המחשבות הרוחניות, סוגי הרעיונות וההגות העוסקים בצדדים הרוחניים של הקיום, ואינם קשורים רק למדעים מדויקים או לתצפיות חומריות, מתחלקות, ביחוסן לחלוקת עמים, בשלשה חלקים כוללים: ניתן לסווג את המחשבות הללו לשלוש קטגוריות עיקריות, בהתבסס על הקשר שלהן לעמים ותרבויות שונות. הרב קוק מציג כאן תבנית כללית של חלוקה זו: ישנן מחשבות כלליות, גדולות וקדושות, שאינן נוגעות כלל בנחלת כל גוי ואומה, מסוימים, אלא – וכל חכמי לב, וכל קדושי רוח, שבכל האדם אשר על פני האדמה, שווים בהן לטובה. החלק הראשון, האוניברסלי המוחלט – אלו מחשבות רוחניות שבתוכנן ובסגנונן הן שוות ומשותפות לכלל האנושות, ובמיוחד ליחידי הסגולה שבה, כל חכמי לב, וכל קדושי רוח, אנשי המעלה והכישרון הגדולים. אלו הם רעיונות מופשטים ועקרונות עליונים שאינם שייכים באופן בלעדי לעם או לתרבות מסוימת. הם נגישים ומובנים לכל אדם, ללא קשר לזהותו הלאומית או אמונתו. וכדבריו של אליהו הנביא (תנא דבי אליהו רבה ט): "מעיד אני עלי שמים וארץ בין ישראל בין נכרי, בין איש בין אשה, בין עבד ובין שפחה, הכל לפי המעשה שהוא עושה כך רוח־הקודש שורה עליו". ועל הפסוק "וּשְׁמַרְתֶּם אֶת חֻקֹּתַי וְאֶת מִשְׁפָּטַי אֲשֶׁר יַעֲשֶׂה אֹתָם הָאָדָם וָחַי בָּהֶם" (ויקרא יח, ה), דרשו חז"ל: "כהנים לוויים וישראלים לא נאמר, אלא הָאָדָם, מלמד שאפילו נכרי ועוסק בתורה הרי הוא ככהן־גדול" (עבודה־זרה ג, א). האפשרות לזכות ברוח־הקודש ובמעלה רוחנית עליונה כשל כהן־גדול, אומרים חז"ל, אינה תלויה במוצאו של האדם,[129] אלא במעשיו ומאמציו באופן אישי.

הרב קוק מסביר מדוע מחשבות אלו הן אוניברסליות: הדברים הכלליים הללו, מצד עזוז גבהם, אינם מקבלים שום שינוי מצד המצב של האדם המשיג אותם, כיוון שהאדם מגיע לכוון דעתו כלפי מעלה במובן הנעלה והנשגב. מחשבות אלו, בגלל עזוז גבהם, שהן כה נשגבות וטהורות – מתעלות מעל כל הבדל תרבותי, לאומי או אישי. כאשר האדם מתעלה במחשבתו אל דעות נשגבות, אל האמת הטהורה, הוא פוגש תחום שאינו תלוי במצבו הפרטי או הלאומי. שבשביל כך אפילו אותם שאינם מכירים לא את ישראל ולא את אביהם שבשמים קורים לשם אלוהי עולם ריבון כל העולמים "אלהא דאלהיא" (מנחות קי, א), "כִּי מִמִּזְרַח שֶׁמֶשׁ וְעַד מְבוֹאוֹ גָּדוֹל שְׁמִי בַּגּוֹיִם וּבְכָל מָקוֹם מֻקְטָר מֻגָּשׁ לִשְׁמִי" (מלאכי א, יא). אפילו בתרבויות שאין להן קשר ישיר למסורת ישראל, עצם ההתבוננות במציאות מביאה להכרה בקיומו של מקור עליון, ריבון כל העולמים, כפי שמעיד הנביא מלאכי על גדולת שם אלוהים בקרב הגויים. סוג הדברים מצד עצמם מאירים ומשלימים, כל זמן שהם עומדים ברום גבהם, ואינם משתפלים לרדת להעסיק עִמם איזה צביון חברותי מיוחד. כל עוד רעיונות אלו נשארים בתחום המחשבה הטהורה ואינם מתורגמים למערכת חברתית ותרבותית ספציפית, הם נותרים בטהרתם הכללית. ומזה המין נהגו גדולי הדורות מעולם לקבל באהבה את הנאמר "מן החסידים והחכמים שבכל אומה". כפי שכותב רבינו בחיי בהקדמת ספרו 'חובות הלבבות'.[130]

