בפרק הזה מעיין הרב ביחס שבין שני מושגים: הטבע וקודש הקודשים. למושג טבע יש שתי משמעויות ושתיהן מתפרשות כאן בקיצור. המשמעות הרגילה, השגורה בספרות ההגות היהודית לדורותיה היא: החול הוא הטבע. המשמעות השניה שיש בה פן של חידוש היא: היסוד ה'בראשיתי' הקדום הוא הטבע. המשמעות הראשונה היא תוצאה של חטא האדם ונפילתו, וממילא הפרדה חמורה בין הקודש והחול, בין הנס והטבע, בין האור הראשון והאור של המאורות. שורשה של המשמעות השניה באחדות המעולה של גן עדן מקדם. חיי האנושות מתנהלים בעולם הטבעי במובן הראשון, אך גם במציאות ירודה זו בה הפירוד שולט, תמיד נוכח גם היסוד הנעלה והטהור של מושג הטבע. דומה הדבר ליחס ההלכה אל המים: אמנם רק מים חיים שלא ניתנו בכלים יכולים לטהר, אך בכל זאת גם מים שאובים, שהופרדו ממקורם הראשון, מזכירים לנו את המים הטהורים, מפני שנוכח בהם היסוד הטהור. המושג קודש הקדשים שונה מהמושג קודש כשם שהמושג טבע במשמעותו הנעלה שונה מהמושג חול. בקודש הקודשים מופיע הרצון האלוקי האחד הפשוט בכל, ללא סייג ומגבלה. לעומת זאת, הקודש מבטא את הופעת הרצון האלוקי וגילויו כמימד נוסף ביחס לעולם הקיים כבר, ביחס לטבע במימד החול שבו. את היחס שבין קודש הקודשים לבין הטבע מדמה הרב ליחס שבין חומר וצורה. קודש הקודשים הוא הרצון העליון הקודם לבריאת העולם שצריך להשתקף במלואו על ידי העולם עצמו, הטבע. תכלית המציאות צריכה להתמלא על ידי האמצעים. המהות צריכה לקבוע את האיכות, שהיא עצמה הסדר של הכמות – נושא בתוכו את הנושא.
אפשר להמשיל את היחסים בין קודש הקודשים לבין הקודש והחול, ליחס בין גרעין, גזע ופרי. בגרעין יש סגולות גם של גזע וגם של פרי – זהו קודש הקדשים, הנקודה הראשונה. אחר כך ישנה התפצלות לחול וקודש, חומר וצורה. הגזע הוא החומר, האמצעי, והפרי הוא הקודש הגלוי בפועל.
כל לימוד, כל התרוממות רוחנית, צריכים להיות בנוים על היסוד של ההרגשה הטבעית, וההשכלה הטבעית. לפי סדר המילים, הלימוד צריך להיבנות על יסוד ההרגשה הטבעית, ולעומת זאת ההתרוממות הרוחנית צריכה להיבנות על ההשכלה הטבעית. יתכן שבשיכול מושגים זה יש כוונה. הלימוד, הפעילות התבונית של האדם, מתחיל מן ההרגשה הטבעית של המציאות, על ידי החושים, ונשמר במסגרת השכל הישר על ידי התחושות הטבעיות החזקות. זהו הבסיס של המדע הניסיוני. התרוממות רוחנית שיש בה התלהבות ושאיפה לצאת אל מעבר לגבולות ההרגשה הטבעית, צריכה להיבנות דווקא על ידי הזהירות והדיוק שבפעילות תבונית מופשטת, שאם לא כן, היא עלולה להיכשל בדמיונות מגושמים, ולהילכד בבורות נשברים של אשליה וכזב.
וההשכלה הטבעית עצמה עם כל ההרגשות הטבעיות, במדה הטובה של מעמדן. שתי התכונות הטבעיות של האדם, השכל והרגש, גם הן צריכות להישמר מפני הנפילה לטומאה, מהשחתה. מעמדן ויציבותן, וממילא מעמדו ויציבותו של האדם, היסוד להתפתחותו, הישגיו ומילוי שאיפותיו – צריך שורש חזק ומושג ברור, שיהיה קנה-מידה לצמיחה ישרה או התרעה מפני עקמימות וכישלון. עוצמת המעמד היא כפי מידת הטוב וההטבה שבקיום.
מוכרחות הן להיות בראשיתן נשתלות על יסוד קודש הקדשים, השורש הוא קודש הקדשים, הרצון העליון שמתוכו ולמען מימושו נברא והתהווה הטבע כולו. מחשבת האמונה של האדם שנוכחת במרכזן של כל התרבויות, וממנה צמחו כל הדתות, התפישות המיסטיות ושאיפות לתיקון העולם וגאולתו, היא הראשית והאחרית של כל ההשכלות הטבעיות וכל ההרגשות הטבעיות – אין הטבע בורא את עצמו, אלא "בראשית ברא אלוהים" (בראשית א, א).
שהוא נושא בתוכו את הנושא של הקודש ואת הנושא של החול, בבחינת הארון החי הנושא את נושאיו (עי' סוטה לה, א). קודש הקודשים מיוצג ונישא הן על ידי הקודש והן על ידי הטבע. הוא מופיע גם בגילויי הרצון העליון בבחינת צו, וגם בחביון הרצון האנושי והרצון העולמי, המודע והלא מודע.
את החומר ואת הצורה ביחס לחול – את הכמות, ואת חוקי התנהגותה וסדרה, האיכות. וביחס לקודש – את עוצמת הגילוי ושיפעתו, וכן את המשמעויות של העצמה השופעת, את סדר היחסים שבין המשמעויות, ואת הצו המנחה כיצד להתנהג ולהתהלך לאורם.
בצורה עליונה אידיאלית, באחדות מעולה בנקודת הראשית של הופעת הרצון העליון, בטרם התפרטה והתחלקה בהפיכתה לאותה הויה שאנו מכירים. נקודה זו מכונה 'הכתר שבאצילות', קוצו העליון של י'. לעומת האחדות המורכבת של הרמוניה והתאמה שאנו משיגים לעתים, גם בעולם הזה, אחדות מעולה היא פשוטה בתכלית ללא מתח פנימי, ללא צורך במרחב וזמן. כאחדותה של נקודה לעומת קו, שטח וגוף. עם זאת, הנקודה היא הנושאת את מיצגיה במרחב ובזמן, שהרי הם אינם אלא צירוף של נקודות.
