לאמונה יש שורש טבעי בנפש, חוש הקיים אצל כל אדם כמו יתר החושים, רק שהוא זקוק לפיתוח ושכלול (ראו לעיל סעיפים א, ו, יא, כז). בכלל, עבודת האדם היא לזכך ולעדן את חושיו הטבעיים; חוש הטעם הוא מרכזי מאוד אצל תינוק קטן, שמכניס לפיו כל אובייקט מזדמן שבהישג ידו, ובמשך תהליך ההתבגרות התינוק מעדן את התנהגותו ומאמץ נימוסים ויכולת איפוק ביחס לאכילה. אלא שבאמונה הדבר מצריך יתר תשומת לב ומחשבה. אנו מערבים שיקול דעת, ערכים ואידאלים בחושינו הטבעיים, ובפרט בחוש האמונה, על מנת להביא אותו לביטוי נאות ככל האפשר. הרב קוק עוסק כאן באמונה באלוהים, אולם הדבר נכון גם לגבי כל נתינת אמון ומערכות יחסים עם עצמנו ועם סביבתנו – הן עוברות עידון, בירור והעשרה תדירית על ידי שיקול דעת וניסיון.
כשם שפיתוח האמונה קיים אצל האדם הפרטי, כך הוא מתקיים גם בתרבות האנושית בכללה, על ידי גדולי העולם, שרואים את העולם בגדולתו, בהיקף כולל, ולא רק את מקומם וזמנם. ועל כן הם גם מצפים למימוש חזון הנביא של תיקון העולם בזכות האמונה: "לֹא יָרֵעוּ וְלֹא יַשְׁחִיתוּ בְּכָל הַר קָדְשִׁי כִּי מָלְאָה הָאָרֶץ דֵּעָה אֶת ה' כַּמַּיִם לַיָּם מְכַסִּים" (ישעיהו יא, ט). מבחינתם האמונה אינה יכולה להישאר במקומה הנוכחי, הטבעי, והם לוקחים את היסוד הטבעי של האמונה ממקום התחתיתי שלו, ומעלים אותו. היסוד הטבעי של האמונה נמצא בתחתית מבחינה מוסרית והכרתית. אנו רואים בתולדות האנושות כי חוש האמונה הביא את האדם במצבו הפרימיטיבי והבוסרי למעשים שנראים לנו כיום תמוהים עד בלתי אפשריים – כמו פולחן דתי של קורבנות אדם, פריצות מינית או השחתת רכוש, כל אלה באופן ממוסד וקבוע. כך גם הדימויים השונים באמונה – דמותו של האליל הייתה מפלצתית ומאיימת. זהו הביטוי לנטייה הטבעית של האמונה כל עוד לא מפתחים ומעדנים אותה. ובכל זאת, למרות תוצאותיו הבוסריות השליליות של היסוד הטבעי של האמונה, גדולי עולם אינם שוללים אותו מכל וכל ולא מתנכרים אליו, אלא מזקקים אותו ומעדנים אותו, עד שהוא יוצא כזהב מזוקק. מזקקים אותו כפי שיש לזקק זהב מן הסיגים המעורבים בו באופן טבעי. גדולי עולם אלה יכולים להיות אנשי דת, פילוסופים או אנשי מוסר דגולים, שכל אחד בתורו ולפי עניינו תורם להתפתחות האמונה לכלל הבנה והארה על כל שטחי ההתנהגות והתרבות של האדם. כאשר האמונה עומדת לביקורת התבונה והמוסר, בירור מהו החזון האנושי של גאולת העולם וכיצד ניתן להשיג אותו – היא ממלאת את תפקידה החיוני כראוי. ובהתעלות יסודה הטבעי של האמונה על ידי גדולי עולם, הוא הווה לאור גדול מבהיק בנוגהו, זריק ניצוצין לכל עיבר (עי' זהר פקודי רנד, ב), זורק את ניצוצותיו לכל עבר – משפיע לטובה על כל תחומי החיים, עד אשר כל העולם כולו מואר מכבודו. בכך מתאר הרב קוק את תהליך בירור האמונה מן היסוד הטבעי והפרימיטיבי שבעיקר מחליש את מעמד האדם והעולם, ועד לשלב גבוה, בו האמונה מרוממת את מעמדו של האדם ומדגישה דווקא את ערכו העצמי הנעלה, את ייעודו האלוהי לפתח את כישרונותיו ויכולותיו ולהיות שותף למגמה האלוהית בבריאת העולם ותיקונו. זהו מהפך אמוני מן הקצה אל הקצה.