ניתן להקביל חלוקה זו של הרב קוק לחלוקה הפילוסופית המוכרת, שניסח הפילוסוף הגרמני עמנואל קאנט (עי' להלן ריש 'דעת־אלוהים'), כפי שקרא לשלושת ספריו החשובים: 'ביקורת התבונה הטהורה'; 'ביקורת התבונה המעשית' (המוסר); ו'ביקורת כוח השיפוט' (האסתטיקה). החלק הראשון – תחום 'התבונה הטהורה', או, במונח עתיק יותר – לוגיקה, אלו הם עניינים שכליים ודאיים, שבהם אין מקום להבדלי תרבויות. בדומה לניסוי מדעי, אשר תוצאותיו אמורות להיות זהות בכל מקום וזמן אם יתבצע תחת אותם תנאים, כך גם אמיתות פילוסופיות או מדעיות טהורות, הן נחלת הכלל, בכל אומה. "שמע האמת ממי שאמרהּ" (שמונה פרקים לרמב"ם, פתיחה), כל אמת באשר היא אמת, ולא משנה מיהו שאמר אותה. המדע, הפילוסופיה ומדעי הרוח והחברה, כפי שהם מתקיימים היום בכנסים, בכתבי־עת ובמוסדות בינלאומיים, הם מעוז גדול של אוניברסליות זו. על כן, יחידים העוסקים בתחומים אלו – מדענים, פילוסופים, הוגי דעות ואנשי אמונה, כאשר מזקקים את המושג הראשי באמונה, את המקור האלוהי – מוצאים שפה משותפת החוצה גבולות של עמים ותרבויות.

עוד מין שני יש, שבעצם הדברים הִנם כל־כך כלליים, עד שאין הפרש באיזה שפה ולשון ומאיזה בן אומה שיאמרו, ומכל־מקום הם סמוכים לרגשי לב ולהשפעות מעשיות באופן קרוב, עד שהם משתנים מצד הסגנון שלהם לפי תוכנהּ של כל אומה, לפי דרכיה ומחשבותיה. המין השני של המחשבות הוא זה שבו התוכן המהותי הוא כללי ואוניברסלי, אך הסגנון – כלומר, צורת הביטוי של הדברים, היישום והמימוש המעשי – הוא ייחודי ומשתנה בתרבות כל אומה. על כן הדברים הללו הם צריכים להיות מיוחדים לישראל, שלא לערבב את הסגנון המיוחד הטהור שלנו בסגנון זר "דלא ליערב צולמיה בצולמא דארמאה".[131] חלק זה מקביל לתחום 'התבונה המעשית' של קאנט, או במונח העתיק – לאתיקה, תורת המידות. ערכי היסוד המוסריים, אם נזקק אותם מכל הקשר חברתי, היסטורי ולשוני, הם אכן משותפים לכל בני־האדם. מושגים כמו טוב ורע, למשל ביחס לרצח או גניבה, זוכים להסכמה כללית. אולם, הסגנון כאן אינו עניין אסתטי בלבד, אלא תפיסת עולם שלמה. הוא קובע את סדר העדיפויות בין הערכים, את הגדרתם המדויקת ואת יישומם המעשי, המשפטי והחברתי. למשל, בעוד כל התרבויות שוללות רצח, ישנן תרבויות שבהן הריגת אדם על רקע 'כבוד המשפחה' נחשבת למעשה ראוי וחיובי, כאשר בתרבויות אחרות היא נתפסת כפשע נתעב. גם מושג ההגנה העצמית, המקובל כמעט בכל מקום, זוכה לפרשנויות שונות בתכלית: בתרבות האמריקאית, כניסה של אדם זר לשטח פרטי יכולה להצדיק שימוש בכוח קטלני נגדו, בעוד שבמשפט באירופה ובישראל נדרשת נקיטת אמצעי מידתי – כמו פגיעה ברגליו של הפולש, לפני נטילת חיי אדם.[132] כך גם ערך הצניעות: הוא מוסכם על הכול, אך האופן שייחשב להתנהגות צנועה משתנה באופן קוטבי בין חברות שונות. הסגנון, אם כן, הוא המערכת התרבותית המעניקה לתוכן האוניברסלי את צורתו המעשית והייחודית.

