בתאריך כ"ח באייר ה'תרס"ד (1904), עם עלייתו של הרב קוק לארץ־ישראל, נפתחה תקופה חדשה בהגותו ובפועלו. הסיבה הרשמית לעלייתו של הרב קוק אז לארץ הייתה משום שהוזמן לכהן כרבהּ של יפו והמושבות, לאחר שנפטר רבה הקודם, הרב נפתלי הרץ הלוי (ה'תרי"ג-ה'תרס"ב, 1902-1852). באותם ימים יפו לא הייתה עוד עיר נמל שולית, אלא בירת 'היישוב החדש'; מרכז שוקק חיים למושבות העלייה הראשונה, כפתח־תקווה וראשון־לציון, ולכלל ההתיישבות הציונית המתעוררת. מציאות זו עמדה בניגוד גמור ל'יישוב הישן', שהיה מרוכז רובו ככולו בארבע ערי הקודש, והורכב מקהילות ותיקות של יהודים שומרי תורה ומצוות.
'העלייה השנייה', שהחלה בתקופה בה עלה הרב קוק לארץ, שינתה את פני היישוב לבלי הכר. עולים אלו, שהגיעו ברובם מהאימפריה הרוסית, נשאו עמם אידאולוגיה סוציאליסטית ורוח לוחמנית, והיו ברובם רחוקים משמירת תורה ומצוות. בכך ביטאו את הרעיונות והערכים שאִפיינו את הדור הצעיר היהודי באירופה. הרב קוק התמודד עם אתגר רוחני וחברתי זה חזיתית. הוא לא הסתפק בתפקידו כפוסק הלכה, והחל בפרסום סדרת מאמרים, אותם הוציא לאור אחיו הצעיר, ר' שמואל קוק (ה'תרמ"א-ה'תשל"א, 1971-1881). מאמרים אלו קובצו יחדיו בשנת ה'תרס"ו (1906) לספר הנושא את השם 'עקבי הצאן'.
