כעת מגיע הרב קוק לנקודה העיקרית באבחון שורש המשבר שבדור: המחלה הנוראה של הדור אין מקומה העיקרי לא בלב, לא ברגש, לא בתאווה והפקרות, לא בידיים פועלות אָוֶן ולא ברגליים אצות לרעה, אף־על־פי שכל אלה חולים ונכאבים הִנָּם. בניגוד לדרשנים ולמוכיחים שהתמקדו בבעיות של הימשכות אחר תאווה, הפקרות או מעשים רעים – תופעות שהיו קיימות תמיד, וניתן היה לטפל בהן בשפה המורגלת של תוכחה; הרב קוק קובע שהבעיה העיקרית של הדור החדש אינה שם. אמנם, גם הרגש, התאווה והמעשים חולים ונכאבים הִנָּם, אך הם רק סימפטומים, לא השורש. הטיפול בהם בלבד הוא כמו טיפול בחולה על־ידי משכך כאבים, מבלי לטפל בשורש הבעיה.

אבל יסודה של המחלה הוא המוח, – כוח המחשבה. הפגיעה העיקרית היא בתפיסת העולם, בהבנת היסודות, בראש פסגת המחשבה, החובקת את הכל, במחשבה על אלוהים,[34] ומתוך כך במחשבות על התורה ועל כל יתר המציאות, מסתתרת מחלה עזה שהיא עמוקה מכל שפה מורגלת, ובשבילה לא יבין איש שפת רעהו, מחלה זו היא הגורמת לנתק התקשורתי שבין האבות לבנים. התערערות הבסיס המחשבתי יוצרת התפרצות של בעיות בכל שאר התחומים. הפגיעה היא בהבנת המחויבות והנאמנות לתורה – כל מה שהחזיק את העם היהודי בתנאים בלתי אפשריים בשנות הגלות הארוכות. פתאום מחויבות זו עומדת בסימן שאלה. בעידן המודרני, עצם רעיון האמונה באלוהים עומד בפני ביקורת אינטלקטואלית כוללת ויסודית. היהדות, שהייתה בעצמה תנועה מהפכנית וביקורתית כלפי האלילות, הפכה מושא לביקורת פילוסופית ותאולוגית. תופעה זו הופיעה באופן בולט על־ידי הפילוסוף היהודי ברוך שְׂפִּינוֹזָה,[35] שביקר את מושג ההתגלות ואת כתבי הקודש, והציע אלטרנטיבה פילוסופית – מבלי להמיר את דתו לנצרות. הוא נעשה לדגם של היהודי החילוני המודרני, שאינו שומר תורה ומצוות, אך גם לא מתנצר או מתאסלם. הפולמוס שהיה בגרמניה סביב משנתו, בו השתתפו הוגים ידועים כמשה מנדלסון ופרידריך יעקובי, וחלחל אל הגותם של פיכטֶה, הֶגֶל ושֶלינְג, הֶחְיָה את השפעתו, שהדהדה בתפיסות העולם החדשות. דברים אלו השפיעו באופן עמוק על תפיסת המציאות של הדור החדש, והיוו גורם מכונן במשבר החילון. הרב קוק רואה בביקורת הזו ובניתוק שהיא יצרה, "מחלה", קלקול שיש לרפא. וכל המקרים הצדדיים, עזיבת התורה, הנטייה להפקרות והנתק בין האבות לבנים, שמים הם נוספות להגדיל את ההתרחבות של החולי האנוש, – כל אלה הם רק תוספות, חיזוקים, שמשפיעים על התרחבות המחלה, ואינם יסודה. ועינינו רואות וכלות. כלשון הפסוק שבפרשת התוכחה: "בָּנֶיךָ וּבְנֹתֶיךָ נְתֻנִים לְעַם אַחֵר וְעֵינֶיךָ רֹאוֹת וְכָלוֹת אֲלֵיהֶם כָּל הַיּוֹם וְאֵין לְאֵל יָדֶךָ" (דברים כח, לב), בשל תחושת חוסר האונים אל מול הפגיעה העמוקה בתפיסת המציאות, שאין לה פיתרון כמו שנפתרו מקרים אחרים של חוסר נאמנות לתורה במהלך ההיסטוריה.

גם מבלי חקור הרבה הננו רואים, שהסיבה לכל מכאובי הדור היא רק המחשבה. זו אמירה מהפכנית – היא מכוונת אותנו לנתח את מצוקת הדור לא דרך מה שהוא עושה, אלא דרך מה שהוא חושב. ואף שרוב האנשים אינם פועלים דווקא מתוך בחינה מעמיקה של כל עניין, זאת משום שההמון הרב אמנם הוא נמשך אל הזרם על־ידי התגעשות של מהומה, נסחף אחר הזרם הסואן והקוצף של התרבות, על־ידי הסמיכה על איזה אבטוריטטים שלו ועל־ידי קלות הדעת. מבלי להעמיק, בקלות דעת של חוסר ביקורת ההמון סומך על אוטוריטות, על מי שנתפס בעיניו כבעל סמכות בגלל רוחב דעתו וחכמתו (אף אם הוא רק נראה כך). ואצל אותן אוטוריטות, הוגי הדעות הגדולים, יש פגם במחשבה. יחד עם זאת, גם בהמון ניכרת אותה נקודת חתירה לאמת, דחף פנימי לתיקונים כלליים, גם אם הוא מעורבב בתאוות פשוטות. אבל הסיבה הפנימית שמסבבת כל אלה היא התנועה המחשבית הכוללת, תנועת ההשכלה, שמצאה מקום במוחם של הכוחות הפועלים, ולא הנפעלים – כמו ההמון; העילית האינטלקטואלית, הוגי הדעות. בעידן החדש, העילית המובילה אינה עוד העילית הצבאית או הכלכלית כפי שהייתה בעבר, אלא העילית האינטלקטואלית. היא בעלת הכוח להניע מהפכות – באמצעות רעיונות שנאמרים להמון ומופצים באופנים שונים. על־ידי מה שבאה תנועת ההשכלה, לבקש חשבון על כל האוצר של הרגש שהיה להם מאז בלבבם, על־ידי ההרגל, החינוך והמורָשָה ברב או במעט, תנועת ההשכלה דרשה לבחון ולבקר את המסורת שהייתה בעלת ערך רגשי רב, שעברה מכוח האינרציה מדור לדור, מתוך הרגל וחינוך, אך לא נבחנה דיה מבחינה אינטלקטואלית, ועל כן – ולא מצאה ידם להעמידו על בירורו מכל צדדיו. לא הצליחו להבינה כראוי. בני הדור החדש לא מצליחים לברר את הדברים עד הסוף. כלי ההבנה שלהם אינם שלמים, והם מגיעים רק לכדי בלבול וריק.

