התחייה הלאומית כוללת גם את הקודש בתוכה, את 'תחיית־הקודש'.[224] כל המושגים המסתעפים ממושג הקודש – ההכרה, ההרגשה, הדמיון ותרגומם למעשים ולמידות טובות – כל זה צריך להתנער מן האבק הגלותי, לקבל צביון חדש של תורת ארץ־ישראל (עי' אורות־התורה פרק יג) ולתפוס את המקום המרכזי הראוי להם בעולם בכלל ובעולם היהודי בפרט. לעומת יסוד הכפירה, הכפירה בעיקר, יש למצוא מחדש את יסוד האמונה, האמונה בעיקר, בשורש. לאחר מכן, מן השורש ומן העיקר צומחת האמונה בדרכים שונות המסתעפות ממנה, במושגים, במידות, בדימויים ובעשייה מסוגים שונים, במנגנונים של ארגון העם והקהילה, והאדם היחיד בתוכם.
מקובל לחלק את התורה להלכה ולאגדה. האגדה כוללת את החלקים הפילוסופיים שבתורה, הדימויים הספרותיים והעיסוק בחזונות ובתפיסת המציאות, וכן את הקבלה לענפיה, את החסידות כתנועה חברתית ותנועה של רעיונות ואף הסיפור החסידי שיש בו גם הברקות המשקפות את נטיות הנפש ושאיפותיה. כל זה צריך להתחיות, יש לעסוק בו בגדלות ולא להשאירו לאנשים חסרי כישרון ומסירות.
על־כן אין לשער כמה גדולה היא החובה עכשיו לעסוק בתחיית הקודש בחלק האגדה. זה לא שווה לשום דבר שהיה פעם, הן מצד הנחיצות – כי התורה נמצאת בשפל נורא מצד היחס אליה בישראל, הכפירה שהלכה והתפשטה בדורו של הרב קוק, והן מצד החזון והגדולה של הדבר מצד עצמו. וחובה זו היא בעיקר על גדולי תלמידי־חכמים, שנושאים על כתפיהם את האחריות ואת הסמכות להמשך קיומה, שגשוגה והתפתחותה של היהדות כתפיסת עולם, כאמונה וכתפיסה מוסרית. אולי יש בכך איזו הנחה סמויה, שלא יכולים להיות תלמידי־חכמים גדולים שאין להם זיקה עמוקה לחלק האגדה שבתורה, אלא שבנסיבות החיים נאלצים לעסוק בעיקר בהלכה – כפי שהיה אצל הרב קוק עצמו, שקיבל על עצמו את עול הרבנות ועל כן לא יכול לעסוק כרצונו באופן נרחב יותר בחלק האגדה שבתורה.[225] וכל מי שיש לו כשרון ונטיה לדברים רוחנים ונשגבים, מלבד תלמידי־חכמים שהוּכחה גדולתם ומנהיגותם הרוחנית, ישנם אנשים שמרגישים בעצמם כישרון ונטייה לחלק האגדה שבתורה; אַל להם להתעלם מנטייה זו, אלא לקבוע עיקר הלימוד והעיון במרומי החכמה האלוהית, שהיא כוללת האגדה בכללה. ואם בדורות העבר הם היו מוכרחים לצמצם את הלימוד והעיון הרוחני למינימום כדי לעסוק בעניינים אחרים, כעת זהו זמן של תחייה, תחיית האומה ותחיית הקודש, זמן של השתחררות משעבוד מדיני וכלכלי, וגם משעבוד רוחני. כעת יש מצווה להתמסר לאגדה כמו החלוצים שהתמסרו לעבודת הקרקע – להיות חלוצים בהגות ובמחקר, בהבנה ובהתעמקות בעניינים רוחניים.
הרב קוק לא קובע גדרים מסוימים, כמה שעות ביום נחשבות לעיקר הלימוד והעיון. אך מבחינת התפיסה יש לראות בלימוד זה את הלימוד העיקרי, הקובע בחיים את הערכים וההתנהלות, והמסגרות המעשיות כבר מתעצבות לפי תנאי המציאות. עיקר הלימוד הוא התחום בו האדם מרכז את עיונו וגודל כישרונו. כאשר צווחו על זה מעולם אנשי הסגולה שבכל הדורות, מבעלי העיון בקבלה, חסידות, פילוסופיה, מחקר, מוסר, לצדדיהם השונים והמסתעפים. כבר בדורות קדומים, כדברי ספר הזוהר: "ואפילו כל אלו שמשתדלים בתורה, כל חסד שעושים – לעצמם עושים […] שאלו הם שעושים את התורה יבשה, ולא רוצים להשתדל בחכמת הקבלה […] שגורמים עניות וחרב ובזה והרג ואבדן בעולם" (תיקו"ז ל' בתרגום).
