקה חברתית נוקשה, כפי שניתן למצוא אצל אפלטון.[117] המחשבה הישראלית, לעומת זאת, שואפת לאחד את כל פזור מבחינת המצב הריאלי, הפיזי של הדברים, ונפרד מצד ההבחנה המחשבתית ביניהם, שבנשגב וקדוש לחטיבה אחת כוללת. המחשבה הישראלית שואפת לראות את הקישור והאחדות גם במקום שיש שוני, מבלי להתעלם ממנו. חזונו של עם־ישראל, המבוסס על מחשבה זו, אינו מבשר מלחמה כמטרה סופית, אף שהיא עשויה להיות אמצעי הכרחי לעיתים, אלא שלום. הוא מבקש לכנס את כל הטוב, גם אם הוא מפוזר, ואף אם היה משוקץ בעבר, ולקשר אותו יחד: "וַהֲסִרֹתִי דָמָיו מִפִּיו וְשִׁקֻּצָיו מִבֵּין שִׁנָּיו וְנִשְׁאַר גַּם הוּא לֵאלוֹהֵינוּ" (זכריה ט, ז). גם במחשבות שנראות כעבודה־זרה ניתן למצוא יסודות של שאיפה לנשגב ולקדוש, ולאחר זיקוק וקישור נכון, לצרף ניצוצות אלו למקור האחדות. פעולה זו נעשית בעצה ובדעת, בדברים העומדים ברומו של עולם. מתוך התחברות למקור האחדותי העליון של הכול: "הֲלוֹא אָב אֶחָד לְכֻלָּנוּ הֲלוֹא אֵ־ל אֶחָד בְּרָאָנוּ" (מלאכי ב, י), בו מתגלה האחדות שבשורש כל הנפרד והשונה.
עם־ישראל הוא הגוי האחד שנושא עימו את דגל המחשבה היותר עליונה בעולם, את המחשבה הכוללת כל מה שהחכמה כולה אוגרת בקרבה, המחשבה של אחדות־הָאֱלוֹהִים בַּשָּׁמַיִם מִמַּעַל וְעַל הָאָרֶץ מִתָּחַת אֵין עוֹד (דברים ד, לט). המחשבה של אחדות־האלוהים היא תפיסת כל המציאות, החומרית, הרוחנית, האנושית והרעיונית – כנובעת מן המקור האלוהי האחד האינסופי. על כן היא מחפשת תמיד כיצד לכנס, לקשר ולאחד את כל מה שנראה נפרד, מתוך שאיפה לחשוף את השורש האלוהי המשותף לכל. משום כך כל גילויי החוכמה והתרבות, בין של יחידים ובין של עמים – שייכים לאותה תנועה כוללת של הופעת הרצון האלוהי בעולם. אין דבר נדחה מיסודו, ובלבד שימצא את המקום וההקשר המתאימים לו. אין תחום במציאות שמנותק מן האחדות. זהו הדגל שנושא עם־ישראל. מחשבה המניחה שיש ערכים או גילויים המצויים מחוץ לאלוהות, כאילו יש מקום שבו האור האלוהי נעצר – היא שגויה מיסודה. היא יוצרת הבחנה דואליסטית בין קודש לחול, בין שמיים וארץ, שבמהותה סותרת את עקרון הייחוד. עם־ישראל, ובהשפעתו האדם בכלל, קרוא לגלות את אחדות הקיום בכל תחומי החיים, ולשוב בכל הווייתו אל מקומו האלוהי.
