שם הקובץ, 'עקבי הצאן', לקוח מפסוק בשיר־השירים: "אִם לֹא תֵדְעִי לָךְ הַיָּפָה בַּנָּשִׁים צְאִי לָךְ בְּעִקְבֵי הַצֹּאן" (א, ח). שם זה מסמל את תפיסתו ההיסטורית של הרב קוק. "עִקְבֵי" רומז למונח "עקבות המשיח" (משנה סוטה ט, טו), התקופה שלפני הגאולה. ומי הם אלו המובילים את המהלך? "הַצֹּאן" – 'צאן קדשים', עם־ישראל (עי' ספורנו שם; שיה"ש רבה א, ח). שיבתם של המוני בית־ישראל לארצם, גם אם הם עצמם אינם מודעים למשמעות מעשיהם, היא המבשרת את תחילת הגאולה, "אם אין נביאים הן, בני נביאים הן" (פסחים סו, א). המאמרים נכתבו "בעקבות הצאן", כדי להאיר את דרכו של הדור, להבין את התהליכים הנפשיים העוברים עליו, ולהציב תפיסה תורנית מקורית, שתדע להתמודד עם האתגר הגדול של המציאות הנתונה, על הישן והחדש שבה.
תפיסה זו הייתה הכרחית במיוחד נוכח המתח העצום בין 'היישוב הישן', שהביט בחשדנות על העולים החדשים פורקי־העול, ובין 'היישוב החדש', שהתייחס בבוטות ובחוסר כבוד למסורת ישראל. הרב קוק ביקש להציב דרך שלישית, לא של פשרה, אלא של העמקה והרחבה – תורה שתדע להבליט את הצדדים הטובים והחיוניים שבתנועת התחייה הלאומית, ודווקא כך לבקר את צדדיה השליליים, בבחינת "כִּי אֶת אֲשֶׁר יֶאֱהַב ה' יוֹכִיחַ וּכְאָב אֶת בֵּן יִרְצֶה" (משלי ג, יב).
דוּגמה ליחסו המורכב של הרב קוק אל פועלם של מחוללי התחייה החילונים, היא מערכת יחסיו עם אליעזר בן־יהודה (ה'תרי"ח-ה'תרפ"ג, 1922-1858). בן־יהודה נהג להתייעץ עם הרב קוק בענייני לשון, והרב קוק תמיד קיבל אותו במאור פנים. עם זאת, כאשר במהלך פולמוס אוגנדה בשנת ה'תרס"ה (1905) כתב בן־יהודה בעיתונו 'השקפה': "ואנו כולנו, כולנו, פנינו עורף להעבר, וזו תהילתנו ותפארתנו",[2] פרסם הרב קוק מכתב חריף:
"זו היא חוצפה שאיננה מצויה, ואינני רואה שום דרך לפטור עצמנו ממחאה גלויה שלא תהיה שתיקתנו כהודאה […] דן אני לכף זכות גם האבר המדולדל הזה שלנו, את בעל 'ההשקפה'; הוא איננו חולם כי־אם מהרהורי לבו. שמו היהודי אולי כבר נרקב אצלו, הוא יכול להיות שכבר איננו מרגיש בעצמו שום קשר אל כל העבר שלנו, ויכול במנוחה לאמר שפנה אליו ערף, ובאמת עלים נובלים כאלה שנושרים אינם מביאים הפסד גדול לכרם בית ישראל, וכפי חוג מבטו אין מחשבה אחרת בעולם כי־אם מחשבתו" (הודפס באגרות־הראיה א, יח).
ועם כל זאת, המשיך הרב קוק לקבל את בן־יהודה כאשר היה בא להתייעץ בענייני לשון (ראו 'שבחי הראי"ה' עמ' 222). ואף מספרים כי בפעם האחרונה שהגיע בן־יהודה לשאול על מקורות בדברי חז"ל למילים שונות, לאחר שהשיב לו הרב קוק, פנה אל בן־יהודה בשאלה: "אולי כבר זמן לשוב?". בן־יהודה השיב בלחש "אולי". זה היה ביום שישי, ובליל אותה שבת נפטר בן־יהודה (כ"ו בכסלו ה'תרפ"ג).
כחמש שנים לאחר צאת 'עקבי הצאן' לאור, התפרסם מאמר 'קרבת אלוהים' (ה'תרע"א). סביר להניח כי נכתב מאוחר יותר – הדבר ניכר הן בתוכן והן בסגנון, ועם זאת הוא משלים את שני המאמרים החשובים שב'עקבי הצאן'. על כן צירפנו אותו לספר זה. בנוסף לכך צורף חלק ממכתב לנמען אנונימי, שמתייחס ישירות להבנת התוכן של מאמר 'דעת אלוהים'. אף מכתב זה נכתב מאוחר יותר (ה'תר"ע).