גם הרמב"ם מדגיש את חשיבות העיסוק בחלק האגדה שבתורה, במשל היכל המלך המפורסם (מו"נ ג, נא, מהד' 'מפעל משנה־תורה'): "אלה המכוונים אל בית המלך ולהיכנס אליו, אלא שלא ראו מעולם את בית המלך – אלה הם המון אנשי התורה, כלומר עמי־הארץ העוסקים במצוות. אלה המגיעים אל הבית, הסובבים סביבו – הם חכמי ההלכה המאמינים בדעות הנכונות כקבלה נתונה […] אלה שעסקו בעיון ביסודות הדת – הרי כבר נכנסו למסדרונות […] ומי שהוכח לו כל מה שהוכח, והיה לו ודאי מן העניינים האלוהיים כל מה שיכול להיות ודאי, והתקרב אל הוודאות במה שאפשר בו רק להתקרב לוודאות – הרי הוא נמצא עם המלך בתוך הבית […] מי שלאחר שהגיעו לשלמות בעניינים האלוהיים ומעסיקים את מחשבתם ונוטים כל כולם אל ה' יתהדר ויתרומם, ונמנעים מכל דבר זולתו, ומקדישים את כל פעולות שִׂכלם להתבונן בנמצאים כדי ללמוד מהם עליו יתעלה, לדעת כיצד תיתכן הנהגתו אותם – הרי אלה הם הניצבים במושב המלך, וזוהי דרגת הנביאים".
דברים ידועים נוספים נמצאים בהקדמתו של רבי חיים ויטל לספר 'עץ־חיים': "קורא אל המשנה שפחה וקליפין, כי עסק המשנה כפי פשטיה אין ספק שהם לבושין וקליפין חיצונים בתכלית אצל סודות התורה הנגנזים ונרמזים בפנימיותה, כי כל פשטיה הם בעולם־הזה בדברים חומריים תחתונים […] בהיותו עוסק בחכמת המשנה והתלמוד־בבלי, ולא יתן חלק גם אל סודות התורה וסתריה, כי הרי זה דומה לגוף היושב בחושך בלתי נשמת אדם נר ה' המאירה בתוכה, באופן שהגוף יבש, בלתי שואף ממקור חיים…".
גם הרמח"ל ממשיך בקריאה זו בהקדמה ל'מסילת־ישרים', בסגנונו המוסרי, כאשר הוא כותב שיש ללמוד את תחום המידות והיראה ולא להניח שהוא מובן מאליו, להיזהר שלא להניח ליראת־שמים להיזנח ולהיתפס בצורה מעוותת. אלו דוגמאות שונות מעולמות שונים, שבכולם נמצא אותו העיקרון: מקצועות התורה השונים כולם חשובים, אך ישנה היררכיה. העיקר והמרכז הוא החלק הרוחני שבתורה.
כל הניגודים שנפגשו במחנות הללו, של אנשי הסגולה מכל הדורות, שקראו לעסוק בחלק הרוחני שבתורה – המקובלים והפילוסופים, החסידים ובעלי המוסר, ומכולם על המתייחדים בדברים מעשיים לבד, הניגודים והמחלוקות על המסקנות המעשיות שמן הדברים, לא באו כי־אם מאותה הנטיה הקיצונית שנולדה בכל מפלגה, לחשוב שהעולם איננו צריך לקיומו כי־אם לה לבדה. קנאוּת הולכת עד הקצה. היא אינה מתחשבת בשלל הדברים האחרים הקיימים, ואף מוציאה אותם מן העולם, באופן תאורטי או גם מעשי. כולם מיותרים בעיניה, במקרה הטוב, או אף מזיקים במקרה הרע.
