בדברי הרב קוק כאן ובמקומות אחרים בכתביו, ניתן לזהות מבנה תלת־שלבי בהתפתחות האמונה.
השלב הראשון מתרחש בקריאה פשוטה בדברי התורה ודברי חז"ל באשר לאלוהות, המתארים רגשות וחולשות אנושיים, כמו: "וַיִּנָּחֶם ה' כִּי עָשָׂה אֶת הָאָדָם בָּאָרֶץ וַיִּתְעַצֵּב אֶל לִבּוֹ (בראשית ו, ו); "וַיִּחַר אַף ה' בְּמֹשֶׁה" (שמות ד, יד). או אף דימויים גופניים וגשמיים, כמו: "וַיֵּרֶד ה' לִרְאֹת אֶת הָעִיר" (בראשית יא, ה); "וַיִּרְאוּ אֵת אֱלוֹהֵי יִשְׂרָאֵל וְתַחַת רַגְלָיו כְּמַעֲשֵׂה לִבְנַת הַסַּפִּיר" (שמות כד, י). הלומד את הדברים כפשוטם מפתח יחס של קרבה מסוג מסוים לאלוהות – הכרה בכך שקיימת "ישות" אדירה המשגיחה על העולם, שהיא מקור קיומו, ויחד עם זאת מפשט הפסוקים משתמע גם לכאורה שלאותה "ישות" יש אישיות, תכונות ורגשות אנושיים שהאדם מכיר מעולמו האנושי הפשוט. יש לו ביטחון בקיומה ומעורבותה במציאות, והוא מבין שיש לה ציפיות מוסריות ממנו ומערכת של ציוויים ואיסורים שמוטל עליו לשמור.
השלב השני בהתפתחות האמונה הוא ביקורת על הרושם שהתקבל מן הקריאה הפשוטה של תיאורי האלוהות – האם באמת דימויים אלה מתארים נכונה את האלוהות, על כל ביטויי ההגשמה שבהם? וכי יש לאלוהות גוף ודמות הגוף, חולשות ורגשות כמו לאדם?! כאשר האדם מעמיק במחשבתו הוא מגיע למסקנה ש"דיברה תורה כלשון בני אדם" (נדרים ג, א. ועי' מו"נ א, כו), משום שהכרת האדם ויכולת הביטוי שלו הן מוגבלות. האדם מבקר את היכולת האינטלקטואלית שלו ומכיר בכך שכשם שאת העצמוּת האלוהית לא ניתן להשיג, אלא רק דימויים ומשלים, כך גם לא ניתן לתפוס את המציאות כשלעצמה. אותה הוא אינו משיג, אלא רק גילויים חיצוניים שלה, שכְּלֵי ההכרה המוגבלים שלו מסוגלים להשיג.
השלב השלישי בהתפתחות האמונה משיב למקומו את הרושם שנוצר בשלב הראשון, בתוספת ההסתייגות שהעניקה הביקורת של השלב השני. בכך מתבססת האמונה. זו כבר לא אמונה ילדותית, המניחה בפשטות שהרשמים הנתפסים בקריאה שטחית של תיאורי האלוהות זהים לאמת העצמית, האובייקטיבית, שכן האדם כבר עניו מספיק כדי להכיר במגבלות תפיסתו וחולשתה. אולם נותר רושם פנימי מן הנוכחות האלוהית, ביטחון בהשגחתה, אף שהיא עצמה נותרת מעל ומעבר לכל הגדרה ותיאור. הרמב"ם תאר אמונה זו בהגדרה: "יסוד היסודות ועמוד החכמות לידע שיש שם מצוי ראשון והוא ממציא כל נמצא…" (הל' יסודי התורה א, א) – יש "שם", באופן נעלה ונעלם מן ההכרה, שלא ניתן להבין את מציאותו ואין לו כל הגדרה ותיאור שהולם באמת את עצמותו, אך אנו מאמינים שהוא "ממציא כל נמצא", מקור הכל.[35]
השלב הראשון בהתפתחות האמונה נובע מכך שהכרת האדם קולטת רשמים מוחשיים בלבד. למשל, כאשר שואלים אדם אם הוא מכיר אדם אחר, והוא משיב שכן – הוא אינו מתכוון אלא למראהו, לגופו ולאישיותו כפי שהיא ניבטת אליו במציאות הגלויה. אך הוא אינו מכיר את עצמיותו של האדם האחר, נשמתו ואף תודעתו אינן גלויות לו. על אחת כמה וכמה ביחס לאלוהים: האמונה האלוהית מתלבשת בתארים רוויי דמיון פראי, מצד המציאות הממשית היורדת ונגלמת כשהיא באה להכרתנו. כלומר, מכיוון שלא ניתן להכיר את אלוהים כשלעצמו, אלא רק את גילויָו במציאות, את דרכי הנהגת העולם כפי שהם משתקפים בהכרה האנושית המצומצמת – על כן באמונה ישנם דימויים גופניים לאלוהים, באופן פראי ובוטה ביחס לאמת העצמית שבהם, כמו תיאורים של איברים שונים ורגשות אנושיים. לא פחות מכך, הרי היא מתלבשת גם כן בתארים של מידות כאלה, שהמוסר החופשי מוצא בהם פגמים. ישנם גם תארים לאלוהות שנראים לפעמים פגומים מבחינה מוסרית. למשל, ללא עידון וזיכוך של בירור מחשבתי, הכינוי "אֵ־ל קַנָּא" (שמות כ, ד) עלול לגרום לאדם לדמיין במחשבתו את אלוהים באופן פראי ומעוות, בדמות רודן שנוקם באכזריות בחוטאים, והדבר מפריע למצפון ולמוסר הטבעי של האדם. כך נוצר השלב השני באמונה, המבקר ומזכך את תפיסות האמונה הבוסריות.