אמנם הוא צריך לעולם להרחיב את גבול הדעה שלה עד אין קץ ותכלית, בלב אמיץ, בלא יראה בלא מגור ופחד כלל. המחשבה של אחדות־האלוהים אינה סטטית, אלא דורשת הרחבה והתפתחות מתמדת. הביקורת על מצב מחשבתי קודם נובעת לרוב מכך שהוא לא כולל מספיק, שהוא משאיר דברים נפרדים, חסרי הֶקְשֵׁר ומשמעות מובנת בתוך המערכת הכוללת, מבלי לברר את ערכם ומקומם בתוכה. אמנם, הרחבה זו אינה יכולה להיות פשטנית, כמו צירוף מכני של אלמנטים חיצוניים; היו שרצו להכניס עוגב לבית־הכנסת, שילווה את התפילות בשבת על־ידי נגינה של נוכרי – רק משום שהוא יפה וקיים בכנסייה. אך הם לא בחנו את התאמתו למהות התפילה היהודית. יש לערוך בירור מעמיק, לבחון מהי מהותו של שילוב העוגב בתפילה, מה תפקידו בהקשר המקורי שלו בתפילה הנוצרית, וכיצד הוא ישתלב או יתנגש עם מהותה וטבעה של התפילה היהודית. אחדות אמיתית אינה חיקוי, אלא תהליך של קישור הנובע מהבנה. על כן למעשה, גם אם המסקנה תהיה שהעוגב לא מתאים לבית־הכנסת, זוהי בעצמה פעולה של מחשבה מאחדת – כיוון שהיא אינה דוחה את האחר אלא מכבדת אותו ומכירה במקומו הראוי, תוך שמירה על הייחודיות והשלמות של כל מערכת. הרחבה אמיתית דורשת העמקה, בירור מהות הדברים, והתאמתם למערכת הקיימת באופן אורגני ומתוך מחשבה. זהו תהליך שחייב להיעשות, ואם הוא לא נעשה על־ידי האנשים הראויים לכך, בעלי העומק והרגישות, אזי באות "הרחבות" פשטניות או דחיות גסות שאינן מבוססות, ושתיהן גרועות באותה מידה. ההבנה של הנזק העצום הטמון במניעת המחשבה של אחדות־האלוהים, והערך העצום של המשך התפתחותה, מחייבים התמודדות עם אתגרי התרבות והמחשבה ללא פחד. כל טיעון שמטרתו לעכב ולמנוע את התפתחות המחשבה – גם אם הוא נובע מרצון טוב – אינו יכול להתקבל. הזהירות, העומק, הרוחב והמתינות יבואו לידי ביטוי באופן הבירור וההטמעה של רעיונות חדשים, אך לא בעצירת עצם תהליך החשיבה, היצירה וההתקדמות.
בעת החדשה, דווקא האומה המוכשרת למחשבה רחבה ואמיצה הפכה למפוחדת ומצומצמת. מתוך פחד מעזיבת המסורת על־ידי הצעירים ונהייה אחר השכלה, תרבות זרה וחידושים, התבצר חלק גדול מעם־ישראל ב'גטו רוחני', ועסק בפרטי פרטים של ההלכה תוך הימנעות מכוונת מהתמודדות עם הרעיונות הגדולים של הזמן.[118] פחד זה הוא בגידה בייעודם של ישראל. במקום להוביל את המחשבה העולמית, הפכנו למפגרים אחריה, חוששים מצללים שאין בהם ממש. במקום להראות כיצד תורת ישראל יכולה וצריכה להכיל ולהאיר כל חכמה ומדע, בנינו חומות של ניכור. עלינו לשוב אל האומץ המחשבתי המקורי, לצאת מן המגננה אל תנועה של כיבוש והרחבה רוחנית, מתוך אמונה בכוחה של תורת חיים להאיר את המציאות כולה.
אולם למרות חשיבותה הרבה של התפתחות המחשבה של אחדות־האלוהים, הפחד "מחֲמַת הַמֵּצִיק אשר כּוֹנֵן לְהַשְׁחִית" השפיל את הנפש הכללית של עַם זה האזור בגבורה. הרב קוק מתאר את המצב הכללי בישראל שנובע כתוצאה מן הגלות. הביטוי "מחֲמַת הַמֵּצִיק אשר כּוֹנֵן לְהַשְׁחִית", הלקוח מנבואת ישעיהו (נא, יג): "וַתְּפַחֵד תָּמִיד כָּל־הַיּוֹם מִפְּנֵי חֲמַת הַמֵּצִיק כַּאֲשֶׁר כּוֹנֵן לְהַשְׁחִית", מתאר את התחושה הרווחת בגלות, שליוותה את תולדות עמנו רוב הזמן ברוב המקומות, והפחד הנובע ממנה הוא פחד מובן ומציאותי. במשך כאלף שמונה מאות שנה, עם ישראל היה שרוי במציאות של גלות איומה, של פיזור, של היותו מיעוט קטן בתוך חברה עוינת. עוינות זו התבטאה בכך שהיינו זרים, בהאשמתנו בכל צרות העולם, בקנאה