בפרק זה מתייחס הרב לבעיה שהוחרפה מאוד בימיו – התנגשות ההשכלה ולימוד התורה. נדמה היה אז, שהאיבה חייבת להסתיים בניצחון אחד הצדדים. היו מנהיגים רוחניים שאמרו שאין לנו אלא התורה הזאת, וממנה אפשר ללמוד כל מה שצריך. היא תורה את הדרך בבניין אורחות המוסר והמנהג. לעומתם, אנשי ההשכלה טענו שהאדם יכול להתפתח מתוכו: שכלו וחכמתו מספיקים כיוון שהם מהווים עולם מלא ושלם. בעיניהם גם התורה היא הישג של בני אדם שהיו החכמים ביותר בימיהם וטענו שמקורה מן השמים רק כדי לשכנע אחרים לקבל את מסקנות חכמתם. המלחמה הזאת מתפרשת בפרק זה כהופעה של שני צדדים שכליים באדם. מצד אחד השכל הנאצל העליון, בצורת הופעת קודש. הוא נקרא נאצל כי התורה הניתנת היא נאצלת מלמעלה. תורה היא לא רק מילים כתובות אלא הגיון, ערכים והדרכות, שהם מושכלות נאצלות. לכן, היא כולה קדושה נבדלת לגבי האדם – היא לא באה מתוכו, אלא מחוץ לו, היא לא אנושית אלא אלוקית. מצד שני, השכל הטבעי זהו האדם מצד מחשבותיו, שאיפותיו, תחושותיו ומודעותו. על בסיסו בונה האדם את תרבותו והישגיו האנושיים.
במקומות אחרים מציין הרב במפורש שתפישת הגלות היתה שבחורבן הגוף בניין השכל – ככל שהגוף דורש פחות תשומת לב, כך יכול האדם להיות יותר רוחני, וכן להיפך. הרב קורא לתפישה זו "קדושה מחרבת" (עי' אוה"ק ב, הקודש הכללי כא) וטוען שהיא מאפיינת את הגלות, כי העם בוחר בקיום רוחני מבלי להיזקק מיידית למולדת ובניין לאומי כמסגרות פוליטיות. אך היכולת להתקיים בגוף חלש ומדולדל, שבו באה לידי ביטוי רק הנשמה, רק חזיונות העתיד, איננו מצב טבעי ולכן לא יוכל להתמיד. יש למצב זה ערך מסוים, ערך חינוכי והתפתחותי אבל זהו רק מצב ביניים. המצב השלם הוא נפש בריאה בגוף בריא. לכן לדעת הרב, המאבק בין הצדדים אינו מוצדק. יתרה מזו, אפילו דו-קיום בשלום של אחד לצד השני אינו המצב הטוב. אדרבה, לדעתו האחד זקוק לאחר: כשם שלא ניתנה התורה אל תוך חלל ריק אלא למשה, האיש הדגול, בעל השכל הטבעי וניסיון רב-שנים הן בארמון פרעה והן בנדודי מדבר, כך הוא, עם כל ניסיונו ועוצמת אישיותו ביקש וקיבל תורה מן השמים, מפי הגבורה. משה הוא נציג וסמל של כלל ישראל, שבע הסבל ורב הניסיון שדווקא לאחר שמיצו את כל האפשרויות הטבעיות, זעקו אל ה' לגאולתם.
כשם שאין השכל הטבעי יכול למלא את מדת הכח הגופני, להיות במקום הכוח הגופני או מקורו הבלעדי, כ"א האדם צריך להתאמץ שיהיה מלא כח חיים ואומץ גופני, על ידי התעמלות וחיזוק השרירים בעצמם, כדי שיוכל השכל לחול עליו בכל תגבורת ערכיו, שיוכל השכל להגשים במציאות את כל שאיפותיו ולעצב אותה בהתאם לערכיו האידיאליים המצטיירים במחשבה. על פי הכלל של מכירי הטבע, נפש בריאה בגוף בריא, כמו כן אין השכל הנאצל העליון, בצורת הופעת קודש, יכול למלא את המקום של השכל הטבעי, שהוא נערך לגבה ממש כגוף לגבי נשמה.
כאן מפתח הרב את הסוגיה של אורות וכלים. זו סוגיה עמוקה ורחבה שנידונה בספרות הקבלה. הכלי, המסגרת, יש לו ערך עצום בהתגלות האור ובמימושו. אם הכלי לא מסוגל לשאת את האור, הכלי נשבר וכמובן אין בכך טובה, לא לכלי ולא לאור ולייעודו. ניצוצות האור מתפזרים אל שברי הכלים ולפנינו גלות השכינה והעם. לעומת זאת, אם הכלי הוא חזק דיו להכיל את האור, הרי זוהי שלמות ההויה וחזרת השכינה למקומה. אנו למדים שכשם שהגוף הוא כלי לשכל, כך גם בשכל עצמו ישנה הדרגה: השכל הטבעי המתמלא מתוך הניסיון של שיתוף פעולה רחב עם הגוף והעולם החומרי בכללו, הוא כלי להופעת הקודש, כדי שזאת תאחז בכמה שיותר צדדים של ההויה, תאיר אותם ותוליך אותם בדרך ההתעלות והקרבה אל הקודש.