בספרות האנתרופולוגית מתואר חוקר תרבויות, שבאחד ממסעותיו הגיע לאי מרוחק באוקיינוס השקט, שם שמע מפה לאוזן כי השבט המקומי, על אף האיסור החוקי הרשמי, עודנו מקיים בסתר מנהגים קניבליים. סקרנותו גברה בו, והוא ביקש להבין את התופעה לא דרך עיניים מערביות שיפוטיות, אלא מתוך ניסיון להקשיב לקולם של בני המקום בעצמם. בזהירות רבה, ותוך הבטחה לשמור על דיסקרטיות, הוא הצליח לשוחח עם זקני השבט. השיחה, שהתנהלה כולה ברובד התיאורטי, הובילה לשאלה שהפנו אליו הזקנים: "ספר לנו, מה אתם עושים עם מתיכם?". החוקר השיב בפשטות: "אנו קוברים אותם באדמה". תגובתם של הזקנים הייתה תדהמה וזעזוע מוסרי עמוק. "אתם קוברים אותם?!", שאלו בפליאה שהפכה לחרדה, "אתם לוקחים אדם, יצור נכבד, ומטילים אותו לתוך בור באדמה, למאכל תולעים וריקבון? איזה ביזיון! איזו חרפה!". מנקודת מבטם, מעשה הקבורה נתפס כשיא הברבריות, כביטוי מחריד של זלזול בכבודו של האדם, נזר הבריאה. ואז, כדי להסביר את דרכם שלהם, הם הוסיפו: "אנחנו, לעומת זאת, לפחות אוכלים אותו". ברגע ההוא חווה החוקר הארה. הוא הבין לראשונה כי המנהג, שבעיניו ובעיני עולמו נחשב לטאבו מוחלט ולשיא החייתיוּת, נבע למעשה ממניע מוסרי עמוק. זה לא ביטוי של פראות או היעדר מצפן מוסרי, אלא בדיוק להפך: זו הייתה דרכם הייחודית והקיצונית לחלוק כבוד אחרון לאדם. באכילת בשרו, הם האמינו כי הם מבטיחים את המשכיותו בתוך הקהילה, מעניקים לו חיי נצח סמליים בתוך גופם של אוהביו, ומונעים ממנו את הגורל המשפיל של הִתְכָּלוּת והישכחות באדמה הקרה.

הסיפור ממחיש באופן חד את מהותה של הקטגוריה השנייה: העיקרון המוסרי של כבוד המת, הוא אכן תוכן אוניברסלי. אך הסגנון, היישום המעשי של אותו עיקרון – הוא תלוי תרבות באופן מוחלט. הוא נובע מאופי, טעם וגישה נפשית קולקטיביים, שהם כה שונים משלנו עד שהם הופכים את המעשה המכבד שלנו למעשה בזוי בעיניהם, ואת המעשה המתועב בעינינו למעשה של קדושה וכבוד בעיניהם. זהו שיעור בענווה תרבותית, המלמד כי בתחום המוסר, הגבול בין התוכן הכללי לסגנון הייחודי הוא אזור מורכב, שלעיתים מציב בפנינו מראה מעוותת אך מאירת עיניים.

ולפעמים ימצאו גבורי־חיל חכמי־לב שידעו לסנן ולזכך את התוכן הפנימי, השווה בעצם, להביאו יפה בסגנון הישראלי המיוחד והטהור, ואז יהיה לברכה, כאותה הברכה שבאה בכללות על ישראל מהגֵּרים המעולים: "שכשישראל עושין רצונו של מקום, הקב"ה רואה איזה צדיק יש באומות העולם כגון יתרו ורחב, מביאו ומדבקו בישראל".[133] קיימת אפשרות שחכמים בעלי שיעור קומה יוכלו לזקק את התוכן האוניברסלי הטוב מתוך סגנון זר, ולצקת אותו מחדש אל תוך הכלים והסגנון של התרבות הישראלית. פעולה כזו אינה ערבוב פוגם אלא העשרה המביאה ברכה, כמו הצטרפותם של צדיקים מאומות העולם לישראל על־ידי גיור – כגון יתרו ורחב, שחז"ל אומרים שהתגיירו (זבחים קטז, א; מגילה יד, ב).