בנו, ועוד. כל אלו יצרו מצב נפשי של ניסיון, עד כמה שאפשר, לא להתבלט ולא להתנגש עם הסובבים אותנו, לא להשמיע קול. זהו פחד ממשי שהשפיל את הנפש הכללית של עם זה, העם שבאופן עקרוני, במקורו ומקומו הטבעי, הוא האזור בגבורה. אנו רואים את גבורת עמנו בתולדותיו – בימי השופטים והמלכים, במרד החשמונאים, ואפילו במרידות הגדולות נגד הרומאים, שלא היו מתקיימות ללא גבורתם הכבירה של היהודים. גבורה זו נעלמה בשנות הגלות הקשות, עד שנעשה מלא מגור ופחד, ההשפלה הגיעה למצב שהעם נעשה מלא פחד – לא רק מאויב נושא נשק, שהוא פחד מובן; אלא גם מכל מחשבה ורעיון, שכן מחשבה ורעיון חדשים עלולים להבליט אותנו עוד יותר בעיני הסביבה, לעשות אותנו שונים יותר בעיניה. ואת השוני הזה יגלו, לא חשוב איך נתלבש ואיך נדבר. אין מפלט מזה.[119] הפחד הגלותי לא עוזב, ואי־אפשר להסיר אותו בשום דרך, מלבד על־ידי החזרה אל עצמיותנו והנכונות להיאבק על כך בלי לפחד. וממילא מכל חפץ פועל ומעשה גדול וכולל; כתוצאה ישירה מהפחד ממחשבה ורעיון, נבע גם פחד מכל חפץ פועל – שאיפה או רצון לפעול, ומכל מעשה גדול וכולל. אסור היה לחשוב, אסור היה לשאוף וכמובן שאסור היה לעשות. לכן היה גינוי לכל שינוי, גם במחשבה וגם במעשה, מכל יהודי. כתוצאה מכך, כל כובד האחריות הועבר מהאדם, ממצפונו ומאחריותו – לשמיים. אם מהשמיים ירצו, הכל יהיה לטובה. אם לא ירצו, אז כך צריך להיות. תפיסה זו הפכה להיות לעיקר האמונה, דבר נורא שלא היה מעולם. כמובן שלאורך זמן אי־אפשר לחיות כך, זה נוגד את האופי הישראלי והאנושי בכלל – שנוטה תמיד לפעול ולתקן, לשנות ולהתפתח; זו הייתה אחת הסיבות לכך שבמהירות רבה מאוד מבחינה היסטורית (בתוך כ-150 שנה), רובו של עם־ישראל נטש את אמונתו ותורתו.
ומפני שעיקר יסוד גבורתו הוא עז האלוהים, שורש הגבורה של עם־ישראל הוא בעוצמת האמונה שלו. היא המקור שממנו הוא שואב את כוח עמידתו. על כן בחלישות הרוחניות שלו, נעשה חלש ורפה עד מאוד. כאשר מחמת הפחד אסר על עצמו לחשוב, לחדש ולהתפתח גם בתחום האמונה עצמו, העם נעשה חלש גם במישור המעשי והארצי. מכיוון שלא התרחשה התחדשות, לא רוחנית, לא אמונית ולא מחשבתית, גם בתחום הקודש פנימה – נותרה על מכונה רק הקליפה החיצונית של המנהגים, ואילו התוכן הפנימי הלך והתרוקן. מצב זה, מצדו, היווה גורם נוסף שדחף אנשים מוכשרים ובעלי יוזמה לעזוב את המסגרת היהודית, את הקהילה, את התורה והמצוות. אי־אפשר לבסס את הקיום כולו רק על מורשת העבר, חשובה ומפוארת ככל שתהיה. ישנה תמיד התפתחות, תנועה שלא ניתן לעוצרה. יהודים רבים, יותר ויותר, סירבו להימנע מלקחת חלק בהתפתחות. הם נשאו עיניהם אל הגבורה בתחומים השונים – המדינית, הלאומית, התרבותית והרוחנית, שפרחה סביבם, גם אם לא הייתה שלהם.
על כן ההצלה היותר נכבדה לעמנו לעת כזאת היא הסרת הפחד הדמיוני הרוחני מתוך הלב, להראותו ברור כשמש, שאין לו כלל וכלל ממה לפחוד. המאבק אינו אמור להיות מופנה כלפי הסיבות החיצוניות לאיבה, שכן ההשפעה עליהן מוגבלת. המאבק צריך להיות פנימי, נגד עצם הפחד. תפיסה זו עולה בקנה אחד עם הנחות יסוד פסיכולוגיות מודרניות, המדגישות את חשיבות ההכרה בערך העצמי. האדם אינו יכול לרַצות את כל סביבתו; ניסיון כזה מוביל למצוקה. הפתרון הוא שהאדם יהיה נאמן לעצמו. אם הדבר אינו נוח לאחרים, זוהי בעיה שלהם, לא שלו. גישה זו, כמובן, אינה פותרת את כל בעיות המציאות החיצונית, אך היא מונעת את הפנמת האשמה ואת התחושה שראוי לאדם לסבול.