וזאת היא העבודה התדירית של הצדיקים הגדולים. כמו הרבה נטיות טבעיות, גם האמונה דורשת עבודה תמידית של זיקוק ופיתוח,[59] אחרת היא חוזרת לשפלותה. גם הישגי התרבות לא נקבעים לעד, וגם אנשים תרבותיים ועדינים עלולים להידרדר במהירות להתנהגות שפלה ובהמית בשינוי הנסיבות. על כן אין לחדול מעבודת הזיקוק של האמונה, לצרף את סיגיה, להסיר את הטעויות והעיוותים שדבקים בה באופן טבעי מתוך מצבי הנפש וההכרה המשתנים. ועם זאת, תמיד גם לישבה על מכונתה, לקשר אותה גם אל יסודה הטבעי, אל נטיית הנפש שמביאה לאמונה. עבודת הזיקוק וההעלאה של האמונה עלולה לנתק אותה מיסודה הטבעי, להפוך אותה יותר מדי לאידאולוגיה. ואידאולוגיה אפשר גם שלא לאמץ, שכן לכל אידאולוגיה יש צדדים שונים, יתרונות וגם חסרונות שאנשים נרתעים מהם ובגללם נמנעים מן האידאולוגיה כולה. רק מתוך קשר חזק ליסוד הטבעי יכולה להיות עוצמה מתחדשת, צמיחה, התפתחות ויכולת תגובה נכונה למצבים משתנים. בניגוד לכל סוג של אידאולוגיה המותאם למקומה וזמנה, ועל כן בהשתנות המקום והזמן האידאולוגיה מאבדת את תוקפה. האמונה יכולה להיות השראה לאידאולוגיות חדשות, אך לא להפך, אמונה איננה תוצאה של אידאולוגיה, אלא מעל ומעבר לה. לכן דווקא הצדיקים הגדולים עוסקים באופן תדיר בהעלאת האמונה, מתוך דבקותם התמידית באלוהים, המורכבת מן הנטייה הנפשית הטבעית והביקורת השכלית, ועל כן אינה חולפת בהשתנות המצבים. חלק מעבודתם התדירית של הצדיקים הוא גם לדאוג לאיזון העדין שבין הנטייה הטבעית לבין הביקורת והזיקוק.
הרב קוק מכנה את הצדיקים הגדולים: איתני העולם, כפי שנתכנה אברהם אבינו – "אֵיתָן הָאֶזְרָחִי" (תהלים פט, א, עי' בבא בתרא טו, א). בגודל אמונתו הזריח אברהם אבינו את איתנוּת העולם, האיר וגילה את מעמדה החשוב של המציאות כשדה לחרישה וזריעה, לפיתוח וגילוי המגמה האלוהית בעולם. בספר הזהר מכוּנים הצדיקים "מחצדי חקלא" – עובדי השדה (עי' זהר ח"א רטז, א; ח"ב לז, א). כמו עובדי השדה שניגשים לתערובת האדמה, האבנים, הצמחים והמים שבקרקע, ואינם זונחים אותה מתוך ייאוש או מסתגלים אליה כפי שהיא, אלא מסקלים, חורשים וזורעים, עד שהשדה מוציאה לפועל את כוחה באופן מועיל ומיטיב לעולם – כך פועלים הצדיקים עבור הזרחת ערכו של העולם ואיתנותו, כאשר הם ניגשים לערבוביית הדברים השונים בעולם ומסדרים כל דבר במקומו על פי תפיסת האמונה המזוככת, עד שחושפים את הטוב שבעולם ומביאים אותו לתכליתו הנשגבה.
איתנות היא חוזק שבנוי מצירוף של שניים יחד – האותיות א' ו-ת' שבמילה "אֵיתָן" קיימות במילים המבטאות צירוף: 'איתו', 'איתה', 'איתך', 'איתנו'; או בביטוי שהתקבל כשם של עסקים וחברות מסחריות: "פלוני את אלמוני", המסמל את שותפותם של שני אנשים לעסק. על ידי התלכדותם של דברים שונים יחד נוצרת איתנות. מכאן גם הקשר למשמעות ההופכית של צירוף – זיקוק והפרדת הסיגים מן העיקר, שנעשה על ידי התגבשות והתלכדות חזקה של החלקים העיקריים בחומר. זוהי דרך פעולתם של הצדיקים הגדולים: העולם מכונה 'עלמא דשקרא', שכן אינו משקף את האמת והערך העצמי של כל עניין, כדברי חז"ל על החברה האנושית – שבה "עליונים למטה ותחתונים למעלה" (פסחים נ, א). בניגוד לאלה שבעצמם נעשים אנשי שקר, בהתאם לשקריוּת שבעולם, הצדיקים הגדולים בוחרים באמת ובטוב ומתייחסים לעולם באופן הראוי, כך שכל דבר מקבל את המקום הראוי לו לפי ערכו. ממילא העולם נעשה איתן ויציב, שכן אינו מתבסס על סיגים ודברים חלושים מצד ערכם ומשמעותם.