ולעולם צריך אדם למלא את המדה השכלית של השכל הטבעי בכל תכונותיו, צריך לפתח את השכל הטבעי בכל נטיותיו, מקצועותיו והגיונותיו במלואו ובכך למצות את כל מידתו. אל לו לאדם להסתפק במועט אלא לממש את כל מידת הכישרון המולדת שלו. הרב משתמש כאן במושג 'מידה' שאנו פוגשים בו בדרך כלל בספרות המוסר היהודית. כשם שבתחום המוסר יש לפתח את המידות הטובות במלוא עוצמתן האפשרית, כך ראוי ומוסרי לנהוג ביחס לשכל הטבעי. כדי שיתקיים, במדתו הרוחנית גם כן, התוכן של נפש בריאה בגוף בריא, התוכן הזה במקורו הוא מוסרי טבעי, כיוון שהוא מחיל את הערכים והשאיפות פרי השכל הטבעי על הגוף והטבע החומרי, ובכך מייפה ומיטיב את המציאות. התוכן הזה, במדתו הרוחנית, מתבטא בהרחבת השפעת הקודש על עולם המחשבות, השאיפות והערכים, והעמקתו אל עולם המעשים והחפצים החומריים. כלומר רוח הקודש, מאירה ומפותחה, בהקבלה לכלל "נפש בריאה בגוף בריא", הרי "בריאה" ביחס לרוח הקודש פירושה – מאירה ומפותחה. מאירה – מפזרת את חשכת העתיד ואת ערפל הקיום ההווי ומביאה לאדם חזון ומשמעות. ומפותחה – מציירת לנגד עיני רוחו של האדם את הערכים והדרכים, ההליכות וההלכות של קיום החזון והעצמת המשמעות. במסגרת של שכל, נאור צלול ובהיר, הרב משתמש במילה נאור כמו שהשתמשו בה בתקופת ההשכלה. האידאולוגים של ההשכלה סברו שמקור האור מצוי בהויה ושׂוּמה על האדם הראוי להתקרב ככל האפשר אל המקור, לקלוט את האור ולעבד אותו למושגים וערכים. כך שכלו יהיה נאור. לעומת זאת, דעתו של הרב שהמאור הגדול מצוי ברוח הקודש שהוא למעלה מן ההווה, אך כדי להתקרב ולקלוט את האור הזה, יש לעשות את פעולת ההכנה שהמשכילים ראו בה תכלית הכל – רכישת השכלה בכלים הקיימים, אף שהם שבורים בהשוואה לשלמות הקודש, זהו שכל נאור. רק שכל נאור במובן המשכילי מוכן ומסוגל להתקרב אל מקור האור העליון, וכאשר מצטרפת אליו השאיפה אל הקודש אז יוכל להאיר על ידו את כל פינות המציאות, ללבות על ידו את כל ניצוצי האור הפזורים בשברי הכלים ולהעלותם מחדש אל האבוקה. צלול – שכל המכיר אף את ממדי העומק שבמציאות למרות הצל המחשיך והכבד, כגון היחס אל התחושות המיסטיות, ובהיר – שיודע ללבן, לדייק ולהבחין כל מושג וכל ערך, גם העמוקים וגם הגבוהים, גם השגרתיים וגם הנדירים והמסתוריים. בהירות מביאה לידי הכרת גבולות ההכרה והתבונה וניסוח מושגים שאינם חורגים מגבולות אלה אך ממלאים היטב את צורך התבונה ושאיפתה. מרווה, הרב משתמש במושג המציין בדרך כלל התייחסות למים ופעולתם. ייתכן והדבר רומז לתפישת המציאות כשטף של מים, נהר או ים, כלומר מבליט בעיקר את היסוד הדינמי, המשתנה והנזיל שבהוויה. שכלו של האדם מוצג כאן כשותה לרוויה מכל החזיונות האפשריים להכנס בחוג מבטו של האדם, הרשמים שחושי האדם מסוגלים לקלוט מן השטף העצום, עם כל עומק החידור שבהם, כאשר הרשמים החושיים הופכים לתופעות הכרתיות, מושגים וערכים. על בסיס תהליך חושי-הכרתי זה בנויים כל המדעים, האומנויות, הספרות, המוסר, עיון בנפש האדם, בחברה האנושית, בעבר ובהווה, ביקום כולו ובחלקיקיו הזעירים.
ומדתו של הקב"ה היא שלא כמידת בשר ודם, שכלי ריקן אינו מחזיק, וכלי מלא מחזיק, המילוי הוא הכלי בעצמו, כי יש סתירה מהותית בין המושג 'כלי' שהוא מציאות, לבין המושג 'ריקן' שהוא אי-מציאות. בתפישת האחדות היחס שבין האורות והכלים הוא יחס של דרגות באותה מהות עצמה, ולכן, ככל שהדרגה הנמוכה, הכלי, ממשית ומלאה יותר, כך היא יכולה להתחבר וליהנות מן הדרגה הגבוהה ממנה, האור, כי יש כאן התאחדות – "והיו לבשר אחד" (בראשית ב, כד). בעולמו של האדם נוצר הרושם המוטעה של שניות שהיא יסוד הריבוי המהותי. אין אנו מתעלמים מבעיה זו, אף ביחס לדברי תורה וקליטת רוח הקודש – "אחת דיבר אלוהים שתים זו שמעתי" (תהילים סב, יב). אך בו בזמן אנו מודעים למגבלה הזו של בשר ודם, ויודעים שאצל הקב"ה הכל אחד, ולכן גם בעולמנו כך, ועלינו להשתדל ולשאוף לצמצם ככל האפשר את הפער ולהתקרב אל חזון העתיד "מלאה הארץ דעה את ה' כמים לים מכסים" (ישעיהו יא, ט). שנאמר יהב חכמתא לחכימין ומנדעא לידעי בינה (דניאל ב, כא), ובלב כל חכם לב נתתי חכמה (שמות לא, ו).