ניסיון להילחם בסיבות "רציונליות" כביכול של האנטישמיות, נידון לכישלון, משום שביסודה, האנטישמיות אינה רציונלית. הרצי"ה קוק נהג לצטט בהקשר זה את האמרה שיוחסה לאנשים שונים: "את היהודים, כשהם עשירים – לא אוהבים מפני שהם עשירים; כשהם עניים – לא אוהבים מפני שהם עניים; כשהם משכילים – לא אוהבים מפני שהם משכילים. קיצורו של דבר, לא אוהבים אותם מפני שהם יהודים".[120] משום כך יש להתמקד בהסרת הפחד הפנימי, שכן צעד זה, לכל הפחות, ישיב לאדם את ערכו העצמי ואת קומתו הרוחנית. ההתמודדות הנכונה עם האויבים החיצוניים תבוא לאחר מכן, ובאופן אחר.
יפחדו העמים "הַמִּתְהַלְלִים בָּאֱלִילִים" (תהלים צז, ז), שלא ישבר כוחם הכללי הדמיוני, שפעל על הסכמתם הקיבוצית. אלו שבאמת צריכים לפחד הם עושֵׂי הרע ומאמיני תרבויות הרשע והשקר – התרבויות האליליות השונות שהיו שקועות בריקבון מוסרי של רצח וזנות. הם אלו שצריכים לחשוש שמא ישבר אותו כוח מדומה המלכד אותם. מה יעשו ביום שבו יתנפץ כוח זה? מה יעשו כשיגלו שכל אמונותיהם ותקוותיהם, הכנסיות, הפסלים והטקסים, אינם אלא הבלים וכזבים? אם כל משענתם הרוחנית והתרבותית בנויה על יסודות רעועים אלו, מה יישאר להם ביום שיתמוטטו? זהו אכן מצב מעורר פחד. יפחדו מאור האמת והיושר כל ממלכות הרשע, שהתכלית החובק את כל שאיפותיהם הוא אגרוף זדון ועיוות משפט, שאור המחשבה הטהורה כשהיא מתגברת הוא מראה את ניוולו, וממילא מתנתקים המאסרים הכלליים, והחוזק העממי יוכל לנפול ולהתמוטט. הפחד הגדול של ממלכות הרשע נובע מן האפשרות שיתגלה אור המחשבה הטהורה, האמת והצדק, ויחשוף את השחיתות, הרשע והגסות שעליהם נבנתה תפארתן. כאשר האמת מופיעה, המוסדות המדכאים מתערערים והכוח המדומה של האימפריות הולך ומתמוטט. ניתן לראות בדברים אלה סקירה של מגמה היסטורית: זהו עידן של חילון גובר ושל ביקורת חריפה על הנצרות, על עוולותיה, שקריה ובעיותיה השונות. כך נוצר תהליך שבו מוסדות דתיים שהיו בעבר מקודשים הופכים מושא ללעג או לחקירה נוקבת.
אבל למה יירא ישראל? זה העם, שהמאור היותר עליון של המחשבה היותר טהורה ויותר רוממה הוא עוזו וחסנו, שהצדק היותר טהור ויותר זך הוא הודו והדרו, תקוותו וחפצו. יסוד קיומו של עם־ישראל נובע מן המחשבה העליונה, מהאמת הרוחנית הטהורה שאין לה גוף ואין לה דמות הגוף. איזו סיבה יש לעם־ישראל לפחד מהמחשבה הטהורה, מהאמת ומהצדק, כאשר אלו הם עצם מהותו, מקור עוזו וחסנו? גם מוסריותו היסודית היא טהורה: אין בו שאיפה לשעבד אחרים או להזיק; נהפוך הוא – חזון נביאי ישראל הוא שכל באי עולם יחיו בשפע, בטוב, בצדק וביושר. על כן אין כאן מקום לפחד, אלא לקריאה לביקורת: לא להיות נבחן אלא לבחון. ישראל הוא הנושא את יסודות המונותאיזם, הצדק, השוויון והחירות, והוא זה שצריך להטיל ספק האם ערכים אלה מיושמים אצל אומות־העולם. שהרי כל אלה לקוחים מישראל, ואילו אצלן הם עוּותו, קוצצו או הולבשו בדמות מעוותת.