ויש גם־כן מין שלישי של מחשבות של אמת ושל קדושה שהן מיוחדות דווקא לישראל, לא רק מצד הסגנון כי־אם מצד התוכן והפנים, ומי שבא לערב בדברים הללו נטיעים של חוץ הרי הוא מערבב ופוגם. לאלה לא יועיל שום שינוי צורה, ושום ייפוי סגנון, מצדן הננו: "עָם לְבָדָד יִשְׁכֹּן וּבַגּוֹיִם לֹא יִתְחַשָּׁב" (במדבר כג, ט). החלק השלישי הוא הייחודי לחלוטין, הן בתוכנו והן בסגנונו. הוא מקביל ל'ביקורת כוח השיפוט' של קאנט, תחום האסתטיקה. בתחום זה, תוכנם המהותי של הדברים וצורתם המעשית, הם אחד. כשם ש"על טעם וריח אין להתווכח", כך גם דברים אלה הם ייחודיים לישראל ואין בהם מקום לשיתוף עם אחרים. בהם ישנה ייחודיות מוחלטת, שאינה ניתנת לתרגום או להעברה בין תרבויות. "כשם שפרצופיהם שונים, כך דעותיהם שונות" (ע"פ במדבר רבה כא, ב) – השוני בפרצופים אינו אנטומי או מוסרי, אלא צורני; כך גם יש תפיסות שהן ייחודיות ואינן ניתנות לוויכוח. תחום זה בא לידי ביטוי מובהק במצוות שבין אדם למקום, ובמיוחד באלו המוגדרות כ'חוקים' ו'גזירות', כמו דיני הקורבנות, פרטי הלכות תפילין, הכשרות, השחיטה וכדומה. אלו הם עניינים המאפיינים את האומה הישראלית באופן בלעדי ונובעים מקדושתה הייחודית, ואין בהם מקום לאומות אחרות. בדומה להבדלים בין השפות – איננו יודעים מדוע בכל שפה נוקטים בצלילים שונים עבור אותו מושג, כך גם המאפיינים העמוקים הללו הם חלק בלתי נפרד מזהותה של האומה, בלי שיהיה לכך הסבר מובן.

התנ"ך, התורה שבכתב, התקבל על־ידי מיליארדי אנשים בעולם; אך התורה שבעל־פה – הפרשנות, רוח האומה – נותרה ייחודית לישראל. היא "המסתורין של ישראל" (ע"פ תנחומא כי־תשא לד). "עָם לְבָדָד יִשְׁכֹּן וּבַגּוֹיִם לֹא יִתְחַשָּׁב", החשיבה היהודית שמתגלה בתורה שבעל־פה אינה כשל הגויים. המפעל ההלכתי האדיר, שהיה עיקר עיסוקם של גדולי הרוח היהודיים לאורך הדורות, הוא תופעה שאין לה אח ורע בתרבויות אחרות. זהו האופי הלאומי. אופן הסקת המסקנות, דרכי הלימוד וההיגיון הפנימי של עולם ההלכה הם יצירה ישראלית ייחודית.

כמו שלא ניתן להפריד בין גוף לנשמה באדם חי, כך לא ניתן להפריד בין הרוח היהודית להוויה היהודית המעשית. כשם שכל יצירת אמנות – ציור, לחן או שיר – היא ייחודית, חד־פעמית ובלתי ניתנת להחלפה, כך גם כל מצווה וכל פסק הלכה. ערכה של יצירת אמנות אינו מתמצה בערכים או ברעיונות שניתן ללמוד ממנה. גם אם נלמד מציור מהו יופי, או משיר מהי אהבה, לעולם לא נוכל לזנוח את היצירה עצמה, שכן היא המקור החי והנובע. וכל ניסיון "לתקן" יצירת אמנות, להוסיף לה צבע או לחתוך ממנה חלק, הוא חילול הקודש, הרס של מהותה. באופן דומה, טעמי המצוות, חשובים ככל שיהיו, אינם ממצים את ערכה של המצווה. גם אם למדנו היטב טעמים שונים ועמוקים למצווה, לא ניתן לוותר על המעשה, והמעשה לעולם יישאר ייחודי למי שצווה עליו. יש זיקה מיוחדת בין ישראל לתורה ולמצוות, שלא קיימת אצל אומות העולם. התורה אוסרת להוסיף על המצוות או לגרוע מהן: "אֵת כָּל הַדָּבָר אֲשֶׁר אָנֹכִי מְצַוֶּה אֶתְכֶם אֹתוֹ תִשְׁמְרוּ לַעֲשׂוֹת לֹא תֹסֵף עָלָיו וְלֹא תִגְרַע מִמֶּנּוּ" (דברים יג, א). מערכת המצוות והתורה שבעל־פה המפרטת אותה, על דקדוקיה ופרטיה, היא כיצירת אמנות כבירה, ממקור אלוהי ופרשנות לאומית, וההתעמקות בכל פרט אינה התעקשות חסרת פשר, אלא שימת לב הדומה לזו של אמן לכל קו וצבע ביצירתו.

