על מנת להשיג ידע אדם משתמש בשכלו, מעיין, מברר ומסיק מסקנות, ובכך הוא גם מאמץ דעה ומגבש תפיסות ורעיונות. אם ירחיב את אופקיו, יחכים ויוסיף דעת, תפיסותיו ישתנו ואולי אף יסתרו לחלוטין את מה שחשב בעבר. לא כן האמונה הפנימית, שאיננה נובעת מתוך העמקה ועיון שכלי – כמו אמונה חיצונית, הנרכשת בבירור שכלי, אלא מעומק הנפש, מיסוד האדם כנברא בצלם אלוהים. משום כך היא כל־כך גדולה מן השכל, שאינו יכול לעסוק אלא בהגדרות מוגבלות הניתנות להכרה אנושית פשוטה, ולא במה שמעל ומעבר לכך, כמו עצמיות הקשר עם המקור האלוהי הנעלה מכל הגדרה אנושית.
עד כדי כך גדולה האמונה הפנימית מן השכל, שמי שאינו בעל שכל חופשי באמת, מתדמה לו שהיא הפך מהשכל, מנוגדת לו, משוללת כל היגיון. בעיה זו מעמיד הרמב"ם בפתיחת ספרו 'מורה נבוכים', כאשר הוא מתאר אנשי אמונה יראים ושלמים, שהם רחבי אופקים, כמו מדענים ופילוסופים שהעמיקו בהשכלתם ופיתחו את שִכלם – השרויים במבוכה קשה, שכן עקרונות מן האמונה, פסוקים או מצוות שונות אינם מתיישבים עם השכלתם הכללית ועומק דעתם. מבוכה זו מותירה בפניהם שתי ברירות – להתנכר להשכלה שרכשו ולהיגיון הבריא, או להתנכר לאמונה ולמסורת שאינן תואמות את השכל. אולם באמת הדברים לא סותרים זה את זה, שכן האמונה והשכל עוסקים בתחומים שונים שאינם חופפים, כך שהם דווקא משלימים זה את זה וצריכים זה לזה; מחשבה הרואה סתירה בין השכל לאמונה, קיימת רק אצל מי שאינו בעל שכל חופשי באמת – שאינו יודע לבקר את שכלו ולהכיר במגבלותיו, ועל כן חושב שהוא יכול להשיג בשכלו גם את מושא האמונה. ספר מרכזי שכתב אחד מגדולי הפילוסופים בעת החדשה, עמנואל קַאנט,[61] נקרא: 'ביקורת התבונה הטהורה', או כפי שתרגמו בתקופת חייו של הרב קוק: 'השכל הנקי'. השכל צריך להיות טהור ונקי בכך שיכיר במגבלותיו, שיש עניינים שאינו יכול להשיג. אין לבטל את חשיבות השכל ולחדול מעיון ובירור, אך הבירור השכלי צריך להיות מתוך הכרה בכך שתמיד ישנם תחומים שנותרים מעבר ליכולת השגתו. הכרה זו יכולה להיות רק כאשר האדם חופשי במחשבתו, אינו כפוף לתבניות חשיבה חיצוניות שנקבעו עבורו או שהוא קבע לעצמו, שכן ביקורת עצמית נובעת רק מתוך חופש. אדם חופשי שואף להשיג יותר ממה שיש לו, ועל כן הוא בוחן תמיד את גבולותיו מתוך רצון להרחיב אותם יותר ויותר.
בעל שכל חופשי באמת יוכל להכיל אמונה פנימית גדולה עם כל עוצמת השכל והביקורת, שכן בזכות מודעותו לגבולות השכל, יוכל לתת את המקום הראוי לאמונה, העוסקת במה שמעבר לגבולות שכלו. ואז בתחומים בהם השכל דווקא מסוגל להשיג – אדרבא, הוא ימצה את כל היכולת התבונית כדי להרחיב את אופקיו ולהבין יותר. מכאן ההבדל בין חופש להפקרות. הפקרות איננה מכירה כלל בגבולות ואיננה מחפשת דבר, ואילו החופש אינו מבטל את הגבולות אלא מכיר בגבולות רחבים יותר ויותר ומנצל את כל המרחב שעד הגבול. על כן החופש כולל בתוכו גם ביקורת ואחריות. שכל חופשי באמת לעולם אינו מתאבן, אלא תמיד מחפש עוד ועוד הגדרות ורבדים, תחומים ומשמעויות, עד שיגיע לגבול היכולת. כך גם ביחס לאלוהים: אדם בעל שכל חופשי מבין שיש גבול ליכולת השגתו והכרתו את העניין האלוהי, אך מנסה להבין כמה שיותר את מה שבתוך גבולות השגתו. באופן זה האמונה מהווה תשתית לחיפוש השכלי, מראה את הכיוון להתקדם עוד ועוד בחיפוש ולהרחיב את הגבולות כמה שניתן.