על כן במקום שעם־ישראל יפחד מכל מחשבה ורעיון, הוא צריך רק לעלות, רק להשכיל יותר ויותר, במה שכבר קבוע וצבור בפנימיות עצמותו. להעמיק ולהרחיב את הבנתו באותם ערכים ורעיונות גדולים, שכבר נתונים בו. עם־ישראל נושא באמתחתו אוצר שאין כדוגמתו בעולם, ובכל זאת הוא מקבץ פירורים ומתרפס בפני אומות־העולם בבקשת טובות ונדבות. אך כל מה שיש לעמים ממילא נלקח ממנו, ולא פעם באופן מושחת ושקרי. הכרה עצמית, הכרה בערך הנשגב של האוצר הרוחני היהודי – היא הפתרון לפחד הלאומי. במקום להתרכז בשאלה כיצד אחרים מתייחסים לישראל, יש להביט פנימה ולבקר את חוסר המוסריות שבתגובה שלהם, שהיא לעיתים אכזרית ומפלצתית. אין להשלים עמה לא מבחינה רוחנית ולא מבחינה מעשית.
אז, רק אז, ימלא ישועה ואורה, אז יגלה לפניו כמה גדול ערכו, וכמה שפלים הינם אותם שהם דורכים עליו ברגל גאווה. וכל מה שתתגדל ותתרחב יותר מחשבתו יכיר יותר את נשמתו והדרת כבודו, עד אשר ירומם וינשא להראות גלוי לכל את אוצר החיים הגנוז בקרבו, עד שיכירו וידעו כל באי עולם כי רוחו רוח ד', ונשמת שד־י היא נשמתו. הרב קוק ראה את ניצני התפנית המיוחלת דווקא בקרב הדור הצעיר, שבמקרים רבים מצא עצמו בתווך: בעוד שהמציאות הגלותית הציבה לכאורה דיכוטומיה בין הישארות בגטו לבין עזיבתו והיטמעות ברוב, התנועה הלאומית יצרה אפשרות שלישית – היו אלה צעירים שעזבו את הגטו, ניסו להזדהות עם הרוב, אך התאכזבו מרות, ומתוך אכזבה זו הגיעו להכרת ערכם העצמי היהודי. כך היה אצל הרצל, כך אצל ז'בוטינסקי וכך אצל רבים אחרים. מתוך הבנה מחודשת של ערך האדם והלאום, הם הביטו אחרת על אוצרותיהם התרבותיים, על השפה והמורשת העברית, ושאפו להחיותן.
בשנת ה'תרס"ג (1903) התרחש פוגרום בקישינב, עליו כתב ביאליק את הפואמה 'בעיר ההריגה'. בעקבות הפוגרום הקשה, שזעזע את העולם היהודי, תוכננו פוגרומים נוספים. ז'בוטינסקי הצעיר, שהיה אז כבן 23, שהה באודסה עיר מולדתו, כאשר פשטה השמועה על פוגרום העומד להתרחש גם שם. פרנסי הקהילה היהודית, שייצגו את הגישה הישנה, חיפשו דרכים "למזער נזקים" באמצעות מתן שוחד למפקד המשטרה, בתקווה שהפוגרום יסתכם בנזק לרכוש ולא יגיע לכדי רצח. הם היו מוכנים להשלים עם כמה ימים של "השתוללות מבוקרת". לעומתם, הצעירים, וז'בוטינסקי בראשם, נקטו יוזמה אחרת: ז'בוטינסקי טען כי יש לרכוש נשק ולהתארגן להגנה עצמית. פרנסי הקהילה נִבעתו מהרעיון, מחשש שהדבר רק יחריף את המצב ויביא לטבח גדול יותר. אולם ז'בוטינסקי, לעומתם, סבר ההפך: אם הפורעים יידעו שהיהודים חמושים ומוכנים להשיב מלחמה, וכל פורע יחשוש לחייו – ייתכן שיחשבו פעמיים לפני שיבצעו את זממם. ז'בוטינסקי נעזר בקשריו בעולם התחתון של אודסה כדי לרכוש אקדחים, ודאג לפרסם זאת ברבים, וכפי שחזה, הפוגרום אכן לא התרחש. הפורעים העדיפו שלא להסתכן.