ורק יחידי יחידים הסתגלו יפה אל ההשקפה הרחבה והאמיתית, שלא די שהעולם כולו אי־אפשר לו לעמוד כי־אם על־ידי ההתרחבות הגדולה של כל סעיפי הדעה וההרגשה, אלא שגם חלק אחד אי־אפשר שיהיה מובן כל צרכו כי־אם על־ידי שיתוף כל הצדדים השונים והנראים רחוקים ממנו. ועל כן בתולדות ישראל היו מאבקים רבים בין הזרמים השונים, מלחמות וחרמות, ולעיתים אף הלשנות לשלטון הנוכרי מצדם של חברי קבוצה אחת על חברי קבוצה אחרת. אולם העולם הוא רבגוני, יש לו צדדים שונים, ולכל צד יש חשיבות, קסם ויופי משלו. כל אחד משלים את חברו, ועל־מנת להבין אל נכון את המציאות עלינו לקחת בחשבון את כל הצדדים. אדם הוא יצור חברתי ('פוליטיקה' לאריסטו, א. ושם: "מדיני"), לא רק בגלל שכאשר הוא חולה הוא צריך סיוע מחבריו, אלא גם בתפיסת המציאות שלו – גם האדם החכם ביותר לא יכול לדעת הכול, ורק מתוך צירוף האנשים השונים והחכמות השונות אפשר להגיע למסקנות נכונות. תפיסה זו גרמה להיווצרות של אחד ממוסדות לימוד התורה הידועים – ה'כולל'. רבי ישראל סלנטר[226] הבחין בכך שהולכים ומתמעטים אותם הגאונים שיכולים להיות מעמיקים בכל מקצועות התורה, ועל כן חשב שבמקום אדם אחד שינסה להעמיק בכל חלקי התורה, כדאי להושיב יחד עשרה בעלי כישרון, כל אחד יתמחה על־פי כישרונו ונטייתו בדבר מסוים, וביחד הם יהיו 'החכם הכולל', שיודע לתת מענה למרב השאלות ולמרב המצבים (עי' 'תנועת המוסר' לר"ד כץ, א' יד). מבחינה פיזיולוגית, ארגונית וגם בדעות, אנו זקוקים זה לזה. לכן אמרו חז"ל: "איזהו חכם – הלומד מכל אדם" (משנה אבות ד, א). לימוד הוא תהליך מתמיד של התפתחות נפשית של האדם. כמות המידע אינה העיקר אלא סוגי המידע. כל דבר חדש מוסיף גוון, עומק ורוחב לידיעות שהאדם כבר רכש ולאישיותו בכללה.
ורק בזה יוכן כסא לממלכת הדעות, "גדולה דעה שנתנה בין שתי אותיות" (ברכות לג, א). דווקא בין שתי אותיות, בין כמה שיטות ותפיסות, יכולה דעה להתבסס. כאשר היא תוצאה של שיתוף פעולה וצירוף של כמה שיטות, 'זיווג' במינוח הקבלי, הדעה מתעשרת ומתבססת.[227] בעולם האקדמי דעה כזו מכוּנה 'תפיסה אינטרדיסציפלינרית' – שמחברת בין תחומי ידע שונים כדי להתמודד עם בעיות שונות, וכך מתקיימת יצירה פורייה. מותר וטבעי שלאדם תהיה נטייה דווקא לצד אחד, לדעת מסוג מסוים; אך הקיצוניות הקנאית של ביטול והשתקה של דעות אחרות היא טיפשות גדולה.
זוהי דמותו של תלמיד־חכם שהרב קוק רוצה לעצב למען הדורות הבאים, דורות תחיית האומה. אדם שמצד אחד מודע לכישרונו ונטייתו האישית ופועל על פיהם, ולא כופה את עצמו להיות משהו אחר; ומצד שני קשוב ברוב עניין לכל מה שאנשים ראויים, גם אם הם שונים ממנו, מחדשים ומבינים. זה חלק ממהותו כחכם. אין לשער כמה חשיבות יש לעיסוק כזה ולאנשים שכך פועלים. זהו הגרעין של תחיית האומה, משום שגם עם־ישראל, "התלמיד־חכם שבאומות",[228] צריך להיות כזה – להכיר את העמים האחרים, את אופיים, חוכמותיהם ותרבויותיהם. לא צריך להסכים עם כל דבר ולא לכול יש אותו ערך – אך לכל דבר יש ערך מסוים, וצריך תמיד לחתור לגילוי ערך זה.