הם דומים שמצאו רק צדדים כהים, של רגש בלא דעת, של פחדנות ומורך בלא אומץ לב וגבורת החיים. בבחינתם את המורשת, הם חשים שמצאו רק הסברים עמומים ולא מובנים, שאינם מאירים את חייהם; המסורת נתגלתה להם כמבוססת על הֶרְגלים ורגש בלבד, ללא הבנה שכלית, ופחדנות המונעת ביקורת עצמית אמיתית והתמודדות עם אתגרי החיים. ויחם לבבם בקרבם. הם פירשו את הזהירות והשמרנות של הדור הקודם כפחד מהאמת, כחשש משינוי שעלול לערער את כל עולמם, ודבר זה הצית בהם כעס. נוצרה תחושה שכיזבו בהם, שמסרו להם דברים שאינם אמת. ומתוך שלא מצאו דרך סלולה איך להאיר באור הדעת על הרגש המשומר מימים היותר עתיקים, וגם היותר טובים לאומתנו, אז, בימי הזוהר של המקדש והמלכות, היה רגש עמוק של כבוד וחיבה למסורת ישראל, לתורה ולמצוות – מתוך הבנה של יקרת הדברים, של משמעותם הנשגבה. אולם כיום ההבנה אבדה, וממילא גם מה שנשאר מאותו רגש שנשתמר במסורת הדורות, הוא קלוש, ואין בבני הדור החדש כוח לרומם את כל נקודותיו הפרטיות של הרגש עד נקודת הגובה של השכל המתנשא, המתעלה ממעל לעשייה שמכוח האינרציה, שמחפש לחקור ולהבין את האמונה בכלל תופעות המציאות, ולא להישאר בשפל של חוסר הבנה, החופשׂ, מחפש וחוקר נתיבות עולם, החפץ לסול לו את ארחו, לסלול דרך, במדע החיים, העומדת, המדע, שבלועזית הוא בלשון נקבה (או שמדובר על נקודת הגובה של השכל המתנשא), למעלה אפילו מן הרוממות המטפיסית. במסורת ישראל, כתפיסה פילוסופית תאולוגית, יש רוממות מטפיסית: היהדות מכריזה על אלוהים אחד, שהוא מופשט מכל ביטוי גשמי ומוחשי. אף תיאור או ציור שנובעים מן החושים לא יכולים לתאר את האלוהים. זוהי מטפיזיקה בגדולתה – מה שמעבר לפיזיקה, לקיום המוחשי, לחיים הגלויים. אולם הדור החדש לא מעוניין בה. הדור החדש רוצה להבין את כל תופעות המציאות דווקא; להבין את מה שמצוי וגלוי. תנועת ההשכלה נתנה תחושה לאדם שהכול בידיו, שהוא רק צריך לחקור ולהעמיק מספיק, וכבר יוכל לגלות את כל רזי הקיום. בהשפעתה, הדור החדש רוצה להבין את החיים הגלויים, כפי שמתיימר ומצליח באופן מרשים המדע המודרני. שפינוזה יצא נגד המטפיזיקה שהציגה אלוהים פרסונלי. אלוהים מבחינתו הוא הטבע – ולא מעבר לו. זוהי סתירה לתפיסה מטפיזית טרנסצנדנטית.

על־כן פנה לו, הדור החדש, המאוכזב מן המטפיזיקה של מסורת ישראל, אל הזלזול והשלילה, זלזול במה שהמסורת מביאה ושלילת היסודות האמוניים. מכאב לב ומנפש מרה, ולא מתוך רוע לב או תאוותנות, כפי שנתפסו באופן שטחי ולא נכון, ומאפס תוכן לחיים, שכן הם לא מצאו משמעות מאירה ועמוקה במסורת ישראל, נספחו רבים ללוחמים במפלגות כאלה, תנועות חברתיות שונות, כמו הסוציאליזם והקומוניזם, שלא יכירם שם מקומם כלל, יש בהן ניכור וזרות לעצמיותם של בני הדור החדש שהצטרפו אליהן, ומוסרים את חילם לזרים. את כוחם הרוחני, האינטלקטואלי והרגשי הם לא מקדישים לעמם ולא לתרבותם, אלא לאידאולוגיות זרות.