מכתב ששלח הרב צבי יהודה, בנו של הרב קוק, בהיותו נער כבן חמש־עשרה, אל הסופר יוסף חיים ברנר, מציג את המבנה הפנימי והייעוד הכפול של קובץ המאמרים.[1] במכתבו, מחלק הרצי"ה את הקובץ לשני חלקים:
החלק הראשון, הכולל את המאמרים 'הדור', 'העונג והשמחה', 'הפחד', 'המחשבות' ו'דרישת ה", מיועד בעיקר לציבור שומר המצוות, דור "האבות". מטרתו הייתה לחולל התחדשות רוחנית פנימית, להעמיק את ההבנה בנפש הדור החדש, על כל המרידה והכפירה שבו, ולהסיט את מרכז הכובד בעבודת אלוהים מן היראה החיצונית אל עבר השמחה, יראת הרוממות והיצירתיות. החלק השני, לעומת זאת, הכולל את שני המאמרים האחרונים 'דעת־אלוהים' ו'עבודת־אלוהים', נועד דווקא עבור הציבור שאינו שומר מצוות. מאמרים אלו ביקשו להציג בפני הדור החדש, דור "הבנים", שעזב את היהדות מתוך תחושה שהמושגים האמוניים הינם קטנוניים וילדותיים – תפיסת אלוהות רחבה, עמוקה ואמיתית יותר.
