הרב קוק פותח ברובד העמוק והמכונן ביותר של האדם: הטבעיות הטהורה של נשמת האדם. לא מדובר על הנפש, שהיא מכלול הכוחות הנפשיים של האדם כפי שהם פועלים בתוך הגוף המוגבל – המושא של הפסיכולוגיה; אלא על נשמת האדם, שהיא רובד נעלה וראשוני יותר, המבטאת את צלם האלוהים שבאדם. זוהי הטבעיות הטהורה, מצב קיום מקורי וזך, הקודם לכל המגבלות והזיהומים שהחיים הגופניים והחברתיים מביאים עמם. כמו שמים מטהרים רק כשהם חיים – נובעים ממקורם או חופשיים באגם ובים, ועוד לא ניתנו בתוך כלים מגבילים. בעוד הפסיכולוגיה מתחילה מהאדם המוגבל בגופו, במסגרת המגבילה שלו, ושואלת כיצד יתמודד עמו – הרב קוק מתחיל מהמהות הנשמתית העליונה האינסופית.
את אותה טבעיות טהורה של הנשמה, יכולים אנו להכיר בהבחנה עמוקה וחודרת בקטנותו של אדם, בתקופת הילדות – בדומה לפרויד, גם הרב קוק רואה בילדות שלב מפתח להבנת האדם, אך מסיבה הפוכה: הילדות אינה שלב של יצרים גולמיים שיש לעדן, אלא שלב של קרבה למקור הטהור של הנשמה. בעוד לא נזדהמה נשמתו בזוהמת "השׂאור שבעיסה"[312] שבמהומת החיים. הזיהום אינו טבוע באדם, אלא נרכש ממהומת החיים, מן השאון והטרדות הרבות שיש לו בחייו. השׂאור שבעיסה מתאר יסוד טבעי שיש בו פוטנציאל חיובי – התפחה, אך גם שלילי. השאור מייצג את האשליה, את הניפוח החיצוני שאין מאחוריו תוספת אמיתית של כמות. כמו הלחם התופח מן האוויר, בניגוד למצה, שהיא תמצית של קמח ומים, כך השאור מסמל את ההיצמדות להופעות החיצוניות ולדימויים, הגורמת לאדם לאבד את הקשר הטבעי עם נשמתו.
בהבחנה מבררת רואים אנו, כמה נוח הוא אז האדם לקבל רגש אלוהי וכמה הוא מוכשר להיות מושפע לחיבת קדושה ויראת־שמים. בשלב הילדות, עוד לפני התפתחות מערכת אידאולוגית שלמה, קיימת בילד פתיחוּת טבעית ורגשית לקדושה. זהו רגש אלוהי ראשוני, חיבה ויראה הנובעות ישירות מן הנשמה הטהורה. תיכף משבא לכלל דעה כל שהיא. מן השלב שבו הוא מתחיל להבחין בין הדברים במציאות באופן בוסרי ובסיסי ביותר, כאחת הדעות בחז"ל, שעץ הדעת שממנו אכלו אדם וחוה בחטאם היה חיטה, "שאין התינוק יודע לקרות אבא ואמא עד שיטעום טעם דגן" (ברכות מ, א) – רק כאשר התינוק טועם טעם דגן הוא נעשה בעל דעת מסוימת; ובניגוד לפרויד, שחוקר את התינוק כבר כשהוא יונק. זהו הרגע בו מתחילה ההתמודדות בין האמת הטהורה והמצומצמת, כמו המצה, לבין ההופעה המנופחת והמפתה, כמו הלחם שתפח.