היצירה היהודית בתורה ובמצוות אינה קפואה וסטטית. היא מתחדשת בכל רגע ובכל אדם.[134] גדולי המקובלים דיברו על הכוונות והייחודים שיש לכוון בעשיית המצווה, על ההתייחדות עם המעשה. כל תפילה, אף שהיא מורכבת מאותן מילים, היא יצירה חדשה. ר' חיים מוולוז'ין, בספרו 'נפש החיים', כותב כי אין תפילה אחת דומה לחברתה, ובכל תפילה האדם עושה במילותיו תיקונים חדשים בעולמות העליונים (נפה"ח ש"ב פי"ג). שכן האדם – במחשבותיו, הרגשותיו, תקוותיו ואכזבותיו – משתנה מתפילה לתפילה, ומעניק לה משמעות ייחודית וחד־פעמית בכל פעם מחדש. דינמיות זו היא המאפשרת לאדם הפרטי להתאחד עם היצירה הלאומית הגדולה ולהיות שותף פעיל בה.

אמנם הֶרגל גדול, בקיאות מיוחדת, וחריפות מורגלת, צריכה היא המחשבה עד שתוכל לבקר בבירור בין אלה החלקים, שלא להחליף מין בשאינו מינו. על כן נמצא בין גדולי הדורות אחרים משתמשים מכל הבא לידם מטובי חכמי האומות, אפילו בדברים היותר נשגבים, ואחרים בורחים מזה לגמרי, ואחרים שעומדים בתווך, נוטים לכאן ולכאן, מקרבים בימין ומרחקים בשמאל, וישנם גם כן להיפך, שזה הכל תלוי באותו החלק שהעניינים הנדברים מגיעים לשם. הקושי הגדול הוא היכולת להבחין בין שלושת החלקים הללו. וחוסר היכולת לשרטט את הגבולות המדויקים הוא המקור לחילוקי הדעות הרבים שמצאנו לאורך הדורות ביחס לשאלת ההשפעות הזרות. יש שקיבלו הכול, יש שדחו הכול, ויש שהלכו בדרך ביניים. והרגש הקדוש הפנימי מנחה את קדושי הרעיון למטרה היותר טובה, "עֵין ד' אֶל יְרֵאָיו" (תהלים לג, יח), ו"תֻּמַּת יְשָׁרִים תַּנְחֵם" (משלי יא, ג). הרב קוק רומז כי אין תשובה אחת פשוטה, ולצד ההרגל, הבקיאות והחריפות, נדרש גם הרגש הקדוש הפנימי, מעין אינטואיציה רוחנית עמוקה – כדי שהיא תנחה את גדולי הרוח כיצד לנווט במים סוערים אלו.

ניתן להחיל חלוקה משולשת זו לא רק על תרבויות לאומיות, אלא במידה מסוימת גם על קהילות קטנות יותר. עם זאת, ההבדל המהותי הוא שתרבויות לאומיות הן יציבות ובעלות המשכיות היסטורית של דורי דורות, בעוד קהילות הן לרוב תופעה זמנית יותר. כמו כן, חלוקה זו תקפה גם ביחס לכל אדם פרטי: עולמו הרוחני והערכי בנוי אף הוא משלושת הרבדים הללו, המאפשרים לו למצוא קשרים עם הזולת מבלי לאבד את ייחודיותו. כשם שלכל אדם טביעת אצבע ייחודית, ואפילו לתאומים זהים יש טביעת אצבע שונה – כך יש בכל אדם צד אסתטי־אישי שאינו ניתן להעברה, ולצידו גם צדדים מוסריים ושכליים המאפשרים שותפות בדרגות שונות.

חשוב להדגיש, כפי שעולה מדברי הרב קוק, שכל שלושת התחומים הם חלק מהיהדות. גם המחשבות הגדולות האוניברסליות הן "שלנו", לא פחות מהתחום הייחודי. הבנה זו חשובה במיוחד בעת התחייה הלאומית, כאשר האומה היהודית חוזרת להיסטוריה ונדרשת להערכה מחודשת של יחסיה עם עולם התרבות והרוח הכללי.