אולם גם כאשר אדם מתעלה לשלב השלישי שבאמונה ונזהר שלא להתייחס לתארים האלוהיים כפשוטם, מתוך הקפדה תמיד לזכך ולרומם את תפיסת האמונה שלו, עולה שאלה: מדוע בכל זאת התארים האלוהיים כתובים כך, באופן שעלול להביא לידי טעות וטענות מוסריות נגד האמונה? על כך משיב הרב קוק: והפגמים הללו בעצמם הם מעלים אותנו לחשוב גבוה גבוה לכל שדרה מוסרית מוגבלת. מעבר לכל תפיסה מוסרית שיש לאדם, שבהכרח היא מוגבלת – שכן הכרת האדם היא מוגבלת. אם לא מרגישים בפגמים הקיימים בתפיסות האמונה, האמונה אינה משתכללת. כאשר אדם חושב שהגיע לתיאוריה מושלמת, שאין בה כל פגם, הוא מניח לה כפי שהיא. רק בזכות הפגמים שאנו מגלים בתפיסת האמונה, היא אינה נותרת סטטית. הפגמים מונעים מאיתנו להתייחס בשלוות נפש לאמונה ולכן אנו מנסים תמיד להבין יותר את דרכי הפעולה האלוהית בעולם, את הקשר בין אדם לאלוהים. כמו שתארי המציאות המגושמת, התארים שמייחסים לאלוהות מציאות גשמית – מרימים אותנו ממעל לכל שלילה והגדרה. איננו יכולים לקבל שיש לאלוהים מציאות גשמית, ועל כן כל תואר גשמי ביחס לאלוהים מביא אותנו לחיפוש משמעותו של התואר, עד ההכרה שאין לשלול מאלוהים כל מעלה, יחד עם זאת שגם אין להגדיר את עצמותו באף הגדרה. כאשר אומרים על אלוהים שהוא חי, מתכוונים לשלול את המחשבה שהוא מת, אך אין פירושו של דבר שהוא חי כמו שהאדם חי (עי' כוזרי מאמר שני, ב). וכך בכל התארים החיוביים שביחס לאלוהים – אדם מוכרח להתייחס לאלוהים באופן מסוים, בתואר כלשהו, ומתוך כל האפשרויות, תארי האלוהות החיוביים שמרוממים את האדם מבחינה מוסרית עדיפים על התארים השליליים. אך גם הם אינם האמת העצמית, שכן אין לאדם כל השגה באלוהים: "לית מחשבה תפיסא בך כלל" (הקדמה שנייה לתיקו"ז). אין ההכרה האנושית יכולה להכיל את האינסוף האלוהי, ואין הגדרה שממצה את מהותו של אלוהים. תמיד יש לנקוט באפשרות המזוככת ומבוררת יותר, ובשום אופן לא לאמץ תיאורים מגושמים ובוטים לאלוהים, שבסופו של דבר גם משפילים ומזהמים את נפשו ורמתו המוסרית של האדם. אך עם זאת יש לדעת שגם התארים המזוככים והנעלים ביותר שאדם הגיע אליהם אינם נכונים ביחס לסוד העצמות האלוהית.
הפגמים שבתפיסות האמונה דורשים מן האדם מאמץ גדול להבין כמה שיותר נכון את משמעות התארים האלוהיים, באופן שירומם את רמתו המוסרית. כך מתווסף לאמונה ממד מוסרי שאינו קיים באמונה פשטנית: השאלה העומדת בפני האדם המאמין אינה רק האם הוא מאמין בבריאה, בהשגחה או באמיתוּת התורה, אלא האם הוא מצטרף למגמה האלוהית. האם הוא מנסה להבין אותה מתוך התארים האלוהיים – או שהוא אינו מעסיק את עצמו בשאלות של אמונה ומוסר. כאשר שמע אברהם אבינו על הפורענות שעומדת לבוא על סדום ועמורה, הוא לא שתק וקיבל בהכנעה את הצו האלוהי, אלא תמה ועימת את התפיסה המוסרית שלו עם הצו האלוהי: "הֲשֹׁפֵט כָּל הָאָרֶץ לֹא יַעֲשֶׂה מִשְׁפָּט?!" (בראשית יח, כה);[36] דבקות באלוהים היא הליכה בדרכיו, וכשם שהוא דורש צדק ומוסר, כך אדם צריך לדרוש צדק ומוסר – להעמיק באמונה ולגלות היכן הוא טועה כאשר הוא מגלה סתירות בין תפיסות המוסר שלו לבין אמונתו.
בשלילה זו של התארים המגשימים יש גם חיסרון, למרות כל חשיבותה. כאשר מזככים את התארים, באופן טבעי עלולה גם להיחלש החיוניות של האמונה, ההתלהבות שיש בתפיסה מוחשית פשוטה יותר. לא בכדִי עבודה זרה תפסה את הלבבות בעוצמה כה רבה – עובדי עבודה זרה הגשימו את האלוהות לביטויים הכי שפלים, גשמיים ובוטים, מה שגרם לאלילות לכבוש את כל החושים, כך שהפולחן האלילי היה גורם לאקסטזה סוחפת. ההכרה שאין אמת מוחלטת בתארים הגשמיים עלולה למעט את עוצמת החיוניות בעבודת ה'. אולם למרות זאת אין לוותר על זיכוך מושגי האמונה, המרומם את האדם ועושה אותו מעודן יותר, עמוק וקרוב יותר אל האמת.[37]