על כן באו גם טובי החושבים של הפדגוגיה לידי הכרה, שהחינוך הדתי הטהור, המואר בשכל טוב ומרופד ברגשות עדינים, הוא החינוך היותר טבעי להאדם בילדותו. חינוך דתי אינו כפייה של מערכת זרה על טבע האדם, אלא להפך: הוא המענה הטבעי ביותר לכמיהתה של הנשמה שזה עתה הופיעה בעולם בגופו של הילד. אולם, מדובר דווקא בחינוך הדתי הטהור, כזה שאינו מבוסס על איומים והפחדה, אלא מואר בשכל טוב ומרופד ברגשות עדינים – חינוך המשקף את אלוהים כמקור של רוממות, טוב ושפע אינסופי, בניגוד לחינוך "טמא" המציג דת מאיימת ומצמצמת, ובכך מסתיר את האלוהים במקום לגלותו.[313]
בגדלותו של אדם, אמנם חזון יקר הוא, נדיר ונכבד, מפני מחשכי החיים הרבים, למצוא אדם, שנשמתו האלוהית מאירה בו כפי עצם טבעה וטהרתה. למצוא אדם בוגר שנשמתו מאירה בו במלוא טהרתה, ללא עכבות, זהו מראה נדיר. הסיבה לכך היא מחשכי החיים – טרדות הקיום, המאבקים והמגבלות, הגורמים לקומתו הרוחנית של האדם לשחוח ולהצטמצם לדאגות הישרדותיות. אין אדם שנשמתו אינה מאירה כלל, אך השאלה היא מה המידה והעוצמה של הארתה – האם היא מאירה כפי עצם טבעה וטהרתה, "וּכְעֶצֶם הַשָּׁמַיִם לָטֹהַר" (שמות כד, י); כאילו הסרנו את כל העננים מן השמיים, את כל המגבלות מן האדם, בשלמות אידאלית עד כמה שזה אפשרי, בצדקות מופלגת – או שהיא עטופה בכיסויים של מעשים לא טובים ותפיסות מעוותות, שפגמו באישיותו של האדם.
אבל בכל עת שימצא האדם לרוחו חופש גמור ומוחלט, כשלא יזעזעוהו מקרים מרעישים, טובים או רעים, וטרדותיהם המסערות לא תטרדנה אותו. אין הכוונה להפקרות, אלא למצב של שחרור פנימי עמוק מהשעבוד לאירועי החיים. באופן מפתיע, הרב קוק כולל כאן לא רק מקרים רעים אלא גם טובים – למשל, זכייה פתאומית בעושר עצום, שעלולים לזעזע את הנפש ולהוציאהּ מאיזון לא פחות ממשבר קשה של הפסד גדול. החופש המדובר הוא מצב של שלווה פנימית, שבו האדם אינו מוטרד ומופעל על־ידי סערות חיצוניות. אז, מתוך איזון זה: הננו רואים את הנטייה האלוהית, על־פי הכרח טבעי פנימי, עצמי, הולכת ומפלסת לה נתיבותיה בלבבו; הנטייה האלוהית הטבועה בנשמה מתעוררת ומתחילה לפעול מאליה. לא מכוח שכנוע חיצוני או ציווי, אלא מכוח טבעה המהותי של הנשמה. זוהי הגדרת החירות האמיתית: פעולה הנובעת מתוך ההכרח הפנימי של העצמיות, ולא מתוך כפייה חיצונית.[314] אף באין אומר ודברים יחשוק להתרומם אל על, ההתעוררות הראשונית אינה בהכרח אינטלקטואלית או מנוסחת במילים. היא מתחילה כחשק, כתשוקה טהורה ובלתי אמצעית להתרומם אל על, להתעלות מעל הקיום המצומצם אל עבר הכלליות והאינסוף. וחפץ אדיר ימצא בקרבו גם לחוש ולהרגיש בנפשו פנימה מנוחה ומרגוע־לב בקרבת־אלוהים. אותו חשק ראשוני מתפתח ומתגבש לחפץ אדיר, לרצון עז למצוא את התכלית הסופית: מנוחה ומרגוע, ודווקא בקרבת־אלוהים. "וַאֲנִי קִרְבַת אֱלוֹהִים לִי טוֹב" (תהלים עג, כח). בניגוד לתפיסה הפסיכואנליטית, לפיה המנוחה מושגת דרך השלמה עם המגבלות והקונפליקטים הפנימיים, הרב קוק קובע כי המנוחה העמוקה ביותר נמצאת אך ורק בקרבת־אלוהים: "מקום מנוחתנו הוא רק באלוהים" ('אורות' עמ' קיט). השאיפה להתקרב אל האינסוף אינה מקור לתסכול, אלא המקור היחיד לשלווה אמיתית, והיא עצמה מהווה את הטוב העליון עבור האדם.