ובכל עת ועונה ובכל שעה ורגע מעלים הם חלקים מיוחדים של אורות האמונה. עבודה זו של זיכוך האמונה אינה רוטינית, לא מדובר על אותה פעולה החוזרת על עצמה שוב ושוב, שכן כל רגע שונה מקודמו ובכל שעה משתנה המצב הנפשי וההכרתי של האדם – "עֵת לִבְכּוֹת וְעֵת לִשְׂחוֹק עֵת סְפוֹד וְעֵת רְקוֹד" (קהלת ג, ד), ובעת בה יש לבכות זוהי העבודה הנכונה והטובה ביותר, עם זאת שבְּעֵת בה יש לשחוק – הבכי פוגם ומפריע. כך הדבר גם מבחינה הכרתית ביחס לאמונה, לאורות האמונה, התכנים והערכים שיש באמונה; נדרשים כלים מתאימים – הכנות מצד הגוף, הנפש ורמת ההבנה וההכרה, שיתאימו לאורות. כאשר האורות מתקבלים בכלים שאינם מתאימים להם נוצר כאב והאמונה נפגמת. בכל מציאות חדשה יש צורך להתייחס לאמונה באופן שונה ממה שהיה בעבר, בהבנת האמונה מבחינה אינטלקטואלית או נפשית, או בביטויים המעשיים והגופניים של האמונה. זוהי גם אחת הסיבות לכך שיש להיזהר מחיקוי הנהגותיו של צדיק, שיכולות להיות מתאימות לזמן או מקום מסוימים ולא לאחרים. חלקים שונים לאמונה וכל חלק מתאים לחלק אחר בחיים וזוקק יחס שונה בכל מקום, זמן ואדם.
באופן זה של עבודה תדירית ביחס לאמונה מעבירים הצדיקים את אורות האמונה לכלים המתאימים להם, וכך מעמידים אותם ברום עולם, במעמד המרכזי והחשוב של אותו זמן שסביבו צריכות להיבנות החברה, התרבות והאישיות הפרטית. פודים אותם מבית־העבדים שלהם ומשחררים אותם מגלותם. בכתבי האר"י מתואר מאורע מכונן שעברה ההוויה: 'שבירת הכלים'. בטרם בריאת העולם המוכר לנו הושפע אור גדול של קודש על ההוויה, אך כלי ההוויה לא יכלו להכיל אותו, ונשברו. ניצוצות של האור התפזרו בכל ההוויה, ותפקיד האדם הוא להעלות את ניצוצות האור ולתקן את הכלים, כך שיהיו מסוגלים לקלוט את האור. כאשר הצדיקים מזככים את האמונה הם פודים ניצוצות אלה מן הכלים שאינם מתאימים להם, משבי השעבוד לתפיסות שאינן מרומָמות מספיק. על כן מקשר הרב קוק את עבודת זיכוך האמונה של הצדיקים ליציאת מצרים: ומחדשים את מעשה יציאת מצרים לפדות גוי ואלוהיו.[60] במצרים לא רק ישראל היו משועבדים – המושג: 'אלוהי ישראל', גם הוא היה משועבד. האפשרות לעבוד את ה' מתוך חירות, שהיא הדרך הראויה לבטא את האמונה באופן אידאלי – יכולה לצאת אל הפועל רק ביציאה משעבוד מצרים (עי' בבא מציעא י, א); וכמובן מתן תורה והכניסה לארץ ישראל, היו תלויים ביציאת מצרים. על כן בעבודת זיכוך האמונה של הצדיקים הם מחדשים וממשיכים את היציאה ממצרים, ממצרי השעבוד לקטנוּת ושִפלות שמונעות מן האמונה להופיע במלואה בעולם.
מבחינה מסוימת כל המצוות הן זכר ליציאת מצרים, שכן המצווה חושפת בזמן, בחפץ, באדם ובמקום בהם היא נעשית, את הקשר שלהם אל הקודש והאינסוף. זוהי חירות עליונה שאין למעלה ממנה, שהחלה להופיע ביציאת מצרים. לשם כך מיועדת עבודתם התדירית של הצדיקים איתני עולם. כל אדם יכול וצריך להצטרף עד כמה שאפשר לאותם צדיקים, עד להתקיימות דברי הנביא: "פִּתְחוּ שְׁעָרִים וְיָבֹא גוֹי צַדִּיק שֹׁמֵר אֱמֻנִים" (ישעיהו כו, ב) – שעמל על שמירת האמונה בטהרתה ובגדולתה, וכך מאפשר גם את צמיחתה והתעלותה של האמונה, התרחבותה לכל תחומי המציאות, "כִּי מָלְאָה הָאָרֶץ דֵּעָה אֶת ה' כַּמַּיִם לַיָּם מְכַסִּים" (שם יא, ט).