תפיסה זו אינה מציבה את קרבת־אלוהים כיעד חיצוני שיש להשיגו, אלא כמציאות יסודית שכבר קיימת בנשמה. מכאן נובעת השאיפה התמידית להמשיך ולממש אותה, לשקף אותה באופן מלא יותר ויותר במציאות החיים, בתהליך של התקרבות והשתלמות מתמדת.
"עֵינֵיכֶם הָרֹאֹת אֵת אֲשֶׁר עָשָׂה ה' בְּבַעַל פְּעוֹר, כִּי כָל הָאִישׁ אֲשֶׁר הָלַךְ אַחֲרֵי בַעַל פְּעוֹר הִשְׁמִידוֹ ה' אֱלוֹהֶיךָ מִקִּרְבֶּךָ; וְאַתֶּם הַדְּבֵקִים בַּה' אֱלוֹהֵיכֶם חַיִּים כֻּלְּכֶם הַיּוֹם" (דברים ד, ג-ד). אלו שעבדו עבודה־זרה דבקו במוחשי, בחומר, במציאות הנתפסת כמכלול סגור ויחיד, וראו בכל מה שמעבר לכך אשליה. לעומת זאת, קובע משה רבינו, החיים האמיתיים שייכים דווקא לאלו הדבקים באלוהים; בחזון, באינסופי, במה שלא ניתן לממש באופן מלא ברגע נתון אלא רק בתנועה מתמדת של התקרבות.
מנקודת מבט זו ניתן להבין מדוע תפיסת עולם המגבילה את החיים למישור המוחשי בלבד, כמו זו של פרויד, מחויבת להשלים את 'יצר החיים', הליבידו והארוס, ב'יצר המוות', התנטוס: חיים המוגדרים רק על־ידי המוחשי הם בהכרח גבוליים וסופיים. לעומתם, חיים כמושג הנשען על דבקות באינסוף הם חסרי גבול. בתפיסה הפרוידיאנית, 'יצר החיים' מצטמצם עד כדי המיניות, המציעה פורקן ורגעים חולפים של תחושת קרבה מוחלטת, אך חוויה זו מולידה בהכרח אכזבה ומובילה אל 'יצר המוות'. הפתרון הפרוידיאני הוא קבלת המצב, השלמה עם המגבלות ויצירת תחליפים, כדוגמת פסל יפהפה שהוא שיא הביטוי האפשרי במציאות זו. כנגד זאת מסביר הרב קוק, כי עצם תחושת האכזבה שלנו מוכיחה שזו אינה כל האמת. אנו מתאכזבים מפני שאנו נושאים בתוכנו ידיעה פנימית שזה לא הכול. השקר אינו בעצם קיומו של הפסל, אלא בהפיכתו לאלוהות; השקר אינו בעצם קיומו של המוות, אלא בטענה כי הוא מהווה חלק מן ההגדרה המהותית של החיים. המסגרת הרעיונית של התורה מציבה את החיים במרכז: מגן־עדן, שאין בו מוות, ועד לתחיית־המתים, שבה בטל המוות. כל מה שמתרחש בתווך הוא מצב ביניים, תוצאה של נפילה וכשל, ולא המצב המהותי והסופי.
הוויכוח היסודי חוזר לשאלת הגדרת האדם: האם הוא רק "עָפָר מִן הָאֲדָמָה" (בראשית ב, ז), שכפוף לחוקי קיום חומריים, או שיש בו נשמה והוא בעל צלם אלוהים, שיש לו גם חוקי תפקוד אחרים, רוחניים. התשובה לשאלה זו היא שקובעת אם הדת, המוסר והתרבות הם שיקוף של האמת הפנימית והגבוהה ביותר של האדם, או שהם רק תחליף מעודן, סובלימציה, לאמת היצרית הבסיסית שלו.
